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万見
- PDB-6snj: Solution structure of the FUS/TLS RNA recognition motif in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6snj
タイトルSolution structure of the FUS/TLS RNA recognition motif in complex with U1 snRNA stem loop III
要素
  • RNA-binding protein FUS
  • U1 snRNA stem loop III, RNA (28-MER)
キーワードSPLICING / Splicing regulation / FUS-U1snRNP / Spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / transcription coregulator activity ...mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / transcription coregulator activity / protein homooligomerization / amyloid fibril formation / transcription coactivator activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-binding protein FUS
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Campagne, S. / Allain, F.H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_170130 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Aberrant interaction of FUS with the U1 snRNA provides a molecular mechanism of FUS induced amyotrophic lateral sclerosis.
著者: Jutzi, D. / Campagne, S. / Schmidt, R. / Reber, S. / Mechtersheimer, J. / Gypas, F. / Schweingruber, C. / Colombo, M. / von Schroetter, C. / Loughlin, F.E. / Devoy, A. / Hedlund, E. / ...著者: Jutzi, D. / Campagne, S. / Schmidt, R. / Reber, S. / Mechtersheimer, J. / Gypas, F. / Schweingruber, C. / Colombo, M. / von Schroetter, C. / Loughlin, F.E. / Devoy, A. / Hedlund, E. / Zavolan, M. / Allain, F.H. / Ruepp, M.D.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein FUS
B: U1 snRNA stem loop III, RNA (28-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0922
ポリマ－23,0922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein FUS / 75 kDa DNA-pairing protein / Oncogene FUS / Oncogene TLS / POMp75 / Translocated in liposarcoma protein


分子量: 14137.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUS, TLS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon+ / 参照: UniProt: P35637
#2: RNA鎖 U1 snRNA stem loop III, RNA (28-MER)


分子量: 8954.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
152isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1141isotropic33D 1H-15N NOESY
1131isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1121isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
1112isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1102isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
193isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
183isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
173isotropic33D 1H-13C NOESY
163isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1191isotropic13D HN(CA)CB
1181isotropic13D CBCA(CO)NH
1171isotropic13D HNCO
1161isotropic13D HNCA
1154isotropic32D 1H-1H NOESY
1222isotropic22D F1FF2f NOESY
1212isotropic22D F2F NOEY
1202isotropic22D F1fF2F TOCSY
1242isotropic33D 1H-13C filtered edited NOESY HSQC
1233isotropic33D 1H-13C filtered edited NOESY HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FUS/TLS RNA recognition motif (260-390), 1.5 mM SL3, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2OFUS/TLS RRM 13C15N labeled in complex with U1snRNA SL315N_13C_sample_H2090% H2O/10% D2O
solution21.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FUS/TLS RNA recognition motif (260-390), 1.5 mM SL3, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 100% D2OFUS/TLS RRM 13C15N labeled in complex with U1snRNA SL3 in D2015N_13C_sample_D20100% D2O
solution31 mM FUS/TLS RNA recognition motif (260-390), 0.8 mM [U-13C; U-15N] SL3, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 100% D2OFUS/TLS RRM unlabeled in complex with U1snRNA SL3 13C15N in D20RNA_labeled100% D2O
solution41 mM FUS/TLS RNA recognition motif (260-390), 1 mM SL3, 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2OFUS/TLS RRM in complex with U1snRNA SL3 in H20UN90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMFUS/TLS RNA recognition motif (260-390)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.5 mMSL3natural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
1.2 mMFUS/TLS RNA recognition motif (260-390)[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.5 mMSL3natural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
1 mMFUS/TLS RNA recognition motif (260-390)natural abundance3
0.8 mMSL3[U-13C; U-15N]3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
1 mMFUS/TLS RNA recognition motif (260-390)natural abundance4
1 mMSL3natural abundance4
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMDTTnatural abundance4
試料状態イオン強度: 60 mM / Label: 1 / pH: 6.8 / PH err: 0.1 / 圧: atm atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001cryo-probbed
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002cryo-probbed
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003cryo-probbed

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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