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- PDB-6sie: Crystal structure of the C-lobe of drosophila Arc 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sie
タイトルCrystal structure of the C-lobe of drosophila Arc 2
要素Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Arc / Gag homology / atomic resolution / capsid assembly
機能・相同性Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / virus-like capsid / extracellular vesicle / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hallin, E.I. / Kursula, P.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway249951 ノルウェー
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Crystal and solution structures reveal oligomerization of individual capsid homology domains of Drosophila Arc.
著者: Hallin, E.I. / Markusson, S. / Bottger, L. / Torda, A.E. / Bramham, C.R. / Kursula, P.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
B: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
C: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
D: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,62810
ポリマ－42,0524
非ポリマー5766
水52229
1
A: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
B: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5067
ポリマ－21,0262
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
C: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
D: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1223
ポリマ－21,0262
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.950, 189.950, 40.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質
Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2 / dArc2


分子量: 10512.886 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Arc2, CG13941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7JV70
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.25 M ammonium sulphate, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM lithium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 19015 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.357 / Rsym value: 0.344 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1361 / CC1/2: 0.433 / Rrim(I) all: 3.152 / Rsym value: 3.036 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SID

6sid


解像度: 2.8→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 -10 %random
Rwork0.231 ---
obs-18953 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2838 0 30 29 2897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01322920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31533921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.91411798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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