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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sny | |||||||||
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タイトル | Synthetic mimic of an EPCR-binding PfEMP1 bound to EPCR | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / PfEMP1 EPCR vaccine immunogen | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space ...negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物)![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Barber, N.M. / Higgins, M.K. | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Design of a Synthetic Mimic of an Endothelial Protein C Receptor-Binding PfEMP1 Protein. 著者: Barber, N.M. / Lau, C.K.Y. / Turner, L. / Watson, G. / Thrane, S. / Lusingu, J.P.A. / Lavstsen, T. / Higgins, M.K. #1: ![]() タイトル: Structure-guided design of a synthetic mimic of an EPCR-binding PfEMP1 protein 著者: Barber, N.M. / Lau, C.K.Y. / Turner, L. / Watson, G. / Thrane, S. / Luisnghu, J.P.A. / Lavstsen, T. / Higgins, M.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 836.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 851.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 15491.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22046.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UNN8 |
-糖 , 3種, 7分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #6: 糖 | |
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-非ポリマー , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/PTY.gif)
#5: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.05 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.11→46.88 Å / Num. obs: 20508 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 1.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.11→3.19 Å / Num. unique obs: 1635 / CC1/2: 0.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso max: 260.27 Å2 / Biso mean: 128.47 Å2 / Biso min: 67.08 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.11→46.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.11→3.14 Å / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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