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- PDB-6sp8: Structure of hyperstable haloalkane dehalogenase variant DhaA115 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp8
タイトルStructure of hyperstable haloalkane dehalogenase variant DhaA115 prepared by the 'soak-and-freeze' method under 150 bar of krypton pressure
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Haloalkane dehalogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
KRYPTON / THIOCYANATE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Chmelova, K. / Markova, K. / Damborsky, J. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
European CommissionMSCA-IF-2017 792772 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1605, CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001761, LM2015051, LM2015047, LM2015055 チェコ
European Union20776, 722610, 814418 チェコ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst.
著者: Markova, K. / Chmelova, K. / Marques, S.M. / Carpentier, P. / Bednar, D. / Damborsky, J. / Marek, M.
履歴
登録2019年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,21039
ポリマ－66,8002
非ポリマー3,41037
水11,115617
1
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,04719
ポリマ－33,4001
非ポリマー1,64618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,16420
ポリマ－33,4001
非ポリマー1,76319
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.978, 82.045, 144.176
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 33400.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase

-
非ポリマー , 5種, 654分子

#2: 化合物...
ChemComp-KR / KRYPTON


分子量: 83.798 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, Bis-tris propane, potassium isothiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.860999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.860999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→49.46 Å / Num. obs: 116195 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 18.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 22.1 / Num. measured all: 1563200 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 1.55→1.58 Å

冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
13.50.8855520.9370.2460.91596.6
12.40.0348300.9990.010.03599.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SP5

6sp5


解像度: 1.55→49.203 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 5785 4.99 %
Rwork0.1601 --
obs0.1611 115973 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.56 Å2 / Biso mean: 21.053 Å2 / Biso min: 9.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→49.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 125 622 5485
Biso mean--32.93 33.38 -
残基数----582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8496969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057713
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4654114
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.55-1.56760.2791680.254358597
1.5676-1.58610.2771850.2353361598
1.5861-1.60540.23651870.2109359599
1.6054-1.62570.22232040.2033360898
1.6257-1.64710.24421960.1885362899
1.6471-1.66970.20011840.1806364399
1.6697-1.69350.21172020.1741365099
1.6935-1.71880.20431940.1714363899
1.7188-1.74570.20241870.1702365298
1.7457-1.77430.19221780.1593361798
1.7743-1.80490.1921860.1581356197
1.8049-1.83770.18261960.1636361999
1.8377-1.87310.20211870.15833692100
1.8731-1.91130.20551860.1598365799
1.9113-1.95290.20082050.166366699
1.9529-1.99830.20011850.1585367699
1.9983-2.04830.20431840.15793689100
2.0483-2.10360.19231960.1582367099
2.1036-2.16550.19631780.1627358996
2.1655-2.23540.17641770.1587367999
2.2354-2.31530.16232030.15713698100
2.3153-2.4080.16892000.15643726100
2.408-2.51760.18641970.16113704100
2.5176-2.65040.16912110.1673710100
2.6504-2.81640.19962000.1653364298
2.8164-3.03380.19062020.1617372899
3.0338-3.33910.17431950.15733755100
3.3391-3.82210.15632220.14663784100
3.8221-4.81480.14072060.1309375598
4.8148-49.2030.19341840.1703395798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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