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万見
- PDB-6sm1: Wild type immunoglobulin light chain (WT-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sm1
タイトルWild type immunoglobulin light chain (WT-1)
要素Immunoglobulin lambda variable 2-14
キーワードIMMUNE SYSTEM / AL Amyloidosis / Antibody Folding / Protein Stability / Dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


opsonization / regulation of complement activation / peptide cross-linking / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin complex / complement activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / leukocyte migration ...opsonization / regulation of complement activation / peptide cross-linking / CD22 mediated BCR regulation / immunoglobulin complex / complement activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / leukocyte migration / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Fc-epsilon receptor signaling pathway / FCGR activation / regulation of immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / receptor-mediated endocytosis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Immunoglobulin lambda variable 2-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Kazman, P. / Vielberg, M.-T. / Cendales, M.D.P. / Hunziger, L. / Weber, B. / Hegenbart, U. / Zacharias, M. / Koehler, R. / Schoenland, S. / Groll, M. / Buchner, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Fatal amyloid formation in a patient's antibody light chain is caused by a single point mutation.
著者: Kazman, P. / Vielberg, M.T. / Pulido Cendales, M.D. / Hunziger, L. / Weber, B. / Hegenbart, U. / Zacharias, M. / Kohler, R. / Schonland, S. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin lambda variable 2-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3726
ポリマ－11,8631
非ポリマー5095
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.500, 104.500, 55.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

21A-434-

HOH

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin lambda variable 2-14 / Ig lambda chain V-II region NIG-84 / Ig lambda chain V-II region TOG / Ig lambda chain V-II region VIL


分子量: 11862.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV2-14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01704
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 0.2 M CaCl2, 28% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 26220 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4387 / CC1/2: 0.868 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NKI

4nki


解像度: 1.55→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.216 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.053
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1649 1309 5 %RANDOM
Rwork0.1418 ---
obs0.143 24867 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.38 Å2 / Biso mean: 25.416 Å2 / Biso min: 14.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 32 173 1016
Biso mean--43.09 42.65 -
残基数----111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02869
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9761174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87531792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3255116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92324.48329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.12515127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.621152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02166
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.13131626
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.6325113
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.94451679
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 93 -
Rwork0.216 1780 -
all-1873 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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