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万見
- PDB-6shu: Borrelia burgdorferi BmpD nucleoside binding protein bound to ade... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6shu
タイトルBorrelia burgdorferi BmpD nucleoside binding protein bound to adenosine
要素Basic membrane protein D
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter / nucleoside / purine
機能・相同性ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / ADENOSINE / Basic membrane protein D
機能・相同性情報
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43002869382 Å
データ登録者Guedez, G. / Astrand, M. / Cuellar, J. / Hytonen, J. / Salminen, T.A.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2020
タイトル: Structural and Biomolecular Analyses of Borrelia burgdorferi BmpD Reveal a Substrate-Binding Protein of an ABC-Type Nucleoside Transporter Family.
著者: Cuellar, J. / Astrand, M. / Elovaara, H. / Pietikainen, A. / Siren, S. / Liljeblad, A. / Guedez, G. / Salminen, T.A. / Hytonen, J.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic membrane protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6184
ポリマ－39,2921
非ポリマー3263
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, protein ligand binding assays
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.780, 42.900, 66.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.339, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Basic membrane protein D


分子量: 39292.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain JD1) (バクテリア)
株: JD1 / 遺伝子: bmpD, BbuJD1_0385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4S1L1
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M NaAcetate pH 5.0, 20 % PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→58.97 Å / Num. obs: 44945 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 11.4009465962 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06223 / Rrim(I) all: 0.06662 / Net I/σ(I): 19.34
反射 シェル解像度: 1.43→1.481 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3157 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / Num. unique obs: 2652 / CC1/2: 0.915 / Rrim(I) all: 0.3546 / % possible all: 51.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.43002869382→30.7054995969 Å / SU ML: 0.109588610386 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36089495234 / 位相誤差: 18.8856208632
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179340033578 2193 4.87929691846 %RANDOM
Rwork0.153557668964 42752 --
obs0.154848832023 44945 90.6441594063 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.2831965041 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43002869382→30.7054995969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 21 409 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005223453060032523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8061530551533409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811537619126380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00429442412469439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1219082681918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43002869382-1.48110.2163800.18562498X-RAY DIFFRACTION51.3170731707
3.6016-30.70549959690.1422414326681370.1356295927673067X-RAY DIFFRACTION99.8753117207
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.47545137734 Å / Origin y: 21.9707822093 Å / Origin z: 16.2846815386 Å
111213212223313233
T0.0487676386732 Å2-1.07406789163E-5 Å20.00236973446401 Å2-0.0218004793321 Å20.000447308993928 Å2--0.0393462720394 Å2
L0.750511259047 °2-0.0170712475259 °20.15621700868 °2-0.158064622969 °2-0.00320155112857 °2--0.611648767873 °2
S-0.00479527228019 Å °-0.0286507794374 Å °-0.0231623093224 Å °-0.0139585112101 Å °0.00701545071918 Å °-0.00489442298294 Å °0.00131290631122 Å °-0.0440485800639 Å °0.000473574288715 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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