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- PDB-6sqw: Mouse dCTPase in complex with 5-Me-dCMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqw
タイトルMouse dCTPase in complex with 5-Me-dCMP
要素dCTP pyrophosphatase 1
キーワードHYDROLASE / 5-Me-dCMP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP catabolic process / dCTP diphosphatase / dCTP diphosphatase activity / pyrimidine deoxyribonucleotide binding / nucleoside triphosphate catabolic process / pyrophosphatase activity / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / DNA protection / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dCTP pyrophosphatase 1 / : / MazG-like family / MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-2'-DEOXY-CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCTP pyrophosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Scaletti, E.R. / Claesson, M. / Helleday, H. / Jemth, A.S. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: The First Structure of an Active Mammalian dCTPase and its Complexes With Substrate Analogs and Products.
著者: Scaletti, E. / Claesson, M. / Helleday, T. / Jemth, A.S. / Stenmark, P.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dCTP pyrophosphatase 1
D: dCTP pyrophosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2736
ポリマ－37,5822
非ポリマー6914
水3,207178
1
A: dCTP pyrophosphatase 1
D: dCTP pyrophosphatase 1
ヘテロ分子

A: dCTP pyrophosphatase 1
D: dCTP pyrophosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,54612
ポリマ－75,1644
非ポリマー1,3828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area19780 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area19080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.516, 58.516, 140.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 21 - 131 / Label seq-ID: 21 - 131

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2DB

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要素

#1: タンパク質 dCTP pyrophosphatase 1 / Deoxycytidine-triphosphatase 1 / dCTPase 1 / RS21-C6


分子量: 18790.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dctpp1, Tdrg-TL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QY93, dCTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-5CM / 5-METHYL-2'-DEOXY-CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-mdCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 321.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.75, 2.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→54.5 Å / Num. obs: 23533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 32921 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→54.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 7.143 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.121
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2149 1253 5.3 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.193 22280 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.04 Å2 / Biso mean: 35.905 Å2 / Biso min: 15.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→54.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1840 0 44 178 2062
Biso mean--30.43 41.99 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.9852709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99334184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1985234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.29123.6100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78515317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8581518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02414
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7278 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2D
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 79 -
Rwork0.307 1616 -
all-1695 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01450.3331-0.02981.26510.04041.8187-0.121-0.18610.2714-0.2394-0.11790.1747-0.262-0.10810.23880.09710.0603-0.09370.0598-0.07330.1485-7.197610.531635.5517
20.94280.681-0.16541.03850.48552.3691-0.0788-0.1747-0.1532-0.16520.0211-0.2570.23910.60960.05770.13770.11550.08070.22690.070.166911.7728-7.809234.8731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2D21 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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