PDB-6spy: Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6spy

タイトル

Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 6-(morpholin-4-yl)pyridine-3-carboxamide

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts.
著者: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6spy.cif.gz	262.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6spy.ent.gz	175 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6spy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6spy_validation.pdf.gz	694.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6spy_full_validation.pdf.gz	694.6 KB	表示
XML形式データ	6spy_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	6spy_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n33C 5n3cC 5n3dC 5n3eC 5n3hC 5n3jC 5n3qC 5n3sC 6snnC 6snxC 6soxC 6spmC 6spsC 6spuC 6ypsC 6z08C 6z44C 6zn0C 6f14S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6em2-d 5n3k-d 6sps-d 1xh9-1 4yxr-d 2uw0-d 1yds-d 5n3j-d 3dne-d 5n3g-d 2f7x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.512, 71.340, 97.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-LR8 / 6-morpholin-4-ylpyridine-3-carboxamide 分子量: 207.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.03 Mega 8 and 23 % methanol (v/v)0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.75 Å / Num. obs: 47330 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.5 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.41
反射シェル	解像度: 1.6→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique obs: 7445 / R_sym value: 0.484 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
Coot	0.8.9	モデル構築
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F14

6f14

解像度: 1.6→48.75 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	2367	5 %
R_work	0.1604	-	-
obs	0.1615	47309	98.12 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2727	0	27	302	3056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9861	3964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0575	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8305	1730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.2448	135	0.2132	2556	X-RAY DIFFRACTION	96.38
1.63-1.67	0.2332	136	0.209	2599	X-RAY DIFFRACTION	97.61
1.67-1.71	0.2083	137	0.1958	2592	X-RAY DIFFRACTION	97.74
1.71-1.75	0.2354	137	0.1808	2603	X-RAY DIFFRACTION	98.24
1.75-1.8	0.2264	138	0.1741	2621	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.8-1.85	0.1964	139	0.1697	2627	X-RAY DIFFRACTION	98.5
1.85-1.91	0.2164	137	0.1636	2603	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.91-1.98	0.1911	134	0.1623	2555	X-RAY DIFFRACTION	95.76
1.98-2.06	0.2517	141	0.1575	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.06-2.15	0.1966	139	0.1493	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.15-2.26	0.155	140	0.141	2651	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.26-2.4	0.1812	140	0.1423	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.4-2.59	0.1981	140	0.1503	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.59-2.85	0.188	139	0.1606	2626	X-RAY DIFFRACTION	96.51
2.85-3.26	0.1588	142	0.1565	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.26-4.11	0.1441	144	0.1512	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.34
4.11-48.75	0.1771	149	0.1701	2819	X-RAY DIFFRACTION	97.15

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0923423862665	-0.0732307047876	-0.000190034316069	0.0652118172708	0.0195315239692	0.049233808257	0.111456768051	-0.100175980781	0.103256085197	0.0584740620455	-0.0943868593981	-0.042011143148	-0.110853612261	-0.0859547433319	-0.000989949401765	0.237404140686	-0.0475868371248	0.0205214874902	0.158180419267	-0.0153808215201	0.211742385759	19.6728017523	26.3628349126	29.9805983687
2	0.106085438067	-0.185502469958	-0.0833768971197	0.51788353656	0.403080339401	0.460274009258	0.065378161052	0.0914701303476	-0.0484118451733	-0.0872369085075	-0.0693308998697	0.0487318070168	-0.124304683759	0.0113297697584	0.000129083081796	0.176437438541	0.00600216004894	0.00155342951455	0.161401766794	-0.00831146318539	0.159968351769	16.9578017543	6.75579393941	9.62663016622
3	0.299623144124	-0.142749622274	-0.205575874054	0.369629207271	0.0757405229319	0.144297338177	0.0517261584703	0.0519795810891	0.0205786956472	-0.10653686811	-0.0764590851754	-0.0624550785915	-0.122082869344	-0.00799332011405	1.48977727155E-5	0.194044398665	0.0067889324548	0.00933844148818	0.157082419338	-0.000119745249903	0.164136124744	13.8723907438	15.6316258366	16.3000701006
4	0.146682196916	0.0312282323926	-0.141460767435	0.115808582282	-0.144344182844	0.235877120611	-0.0110406228569	0.0192594513343	-0.0990221503955	0.00516330776853	-0.046687064605	-0.0633763204806	-0.0535192773052	-0.0791705468142	0.0777153365305	0.105092286846	0.0211457812808	0.00292111861087	0.0805741244225	-0.0112789168432	0.086728452723	10.6380983265	-0.200172839344	26.5962363447
5	0.640115643458	0.11416610383	-0.350306671086	0.177688433019	0.0509073114829	0.623578802454	0.0288038280981	0.0137718783905	0.0143072003571	-0.0351793098315	0.00241254295447	0.00580177357182	-0.0758310015919	-0.0618617575216	-1.89661438249E-7	0.137738160378	0.0230951202886	-0.00629059865752	0.131809773771	-0.00181284801402	0.134877446803	4.67022292654	12.6440590264	30.0877579114
6	0.0188932165874	0.0137534990195	0.031166046642	0.0405711452112	0.00811820782388	0.0561667145816	0.0520662866029	-0.202771654537	-0.224751406696	-0.197975854432	0.0985480299127	0.485206776226	0.171534489551	-0.241253440901	0.00168877635939	0.181490669692	-0.0192951598141	-0.0552303067152	0.182559485771	0.0158355720677	0.292234364909	-11.2679246371	4.35456924151	29.8901685662
7	0.294475765285	-0.00779253063903	0.150455433344	0.1163849226	-0.14203662475	0.240379618622	-0.0299414680305	-0.162942807919	0.0634580425602	0.167559529392	0.0728904469085	-0.0115415800639	-0.162313226628	-0.112791860335	0.00225675780071	0.152082696196	0.028521672844	0.00672742658695	0.150159807122	-0.00286418211078	0.143385034066	-0.564742209399	12.1944135962	43.9871003478
8	0.33989995545	-0.295157032084	-0.4478361378	0.687252049412	0.500292830361	0.601804788613	0.0054727853843	0.0229003598961	-0.0359229957961	-0.117904094565	-0.0544686813227	-0.00632906703469	-0.0273128754012	0.00567755349611	0.00212210370706	0.123948790434	-0.0154331951922	-0.00227712253658	0.150802550442	0.0158374106857	0.155744777097	14.7123651292	4.99213323454	19.3848848481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 115 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 141 through 233 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 234 through 252 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 253 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)