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- PDB-6ss0: Structure of the arginase-2-inhibitory human antigen-binding frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ss0
タイトルStructure of the arginase-2-inhibitory human antigen-binding fragment Fab C0021181
要素(Fab C0021181 ...) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / arginase-2 inhibitor / IgG / antigen-binding fragment
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / SUCCINIC ACID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Burschowsky, D. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Groves, M. / Haynes, S. / Seewooruthun, C. / Carr, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC1362/A20263 英国
引用ジャーナル: Mabs
タイトル: Structural and functional characterization of C0021158, a high-affinity monoclonal antibody that inhibits Arginase 2 function via a novel non-competitive mechanism of action.
著者: Austin, M. / Burschowsky, D. / Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S. / Diamandakis, A. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / ...著者: Austin, M. / Burschowsky, D. / Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S. / Diamandakis, A. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / Hadjinicolaou, A.V. / Gileadi, U. / Gowans, E. / Shibata, Y. / Barnard, M. / Kaserer, T. / Sharma, P. / Luheshi, N.M. / Wilkinson, R.W. / Vaughan, T.J. / Holt, S.V. / Cerundolo, V. / Carr, M.D. / Groves, M.A.T.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
HHH: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)
LLL: Fab C0021181 light chain (IgG1)
III: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)
MMM: Fab C0021181 light chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,73514
ポリマ－95,8894
非ポリマー84710
水10,377576
1
HHH: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)
LLL: Fab C0021181 light chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2757
ポリマ－47,9442
非ポリマー3315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
2
III: Fab C0021181 heavy chain (IgG1)
MMM: Fab C0021181 light chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4607
ポリマ－47,9442
非ポリマー5165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.400, 67.370, 94.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.239, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains H I
22Chains L M
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HHHIIILLLMMM

#1: 抗体 Fab C0021181 heavy chain (IgG1)


分子量: 24819.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): ExpiCHO
#2: 抗体 Fab C0021181 light chain (IgG1)


分子量: 23124.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we ...詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we included it. Therefore, residues 2-10 should be read as 1-9, per Kabat.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): ExpiCHO

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非ポリマー , 5種, 586分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM SPG pH 7.0 25% PEG1500 PACT A4 SPG: succinic acid, phosphate, glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.548 Å / Num. obs: 88773 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 2.59 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4541 / CC1/2: 0.36 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SRV

6srv


解像度: 1.7→46.544 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.339 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 4494 5.062 %
Rwork0.1894 --
all0.191 --
obs-88772 99.918 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.397 Å20 Å2-0.389 Å2
2---0.234 Å20 Å2
3---1.662 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6415 0 51 576 7042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0136721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.6439174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2221.56814095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6015881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.2822.06267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.464151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4011531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.25422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1530.23120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.23215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1350.241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3752.693500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3742.693499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2384.0224389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2374.0224390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6572.8763221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6572.8773222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6634.2074785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6634.2084786
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.50631.4177028
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.50531.4257029
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0960.056486
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0680.056279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.7-1.7440.3373150.34161970.34165200.6230.60699.87730.343
1.744-1.7920.3253550.31359850.31463450.7080.71299.92120.313
1.792-1.8440.2923250.28258750.28262010.7780.79799.98390.279
1.844-1.90.2943280.26956720.27160050.8120.82199.91670.263
1.9-1.9630.2723080.23555510.23758590.8570.8741000.227
1.963-2.0310.2792880.21953540.22256440.870.89599.96460.21
2.031-2.1080.2342860.20151910.20354790.9120.92299.96350.192
2.108-2.1940.2472580.18949520.19252120.9060.92999.96160.181
2.194-2.2910.2152590.18947700.1950290.9270.9361000.183
2.291-2.4030.2492120.18646190.18948320.9180.93799.97930.182
2.403-2.5320.2152230.18743690.18845930.9280.94299.97820.186
2.532-2.6850.2321990.1941250.19243260.9320.94399.95380.194
2.685-2.870.231810.18638930.18840760.9320.94399.95090.196
2.87-3.0990.2131880.18636260.18738170.9410.94999.92140.202
3.099-3.3930.2071880.1833200.18135120.9510.95299.88610.201
3.393-3.7910.1991480.16930350.1731840.9530.9699.96860.194
3.791-4.3730.1851450.14926710.15128200.9630.96999.85820.182
4.373-5.3440.1861150.13922680.14123880.9650.97499.79060.179
5.344-7.5080.2081160.15917700.16218880.960.96799.89410.2
7.508-46.5440.177570.18210350.18110930.9620.96499.90850.248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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