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- PDB-6spr: Structure of the Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase varia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6spr
タイトルStructure of the Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase variant VI298 complexed with beta-methionine
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードTRANSLATION / tRNA aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / tRNA-binding domain ...Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-amino-5-(methylsulfanyl)pentanoic acid / CITRIC ACID / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Nigro, G. / Schmitt, E. / Mechulam, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Use of beta3-methionine as an amino acid substrate of Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase.
著者: Nigro, G. / Bourcier, S. / Lazennec-Schurdevin, C. / Schmitt, E. / Marliere, P. / Mechulam, Y.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7259
ポリマ－64,7441
非ポリマー9818
水13,403744
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.310, 45.110, 86.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 64744.031 Da / 分子数: 1 / 変異: Truncated after residue 547; His-tagged ; VI298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: metG, b2114, JW2101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00959, methionine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 752分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-B3M / (3R)-3-amino-5-(methylsulfanyl)pentanoic acid / (R)-3-[2-(メチルチオ)エチル]-β-アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 163.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 744 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 1.08 M ammonium citrate, 10 mM potassium phosphate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→48.6 Å / Num. obs: 96417 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 16.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.48→1.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 15234 / CC1/2: 0.597 / Rsym value: 1.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QQT

1qqt


解像度: 1.48→48.56 Å / SU ML: 0.1737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.8831
詳細: Refinement was performed using explicit riding hydrogen atoms generated in phenix.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1678 4833 5.01 %
Rwork0.131 --
obs0.1329 96417 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4377 0 61 744 5182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00794918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94696691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1503687
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.76461856
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.490.35271280.31922801X-RAY DIFFRACTION91.88
1.49-1.510.37411430.27843071X-RAY DIFFRACTION99.97
1.51-1.530.26551400.23883043X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.550.23591650.21093011X-RAY DIFFRACTION99.94
1.55-1.570.26191590.20343051X-RAY DIFFRACTION99.97
1.57-1.590.25761810.19043019X-RAY DIFFRACTION99.97
1.59-1.610.24891590.16873075X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.640.18481630.15753015X-RAY DIFFRACTION99.97
1.64-1.660.22881530.1553076X-RAY DIFFRACTION99.97
1.66-1.690.20871610.15582984X-RAY DIFFRACTION99.97
1.69-1.720.21591500.14613065X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.750.19411690.14633062X-RAY DIFFRACTION99.97
1.75-1.790.19981600.13833061X-RAY DIFFRACTION99.94
1.79-1.820.18511730.1393031X-RAY DIFFRACTION99.94
1.82-1.860.19661560.14463032X-RAY DIFFRACTION99.97
1.86-1.90.18021530.14133050X-RAY DIFFRACTION99.91
1.9-1.950.19321610.13553096X-RAY DIFFRACTION99.97
1.95-20.15551510.11543028X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.15281760.11033072X-RAY DIFFRACTION99.97
2.06-2.130.15081460.10743035X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.210.15471610.10533077X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.290.14851650.10773054X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.40.1561530.10783081X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.530.15691780.11623067X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.680.1441790.11543045X-RAY DIFFRACTION99.97
2.68-2.890.15321840.11943053X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.180.16121610.11853091X-RAY DIFFRACTION99.94
3.18-3.640.141610.11393109X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.590.12961770.10663119X-RAY DIFFRACTION100
4.59-48.560.17621670.16553210X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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