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- PDB-3qz4: Crystal structure of an Endo-1,4-beta-xylanase D (BT_3675) from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qz4
タイトルCrystal structure of an Endo-1,4-beta-xylanase D (BT_3675) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.74 A resolution
要素Endo-1,4-beta-xylanase D
キーワードHYDROLASE / 5-BLADED BETA-PROPELLER FOLD / XYLAN DEGRADATION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase D
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an Endo-1,4-beta-xylanase D (BT_3675) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.74 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase D
B: Endo-1,4-beta-xylanase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,35517
ポリマ－70,3202
非ポリマー1,03515
水12,034668
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6468
ポリマ－35,1601
非ポリマー4877
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7099
ポリマ－35,1601
非ポリマー5498
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.163, 99.252, 65.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY PROVIDES SUPPORTING EVIDENCE THAT A MONOMER IS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase D


分子量: 35159.863 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 24-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_3675 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A1I6
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 24-333 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20.40% polyethylene glycol 8000, 0.1M HEPES pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.95369,0.97915,0.97901
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月25日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953691
20.979151
30.979011
反射解像度: 1.74→29.865 Å / Num. all: 65872 / Num. obs: 65872 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.863 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.74-1.794.10.8251.62002748310.825100
1.79-1.834.20.6811.91989647880.681100
1.83-1.894.20.5272.41905845770.527100
1.89-1.954.10.4273.11852544780.427100
1.95-2.014.20.3183.91812743420.318100
2.01-2.084.10.2764.71733141940.276100
2.08-2.164.20.2175.51686840460.217100
2.16-2.254.20.1936.31624638990.193100
2.25-2.354.20.167.41550137170.16100
2.35-2.464.20.1448.21509336060.144100
2.46-2.594.20.1179.51428634120.117100
2.59-2.754.20.09511.31339931980.095100
2.75-2.944.20.07513.51267730210.075100
2.94-3.184.20.0616.51185728240.06100
3.18-3.484.20.0519.31088226120.05100
3.48-3.894.20.04521.9981823470.045100
3.89-4.494.20.04423.6865520770.044100
4.49-5.54.20.04325.4738417760.043100
5.5-7.784.10.04922.7566113650.049100
7.78-29.86540.04324.230407620.04398.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
BUSTER-TNT2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.74→29.865 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9622 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9419 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. ETHYLENE GLYCOLS (EDO) AND HEPES (EPE) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS HAVE BEEN MODELED IN THE STRUCTURE. 4. THE FIRST FIVE RESIDUES OF EACH PROTOMER ARE DISODERED AND WERE NOT MODELED. 5. TWO UNKNOWN IONS (UNX) HAVE BEEN MODELED IN EACH PROTOMER. X-RAY FLUORESCENCE EMISSION SPECTRA, COORDINATION GEOMETRY ANDANOMALOUS SIGNAL AT THE MAD WAVELENGTHS WERE INCONCLUSIVE AS TO THE ION IDENTITIES. FOR THE SITE NEAR HIS-279, CALCIUM IS MODELED IN THE 1WL7 HOMOLOG AND A CHLORIDE IS MODELED IN THE 1GYH/1GYE HOMOLOG WITH A COMMENT IN THE PAPER THAT CHLORIDE IS ALSO A POSSIBILITY. THE UNKNOWN ION UNX-334 SHOWS COORDINATION DISTANCES LONGER THAN IS TYPICAL FOR CALCIUM BUT SHORTER THAN WOULD BE EXPECTED FOR CHLORIDE. THE UNKNOWN IONS UNX-335 MIGHT BE MAGNESIUM OR CALCIUM. HOWEVER, NEITHER ION WAS PRESENT IN THE PROTEIN BUFFER OR CRYSTALLIZATION REAGENT. 6. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE MAD PHASES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3337 5.07 %RANDOM
Rwork0.1594 ---
obs0.1616 65807 --
原子変位パラメータBiso max: 124.55 Å2 / Biso mean: 39.0161 Å2 / Biso min: 12.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1638 Å20 Å22.952 Å2
2--5.566 Å20 Å2
3----0.4023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4829 0 70 668 5567
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2186SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes737HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5077HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion641SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6592SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5107HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6969HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.59
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 219 4.55 %
Rwork0.2309 4598 -
all0.2321 4817 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.921-0.16140.43057.00430.12061.6131-0.0460.12550.0267-1.0763-0.1557-0.1632-0.22150.07430.2017-0.0304-0.0039-0.0839-0.24660.0096-0.201929.9788-22.80535.2386
20.93190.16070.44623.32120.20431.0580.0043-0.02770.0217-0.2888-0.01760.25060.001-0.01710.0132-0.054-0.0032-0.0756-0.13280.0011-0.057837.65250.718563.9662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|333 }A28 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|28 - B|333 }B28 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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