+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6spj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A4V MUTANT OF HUMAN SOD1 WITH EBSELEN DERIVATIVE 1 | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / A4V SOD1 mutant / ebselen / ebselen derivatives | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / superoxide dismutase / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / glutathione metabolic process / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / gene expression / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Chantadul, V. / Amporndanai, K. / Wright, G. / Antonyuk, S. / Hasnain, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Ebselen as template for stabilization of A4V mutant dimer for motor neuron disease therapy. 著者: Chantadul, V. / Wright, G.S.A. / Amporndanai, K. / Shahid, M. / Antonyuk, S.V. / Washbourn, G. / Rogers, M. / Roberts, N. / Pye, M. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6spj.cif.gz | 219.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6spj.ent.gz | 175 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6spj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6spj_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6spj_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6spj_validation.xml.gz | 50.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6spj_validation.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6spj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABEFIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 15855.613 Da / 分子数: 6 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase |
---|
-非ポリマー , 7種, 1057分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-LR2 / ~{ #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-DMS / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 2.6 M Ammonium sulphate, 100 mM Tris-HCl pH 7.6, 150 mM NaCl PH範囲: 7.4-8.0 |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→97.33 Å / Num. obs: 111785 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 24.333 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5292 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 0.564 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UXM 解像度: 1.97→97.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.9 Å2 / Biso mean: 30.599 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→97.33 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
|