PDB-6ss3: Kemp Eliminase HG3.17 mutant Q50K, E47N, N300D Complexed with Tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ss3

タイトル

Kemp Eliminase HG3.17 mutant Q50K, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

要素

Kemp Eliminase HG3.17 Q50K, E47N, N300D

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Kemp Eliminase / Enzyme / Protein Design

機能・相同性

Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 6-NITROBENZOTRIAZOLE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Bloch, J.S. / Pinkas, D.M. / Hilvert, D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Contribution of Oxyanion Stabilization to Kemp Eliminase Efficiencyproficiency
著者: Kries, H. / Bloch, J.S. / Bunzel, H.A. / Pinkas, D.M. / Hilvert, D.

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ss3.cif.gz	425.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ss3.ent.gz	342.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ss3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ss3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/6ss3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6srwC 6sryC 6srzC 6ss1C 6tu6C 4bs0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k4u-d 5rge-d 6tu6-11 3o2l-d 2piv-d 5rg9-1 6stl-2 7k4z-d 6tu6-16 6ss1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kemp Eliminase HG3.17 Q50K, E47N, N300D

B: Kemp Eliminase HG3.17 Q50K, E47N, N300D

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Kemp Eliminase HG3.17 Q50K, E47N, N300D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kemp Eliminase HG3.17 Q50K, E47N, N300D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.080, 78.280, 98.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kemp Eliminase HG3.17 Q50K, E47N, N300D 分子量: 34462.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.1 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.9, SEEDING

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→47.68 Å / Num. obs: 207219 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.71
反射シェル	解像度: 1.15→1.191 Å / Num. unique obs: 20488 / CC_1/2: 0.483

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BS0

4bs0

解像度: 1.15→47.68 Å / SU ML: 0.1126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.5714
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1581	10465	5.05 %
R_work	0.1381	196735	-
obs	0.1391	207200	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4594	0	41	595	5230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0125	5585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2554	7721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0925	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8611	2092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.16	0.294	373	0.2618	6427	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.16-1.18	0.2858	316	0.2549	6494	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.18-1.19	0.2778	379	0.25	6500	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.19-1.21	0.2791	332	0.2352	6520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.21-1.22	0.2363	310	0.2241	6522	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.22-1.24	0.2233	314	0.2186	6538	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.24-1.26	0.2442	367	0.2151	6508	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.26-1.28	0.237	328	0.2169	6500	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.28-1.3	0.2419	325	0.1999	6529	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.3-1.32	0.2306	355	0.1948	6501	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.32-1.34	0.204	365	0.1746	6486	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.34-1.36	0.1936	365	0.1613	6531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.39	0.2085	348	0.1503	6473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.42	0.1843	324	0.1421	6585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1571	343	0.1308	6530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.1584	362	0.1252	6500	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.48-1.52	0.1466	318	0.1249	6560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.1617	383	0.1217	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.61	0.1426	359	0.1082	6513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.66	0.1425	354	0.1025	6556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.72	0.1525	338	0.1022	6544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.79	0.1275	344	0.096	6582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.87	0.1254	370	0.0965	6544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.97	0.1295	347	0.0998	6585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.09	0.1291	364	0.103	6575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.25	0.1208	339	0.1023	6620	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.25-2.48	0.1307	353	0.1115	6651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.84	0.1276	366	0.121	6633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.57	0.1411	366	0.1386	6728	X-RAY DIFFRACTION	99.99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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