[日本語] English
万見
- PDB-6so3: The interacting head motif in insect flight muscle myosin thick f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6so3
タイトルThe interacting head motif in insect flight muscle myosin thick filaments
要素
  • Myosin 2 essential light chain striated muscle
  • Myosin 2 heavy chain striated muscle
  • Myosin 2 regulatory light chain striated muscle
キーワードMOTOR PROTEIN / myosin / thick filament / insect flight muscle
生物種Lethocerus indicus (昆虫)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Morris, E.P. / Knupp, C. / Squire, J.M.
引用ジャーナル: Biology (Basel) / 年: 2019
タイトル: The Interacting Head Motif Structure Does Not Explain the X-Ray Diffraction Patterns in Relaxed Vertebrate (Bony Fish) Skeletal Muscle and Insect () Flight Muscle.
著者: Carlo Knupp / Edward Morris / John M Squire /
要旨: Unlike electron microscopy, which can achieve very high resolution but to date can only be used to study static structures, time-resolved X-ray diffraction from contracting muscles can, in principle, ...Unlike electron microscopy, which can achieve very high resolution but to date can only be used to study static structures, time-resolved X-ray diffraction from contracting muscles can, in principle, be used to follow the molecular movements involved in force generation on a millisecond timescale, albeit at moderate resolution. However, previous X-ray diffraction studies of resting muscles have come up with structures for the head arrangements in resting myosin filaments that are different from the apparently ubiquitous interacting head motif (IHM) structures found by single particle analysis of electron micrographs of isolated myosin filaments from a variety of muscle types. This head organization is supposed to represent the super-relaxed state of the myosin filaments where adenosine triphosphate (ATP) usage is minimized. Here we have tested whether the interacting head motif structures will satisfactorily explain the observed low-angle X-ray diffraction patterns from resting vertebrate (bony fish) and invertebrate (insect flight) muscles. We find that the interacting head motif does not, in fact, explain what is observed. Previous X-ray models fit the observations much better. We conclude that the X-ray diffraction evidence has been well interpreted in the past and that there is more than one ordered myosin head state in resting muscle. There is, therefore, no reason to question some of the previous X-ray diffraction results on myosin filaments; time-resolved X-ray diffraction should be a reliable way to follow crossbridge action in active muscle and may be one of the few ways to visualise the molecular changes in myosin heads on a millisecond timescale as force is actually produced.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7029
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Myosin 2 heavy chain striated muscle
D: Myosin 2 essential light chain striated muscle
F: Myosin 2 regulatory light chain striated muscle
A: Myosin 2 heavy chain striated muscle
C: Myosin 2 essential light chain striated muscle
E: Myosin 2 regulatory light chain striated muscle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,9296
ポリマ－527,9296
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area32650 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area77740 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Myosin 2 heavy chain striated muscle


分子量: 224542.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lethocerus indicus (昆虫)
#2: タンパク質 Myosin 2 essential light chain striated muscle


分子量: 17628.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lethocerus indicus (昆虫)
#3: タンパク質 Myosin 2 regulatory light chain striated muscle


分子量: 21794.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lethocerus indicus (昆虫)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Myosin thick filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Lethocerus indicus (昆虫)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 33.98 ° / 軸方向距離/サブユニット: 145 Å / らせん対称軸の対称性: C4
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24000 / 対称性のタイプ: HELICAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る