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- PDB-6sp0: Structure of Esco2 acetyltransferase in complex with CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp0
タイトルStructure of Esco2 acetyltransferase in complex with CoA
要素N-acetyltransferase ESCO2
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase / Zinc finger / Coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


Establishment of Sister Chromatid Cohesion / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / chromocenter / XY body / mitotic sister chromatid cohesion / protein-lysine-acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / pericentric heterochromatin / regulation of DNA replication / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / chromocenter / XY body / mitotic sister chromatid cohesion / protein-lysine-acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / pericentric heterochromatin / regulation of DNA replication / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein localization to chromatin / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / chromosome segregation / cell junction / site of double-strand break / double-strand break repair / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase ESCO, zinc-finger / N-acetyltransferase ESCO, acetyl-transferase domain / zinc-finger of acetyl-transferase ESCO / ESCO1/2 acetyl-transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / N-acetyltransferase ESCO2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者De, I. / Pena, V.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Alternative catalytic residues in the active site of Esco acetyltransferases
著者: Ajam, T. / De, I. / Petkau, N. / Whelan, G. / Pena, V. / Eichele, G.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase ESCO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8463
ポリマ－26,0131
非ポリマー8332
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.680, 52.680, 107.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw

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要素

#1: タンパク質 N-acetyltransferase ESCO2 / Establishment of cohesion 1 homolog 2 / ECO1 homolog 2


分子量: 26013.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Esco2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q8CIB9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, 20% (v/v) and 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→47.3 Å / Num. obs: 28388 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1533 / CC1/2: 0.928 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→37.62 Å / SU ML: 0.2091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.6851
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 1991 7.02 %
Rwork0.169 --
obs-28343 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→37.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1606 0 49 158 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23562301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0694250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4111997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Num. reflection RfreeNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.791271646X-RAY DIFFRACTION90.41
1.79-1.821401948X-RAY DIFFRACTION99.9
1.82-1.841401792X-RAY DIFFRACTION99.74
1.84-1.861401874X-RAY DIFFRACTION99.75
1.86-1.891401859X-RAY DIFFRACTION99.9
1.89-1.921301888X-RAY DIFFRACTION99.9
1.92-1.951421874X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.981401828X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.021441869X-RAY DIFFRACTION99.85
2.02-2.051421828X-RAY DIFFRACTION99.95
2.05-2.091421901X-RAY DIFFRACTION99.8
2.09-2.131471860X-RAY DIFFRACTION99.9
2.13-2.181421901X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.231301807X-RAY DIFFRACTION99.95
2.23-2.291461877X-RAY DIFFRACTION99.95
2.29-2.351441874X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.421441862X-RAY DIFFRACTION99.85
2.42-2.51481860X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.591381851X-RAY DIFFRACTION99.8
2.59-2.691441851X-RAY DIFFRACTION99.75
2.69-2.811381877X-RAY DIFFRACTION99.9
2.81-2.961481864X-RAY DIFFRACTION99.6
2.96-3.151341833X-RAY DIFFRACTION99.14
3.15-3.391311873X-RAY DIFFRACTION99.8
3.39-3.731451880X-RAY DIFFRACTION99.75
3.73-4.271421824X-RAY DIFFRACTION99.75
4.27-5.371391885X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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