PDB-6sjv: Structure of HPV18 E6 oncoprotein in complex with mutant E6AP Lxx...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sjv

タイトル

Structure of HPV18 E6 oncoprotein in complex with mutant E6AP LxxLL motif

要素

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

キーワード

VIRAL PROTEIN / HPV18 E6 protein / E6AP / LxxLL motif

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / motor learning / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / locomotory exploration behavior ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / motor learning / negative regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / locomotory exploration behavior / carbohydrate transmembrane transporter activity / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / ovarian follicle development / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / proteasome complex / response to cocaine / positive regulation of protein ubiquitination / PDZ domain binding / response to progesterone / regulation of synaptic plasticity / response to hydrogen peroxide / regulation of circadian rhythm / brain development / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / outer membrane-bounded periplasmic space / ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.029 Å

データ登録者

Suarez, I.P. / Cousido-Siah, A. / Bonhoure, A. / Kostmann, C. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Trave, G.

資金援助

フランス,

米国, 3件

組織	認可番号	国
French League Against Cancer	equipe labellisee 2015 and fellowship AB	フランス
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA134737	米国
Foundation for Medical Research	fellowship to IPS	フランス

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Cellular target recognition by HPV18 and HPV49 oncoproteins
著者: Suarez, I.P. / Bonhoure, A. / Cousido-Siah, A. / Chebaro, Y. / Kostmann, C. / Eberling, P. / Altschuh, D. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Trave, G.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sjv.cif.gz	124.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sjv.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sjv_validation.pdf.gz	902.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sjv_full_validation.pdf.gz	905.3 KB	表示
XML形式データ	6sjv_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	6sjv_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6smvC 4giz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vt1-d 6vtg-d 6vtf-d 6nq3-2 6nd1-d 1731 4rfl-d 4lop-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (9) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (5) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (9)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (6)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (5)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#138 - 2011年6月
グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

ヘテロ分子

61.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

ヘテロ分子

A: Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.825, 106.825, 100.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2621- HOH

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein E6,Ubiquitin-protein ligase E3A / E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6- ...

分子量: 60651.824 Da / 分子数: 1
変異: K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R,K84A,K240A,E360A,K363A,D364A,F1049R,L2386F,E2393R
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A, res 1-362: MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN, Uniprot: P0AEX9. Natural source organism: Escherichia coli. Chain A, res 1001-1143: HPV18 E6 Protein, Uniprot: P06463. Natural source ...
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌), (組換発現)

Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, EPS91_05465, NCTC8450_00456, NCTC9775_03059, E6, UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: P06463, UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: Sodium Cacodylate 100 mM pH 6.5, PEG 8000 5%, 2-methyl-2,4-pentanediol 40%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.029→19.792 Å / Num. obs: 82043 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.0293→2.1017 Å / Num. unique obs: 42645 / CC_1/2: 0.563

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.029→19.792 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	-	-
R_work	0.2032	-	-
obs	-	42645	98.83 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.029→19.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4157	0	25	121	4303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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