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万見
- PDB-6sqc: Crystal structure of complex between nuclear coactivator binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqc
タイトルCrystal structure of complex between nuclear coactivator binding domain of CBP and [1040-1086]ACTR containing alpha-methylated Leu1055 and Leu1076
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,CREB-binding protein
  • Nuclear receptor coactivator 3
キーワードPROTEIN BINDING / complex / unnatural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell dedifferentiation / regulation of stem cell division / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / protein N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / positive regulation of keratinocyte differentiation / N-terminal peptidyl-lysine acetylation ...: / cell dedifferentiation / regulation of stem cell division / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / protein N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / positive regulation of keratinocyte differentiation / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / regulation of smoothened signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / vitamin D receptor signaling pathway / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / nuclear thyroid hormone receptor binding / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / protein-lysine-acetyltransferase activity / embryonic digit morphogenesis / protein acetylation / homeostatic process / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / detection of maltose stimulus / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / maltose transport complex / positive regulation of stem cell population maintenance / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / carbohydrate transport / RNA polymerase II complex binding / histone acetyltransferase complex / canonical NF-kappaB signal transduction / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / cellular response to nutrient levels / Attenuation phase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor binding / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / MAPK6/MAPK4 signaling / protein destabilization / Cytoprotection by HMOX1
類似検索 - 分子機能
: / Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. ...: / Creb-binding Protein; Chain: A / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bacterial extracellular solute-binding protein / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / Bacterial extracellular solute-binding protein / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / CREB-binding protein / Nuclear receptor coactivator 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Bauer, V. / Schmidtgall, B. / Gogl, G. / Dolenc, j. / Osz, J. / Kostmann, C. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Rochel, N. / Trave, G. ...Bauer, V. / Schmidtgall, B. / Gogl, G. / Dolenc, j. / Osz, J. / Kostmann, C. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Rochel, N. / Trave, G. / Kieffer, B. / Torbeev, V.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)715062-HiChemSynPro フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-0026_CSC フランス
ATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Conformational editing of intrinsically disordered protein by alpha-methylation.
著者: Bauer, V. / Schmidtgall, B. / Gogl, G. / Dolenc, J. / Osz, J. / Nomine, Y. / Kostmann, C. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Rochel, N. / Trave, G. / Kieffer, B. / Torbeev, V.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年12月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,CREB-binding protein
B: Nuclear receptor coactivator 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9576
ポリマ－51,4222
非ポリマー5354
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.180, 42.460, 113.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.125, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,CREB-binding protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 46290.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 3 / NCoA-3 / ACTR / Amplified in breast cancer 1 protein / AIB-1 / CBP-interacting protein / pCIP / ...NCoA-3 / ACTR / Amplified in breast cancer 1 protein / AIB-1 / CBP-interacting protein / pCIP / Class E basic helix-loop-helix protein 42 / bHLHe42 / Receptor-associated coactivator 3 / RAC-3 / Steroid receptor coactivator protein 3 / SRC-3 / Thyroid hormone receptor activator molecule 1 / TRAM-1


分子量: 5131.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6Q9, histone acetyltransferase
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 159分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG6000, 100 mM Tris pH 8 and 10 mM ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→41.72 Å / Num. obs: 21924 / % possible obs: 97.23 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.76 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.58
反射 シェル解像度: 2.28→2.362 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.745

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H7Q

5h7q


解像度: 2.28→41.72 Å / SU ML: 0.3392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9254
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 1100 5.03 %
Rwork0.2277 --
obs0.23 21875 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→41.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 6 156 3751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64784989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.89581343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.380.34641310.29432586X-RAY DIFFRACTION97.49
2.38-2.510.30791390.27882604X-RAY DIFFRACTION98.21
2.51-2.670.40961400.29782546X-RAY DIFFRACTION96.51
2.67-2.870.36731280.28672533X-RAY DIFFRACTION96.48
2.87-3.160.2931380.2572640X-RAY DIFFRACTION99.29
3.16-3.620.29121430.23952550X-RAY DIFFRACTION95.8
3.62-4.560.26721430.19882562X-RAY DIFFRACTION95.45
4.56-41.720.16861380.17142754X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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