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万見
- PDB-1y26: A-riboswitch-adenine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y26
タイトルA-riboswitch-adenine complex
要素Vibrio vulnificus A-riboswitch
キーワードRNA / A-riboswitch adenine recognition
機能・相同性ADENINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Serganov, A. / Yuan, Y.R. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for Discriminative Regulation of Gene Expression by Adenine- and Guanine-Sensing mRNAs
著者: Serganov, A. / Yuan, Y.R. / Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Malinina, L. / Phan, A.T. / Hobartner, C. / Micura, R. / Breaker, R.R. / Patel, D.J.
履歴
登録2004年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999THE A-RIBOSWITCH SEQUENCE WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE LOCATED UPSTREAM OF THE ADD GENE ENCODING ...THE A-RIBOSWITCH SEQUENCE WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE LOCATED UPSTREAM OF THE ADD GENE ENCODING FOR THE ADENINE DEAMINASE FROM VIBRIO VULNIFICUS. THE STRUCTURE CONTAINED IN THIS ENTRY IS A COMPLEX BETWEEN ADENINE AND A DOMAIN ('APTAMER DOMAIN') OF THE RIBOSWITCH, WHICH STIMULATES TRANSLATION OF THE ADD GENE IN RESPONSE TO THE PRESENCE OF ADENINE IN THE CELL. THE SEQUENCE CAN BE FOUND NATURALLY AND IT MATCHES THE GENEBANK ENTRY 27358288 AE016809 OF VIBRIO VULNIFICUS (RESIDUES 202511-202580).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Vibrio vulnificus A-riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9457
ポリマ－22,6881
非ポリマー2576
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.655, 155.036, 25.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 Vibrio vulnificus A-riboswitch / A-RIBOSWITCH-ADENINE COMPLEX


分子量: 22688.365 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 202511-202580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 解説: in vitro translation / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Mg, PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl2, PEG11
2MgCl2, PEG12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.15
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年9月20日
RIGAKU2IMAGE PLATE2004年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.151
21.54181
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 11832 / Num. obs: 11832 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / % possible all: 0.934

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 15.808 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29733 563 4.8 %RANDOM
Rwork0.23145 ---
obs0.23445 11230 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.777 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.33 Å20 Å20 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1499 15 94 1608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7932664
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1570.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2750.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.28
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29332365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7454.52655
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.504 43 -
Rwork0.349 731 -
obs--89.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.2781 Å / Origin y: -19.7012 Å / Origin z: -1.0057 Å
111213212223313233
T-0.1262 Å2-0.0111 Å20.0214 Å2--0.2074 Å20.0967 Å2---0.2653 Å2
L7.6903 °2-2.8787 °2-1.597 °2-5.5278 °20.5079 °2--2.1803 °2
S0.4137 Å °0.1042 Å °1.1639 Å °-0.1629 Å °-0.3084 Å °-0.6254 Å °-0.2204 Å °-0.1411 Å °-0.1053 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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