PDB-6spu: Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6spu

タイトル

Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 3-aminobenzoic acid

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts.
著者: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6spu.cif.gz	264.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6spu.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6spu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6spu_validation.pdf.gz	716.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6spu_full_validation.pdf.gz	716.6 KB	表示
XML形式データ	6spu_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	6spu_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n33C 5n3cC 5n3dC 5n3eC 5n3hC 5n3jC 5n3qC 5n3sC 6snnC 6snxC 6soxC 6spmC 6spsC 6spyC 6ypsC 6z08C 6z44C 6zn0C 6f14S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n3q-d 4o22-d 5uzk-d 5n3p-d 3agm-d 2uzw-d 5n3j-d 2uw0-d 4xw6-d 5n3g-d 5n3k-d 2jdv-d 3x2w-d 2uw5-d 5n1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

ヘテロ分子

41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.477, 71.639, 97.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GAB / 3-AMINOBENZOIC ACID / GABACULINE / 3-アミノ安息香酸分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.03 Mega 8 and 23 % methanol (v/v)0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→45.55 Å / Num. obs: 73003 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.49 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.39→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 11715 / R_sym value: 0.481 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
Coot	0.8.9	モデル構築
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F14

6f14

解像度: 1.39→45.55 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1843	3651	5 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1647	72994	99.33 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→45.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2730	0	26	277	3033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	2940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0317	3999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1114	421
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.2664	1077

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.39-1.41	0.2042	139	0.2241	2631	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.41-1.43	0.2572	138	0.2173	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.43-1.45	0.2412	140	0.2122	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.45-1.47	0.2221	140	0.2065	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.47-1.49	0.2127	139	0.1931	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.49-1.52	0.23	139	0.1864	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.52-1.54	0.2024	139	0.176	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.54-1.57	0.2139	140	0.1757	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.57-1.6	0.2067	140	0.1749	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.6-1.63	0.206	139	0.1698	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.63-1.67	0.2428	140	0.1667	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.67-1.71	0.2051	140	0.1643	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.71-1.75	0.1672	138	0.1568	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.75-1.8	0.1948	140	0.1601	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.8-1.85	0.1644	141	0.1523	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.85-1.91	0.1819	140	0.1558	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.91-1.98	0.2002	141	0.1579	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.98-2.06	0.1687	142	0.1517	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.06-2.15	0.1848	140	0.1482	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.15-2.27	0.1664	139	0.1458	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.27-2.41	0.1454	141	0.1479	2664	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.41-2.59	0.163	141	0.1522	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.59-2.85	0.2016	142	0.1651	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.85-3.27	0.1956	142	0.159	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.27-4.12	0.1456	142	0.1526	2697	X-RAY DIFFRACTION	97.86
4.12-45.55	0.1985	148	0.1826	2794	X-RAY DIFFRACTION	96.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3568870092	0.259281499261	1.18975042695	2.12256252519	1.90455132895	6.54479767716	0.0972226988329	-0.181232543149	0.143244842572	0.205998949176	-0.0670575716664	-0.0284631031668	-0.192772784035	-0.000455573105321	-0.0245101051903	0.166151361562	-0.0396427402992	0.0163437708747	0.109544066939	-0.00565561671035	0.14608627319	19.9861677787	26.0624106486	30.6566075113
2	0.592450806239	-0.818897122034	-0.523809465608	2.00396302645	0.90373613029	1.46221372864	0.0794837442168	0.0801846620604	-0.0246149594087	-0.200600674551	-0.104001722937	0.0936829841194	-0.130782815986	-0.0852503048591	0.0156320261559	0.129237783999	0.0042014583743	0.0018501378254	0.124126255611	0.00626462890799	0.121964371491	15.3606608781	10.1112638547	12.3185496991
3	1.03248170861	0.724879944856	-2.42931582285	0.872315194212	-1.78730907157	5.72512920692	-0.120563675311	0.0121587188387	-0.119483190701	-0.0795001055473	-0.0318427381039	-0.0282643995475	0.16066973275	-0.101666126002	0.153331184669	0.120493346071	0.0225873472268	-0.00118417543679	0.0913564015554	-0.0123321345844	0.133666708438	10.8374319504	-0.363693982102	26.1753175832
4	0.878197384202	-0.0758115461359	0.00339990145895	1.12466095123	-0.519574564871	1.7024614666	0.0283873947289	0.0338925938685	0.0260315025352	-0.0265981797648	-0.0132470154673	0.026664554039	-0.0865650792753	-0.00948948772981	-0.00520383543707	0.0748263175465	0.00806730302056	0.00799895990905	0.0708049533035	-0.00557356780083	0.0850128183671	9.06854830474	12.5805085988	29.4067687714
5	1.03584324138	-0.586703896064	0.415072212653	1.71181626759	-0.743213707963	1.75248252352	0.0430206363324	-0.0118015452727	0.0153943199675	-0.015400241675	0.0310448925771	0.171166381839	-0.0542415169436	-0.160582975146	-0.0599047071411	0.0881787894151	0.01766929603	0.0137489366165	0.107012462164	0.00208062036993	0.113135331757	-3.12001713283	10.9430589706	37.257682091
6	0.414317401812	-0.212120021943	-0.529077097592	0.816825518857	0.552950605459	0.784081966464	-0.00869358165197	0.0435212572422	-0.0148916981743	-0.115201889319	-0.0700356249571	0.00671067824789	-0.0308697095651	-0.0555675447619	0.081609857787	0.114150099961	-0.00464688803663	-0.00993159405271	0.129382772022	0.00587651811924	0.14769191067	15.2997883599	4.83871964126	20.5741518671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 198 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 199 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)