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- PDB-6sil: SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by inverse beam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sil
タイトルSAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by inverse beam geometry data collection and multivariate analysis of Friedel pairs
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / Multivariate analysis / Single-wavelength X-ray Anomalous Diffraction / Inverse beam geometry collection / Hen Egg White Lysozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6101802385 Å
データ登録者Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2019
タイトル: Bayesian machine learning improves single-wavelength anomalous diffraction phasing.
著者: Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,86915
ポリマ－16,2581
非ポリマー61114
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Commercially obtained from Sigma-Aldrich (St Louis, MO)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area6500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.070, 79.070, 36.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-340-

HOH

21A-402-

HOH

31A-471-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 191分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 50mM Na Acetate pH 4.5 1M NaCl 25% Ethylene glycol / Temp details: Temperature controlled room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→39.535 Å / Num. obs: 28213 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 38.1 % / Biso Wilson estimate: 13.62 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 44.83
反射 シェル解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.915 / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6101802385→39.535 Å / SU ML: 0.13287775586 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.000458515671031 / 位相誤差: 16.1268318032
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169342803501 1345 4.84876888136 %
Rwork0.143467876563 --
obs0.14469894543 27739 95.6451279222 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.2989554034 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6101802385→39.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 29 177 1207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005509060692151104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7818815895071495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0530191814368151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00407447855953200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.58127699747660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6102-1.66770.2182103463191100.2134457013611881X-RAY DIFFRACTION68.9165801315
1.6677-1.73450.2043599246911590.162557693752663X-RAY DIFFRACTION97.9520999653
1.7345-1.81340.2013072506861260.1602058151612761X-RAY DIFFRACTION98.7346101231
1.8134-1.90910.1923084823361350.1404069118692688X-RAY DIFFRACTION98.3966538864
1.9091-2.02870.1906896582191340.1322556203232770X-RAY DIFFRACTION98.9100817439
2.0287-2.18530.146143040571390.133345518082729X-RAY DIFFRACTION99.1358451434
2.1853-2.40520.1509409170921270.1343965558912731X-RAY DIFFRACTION98.7219343696
2.4052-2.75310.1696228058841350.1500669327182727X-RAY DIFFRACTION98.7577639752
2.7531-3.46830.165447307331400.1411805465952707X-RAY DIFFRACTION98.0709610748
3.4683-39.530.1566349875951400.1398706984122737X-RAY DIFFRACTION98.8659793814
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.41171719191-3.525859580811.816868057748.15224203381-2.253475263164.63121304995-0.0439075137216-0.02141475278470.2323929661340.191337550817-0.0413280372865-0.130922431431-0.1725986370020.1674118679270.08396913785020.127288925757-0.0268958005676-0.01398647954490.102691397821-0.04256504022260.14889950033822.986566203446.252900529727.7028913811
27.093891502132.676190740330.2520372693435.323831586370.5302799395111.148369273070.1028821256870.0590060503770.4303600372090.13567408589-0.130913679110.0125848882815-0.1104348092730.07118252509390.03747241128970.1405108934770.01486811151260.001518681332480.08597384707380.02767003773990.1482849464315.65429435451.347303998315.9975367798
31.59474450076-0.888349125419-0.001131780232611.764509046360.4093053562241.55357751242-0.005763941227680.103864462937-0.1137343175710.07488805478880.02740545768510.07409441446660.134704743043-0.03971378315310.00183160142520.0675307894722-0.00726530170315-0.00686831526370.0670647892006-0.01146539976460.086124654633118.438309325834.313364558220.7435875636
47.26549241515-5.60765160861-4.076343197056.926909559083.104278843276.376174618320.06439273824060.1395189702590.116131461048-0.058575786939-0.04446923242020.0314309261509-0.22653688767-0.1226856993830.009363657782390.06874592329080.00490440127578-0.003612776474810.06153748822260.002343546645970.061712237173221.821398368534.383946477717.3603089074
55.6625405274-4.355000005822.635770965093.8081520101-2.691505368412.83532625670.3527475137250.237616753671-0.325564366-0.640553190659-0.2490369571480.1865524318560.148559717192-0.167680749174-0.1160423793720.1483350769860.0204447037086-0.008735389946140.151063593641-0.02357128393460.12112211620323.943442387830.58871311597.83267719734
61.70866089249-0.554054096308-0.4974362983123.487534536830.5722906703064.076723895410.1460328241710.1307378834820.199919885911-0.293262912129-0.151097269527-0.239883215793-0.0736291331931-0.002913410984840.006834216692460.09102836886360.02194085582230.01979062020040.1142445148890.0187004205340.13345342051327.553002425836.245623903710.8089151185
77.26069521178-1.386140958586.94274826174.36775982471-0.5593328242916.78289888532-0.09332028421640.2145045935620.220003103338-0.06658662515-0.0174322553961-0.166889377396-0.2835098464990.2402584432660.0981338395160.09974313259870.0006064369110950.04187263960140.0770214237880.01749534759620.11238011789522.321107689644.470815767312.6677648701
83.604414169660.423665720274-0.7090069225114.53067709332-3.643542140596.726582287180.02563874124530.269140608642-0.109392271434-0.205433152302-0.03631491095440.1175917473220.314525238296-0.09967693940750.01714175126850.08636582854830.006353970791-0.0001646786242420.0672047639608-0.02016245886590.1036167692669.8163949041739.398986206414.5144110586
94.683233140143.513047808283.490409410973.968847026673.010463317674.07631031792-4.96179241727E-5-0.3083364730820.557365320733-0.0231242292972-0.1176461195240.128497895854-0.448162662208-0.1829956944920.1727538538460.1550870329130.008178983632840.02554170648510.135825026624-0.05220330545940.18511728877410.662788976748.269168447328.9047197256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 77 through 86 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 87 through 106 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 107 through 117 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 132 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 133 through 147 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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