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- PDB-6smt: S-enantioselective imine reductase from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smt
タイトルS-enantioselective imine reductase from Mycobacterium smegmatis
要素6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
キーワードOXIDOREDUCTASE / Imine reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-ethylhexan-1-ol / FORMIC ACID / Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Meyer, T. / Zumbraegel, N. / Geerds, C. / Groeger, H. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research031A184A ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of an S -enantioselective Imine Reductase from Mycobacterium Smegmatis .
著者: Meyer, T. / Zumbragel, N. / Geerds, C. / Groger, H. / Niemann, H.H.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,67334
ポリマ－155,1745
非ポリマー5,49929
水35,4901970
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,20512
ポリマ－62,0702
非ポリマー2,13610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12640 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
2
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,20513
ポリマ－62,0702
非ポリマー2,13611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
3
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
ヘテロ分子

E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,52518
ポリマ－62,0702
非ポリマー2,45616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area12710 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.007, 77.023, 194.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding


分子量: 31034.783 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_6341 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5X0

-
非ポリマー , 7種, 1999分子

#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-2EH / (2S)-2-ethylhexan-1-ol / (S)-2-エチル-1-ヘキサノ-ル


分子量: 130.228 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100.42 Å / Num. obs: 248023 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 1702995 / Scaling rejects: 6558
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.586.40.38476619118890.9280.1620.4173.296.3
8.49-100.4270.0871128516200.9870.0360.09430100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDS20180307データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER1.14rc3-3199位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G6R, 3ZGY, 4OQY, 4D3S

5g6r

3zgy

4oqy

4d3s


解像度: 1.55→100.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.811 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1549 12250 4.9 %RANDOM
Rwork0.1308 ---
obs0.132 235772 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.91 Å2 / Biso mean: 18.425 Å2 / Biso min: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0 Å20.03 Å2
2---0.36 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→100.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10376 0 364 1970 12710
Biso mean--19.63 34.37 -
残基数----1432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01311589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2671.63815888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7391.57824654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86951580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.73720.106568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.795151691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.28615113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022526
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 872 -
Rwork0.173 17009 -
all-17881 -
obs--96.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1323-0.0238-0.20340.01460.00590.41780.027-0.02020.0227-0.01630.00650.00080.0010.0255-0.03350.0227-0.00550.00750.0047-0.00140.030543.613340.100842.4438
20.15670.0261-0.23030.16960.10740.4686-0.0060.00240.00380.02910.00470.00250.0382-0.00150.00130.0212-0.00410.00440.0048-0.00270.016228.593337.305566.1071
30.2716-0.06730.29890.098-0.03120.38220.03470.00250.04010.0011-0.0435-0.02840.0184-0.03160.00880.02610.00480.02380.0270.01980.031389.162317.025768.5749
40.2366-0.06110.34270.1679-0.1980.57610.0435-0.00450.0247-0.0722-0.06520.01630.11030.04390.02170.04320.03720.00580.04150.0010.015977.131613.046543.7417
50.498-0.01810.05330.0288-0.0380.0611-0.01810.0079-0.05060.0026-0.0032-0.0101-0.0074-0.01110.02130.0080.0006-0.00260.0306-0.01890.023944.2064-9.360695.3351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 288
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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