[日本語] English
万見
- PDB-6sm6: AntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sm6
タイトルAntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein
要素Acyl carrier protein
キーワードPROTEIN BINDING / Natural Product Biosynthesis / Polyketides / Minimal PKS System / Anthraquinone / Chain Elongation / Catalysis
機能・相同性Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Acyl carrier protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Braeuer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruehl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H. / Groll, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural snapshots of the minimal PKS system responsible for octaketide biosynthesis.
著者: Brauer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruhl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H.B. / Groll, M.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: Acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3822
ポリマ－22,3822
非ポリマー00
水48627
1
A: Acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1911
ポリマ－11,1911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1911
ポリマ－11,1911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.080, 59.080, 151.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-118-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 11191.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: C6H68_21855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8QL96
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid, 3.2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 11070 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1236 / CC1/2: 0.943 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SM4

6sm4


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 13.705 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.199
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 548 5 %RANDOM
Rwork0.1883 ---
obs0.1902 10411 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.33 Å2 / Biso mean: 60.157 Å2 / Biso min: 22.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.16 Å2-0 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1264 0 0 27 1291
Biso mean---55.35 -
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.9671741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0053.012695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3045154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.79226.56364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36215220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.931152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02240
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.15932440
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.825519
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.58952432
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 39 -
Rwork0.272 750 -
all-789 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4770.404-0.03950.8462-0.04840.2972-0.0051-0.00340.00480.0031-0.0036-0.03820.064-0.04350.00860.08510.0060.00750.03580.0040.005818.25129.40328.9654
20.1413-0.1152-0.1991.3804-0.02050.30650.0210.017-0.00080.059-0.0244-0.0128-0.0444-0.02070.00340.07820.0069-0.00090.0390.01040.003110.50478.669128.5728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 79

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る