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- PDB-2mtj: NMR structure of the III-IV-V three-way junction from the VS ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mtj
タイトルNMR structure of the III-IV-V three-way junction from the VS ribozyme
要素RNA (47-MER)
キーワードRNA / VS ribozyme / Three-way junction / Base triple / U-turn Ribose zipper / GAAA tetraloop / CUUG tetraloop
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Bonneau, E. / Legault, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structure of the III-IV-V Three-Way Junction from the Varkud Satellite Ribozyme and Identification of Magnesium-Binding Sites Using Paramagnetic Relaxation Enhancement.
著者: Bonneau, E. / Legault, P.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening ..._ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (47-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1181
ポリマ－15,1181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (47-MER)


分子量: 15117.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Neurospora crassa (菌類)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111D flip-back WATERGATE 1H
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC NH2 only
1413D 1H-15N NOESY
2522D 1H-13C HSQC
2623D 13C-edited HMQC-NOESY
2723D CT-(H)CCH-COSY
2823D (H)CCH-TOCSY
2933D 15N-edited NOESY-HSQC
21032D H(NC)-TOCSY-(C)H for guanosine residues
21122D 1H-13C HMQC
21222D 1H-15N MQ-(HC)N(C)H
11312D 1H-15N CPMG-NOESY
11412D HNN-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5-2.0 mM [U-100% 15N] J345-1-1, 5mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] J345-2-2, 5mM MgCl2, 100% D2O100% D2O
32.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] J345-3-3, 5mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
2 mMJ345-1-1[U-100% 15N]1.5-2.01
2.0 mMJ345-2-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2.0 mMJ345-3-3[U-100% 13C; U-100% 15N]3
5 mMMgCl2-14
5 mMMgCl2-25
5 mMMgCl2-36
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
1556.5288 K
2556.5298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CCPNMR_suiteCCPNchemical shift assignment
CCPNMR_suiteCCPNデータ解析
CCPNMR_suiteCCPNpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PyMOLSchrodingerstructure analysis
PyMOLSchrodingerstructure display
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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