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万見
- PDB-6shd: Structure of the GH76A alpha-1,6-mannanase from Salegentibacter s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6shd
タイトルStructure of the GH76A alpha-1,6-mannanase from Salegentibacter sp. HEL1_6
要素Alpha-1,6-mannanase
キーワードHYDROLASE / Mannanase / Glycoside hydrolase / GH76 / CAZyme / Mannan / Carbohydrate
生物種Salegentibacter sp. Hel_I_6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hehemann, J.H. / Solanki, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Isme J / 年: 2022
タイトル: Glycoside hydrolase from the GH76 family indicates that marine Salegentibacter sp. Hel_I_6 consumes alpha-mannan from fungi.
著者: Solanki, V. / Kruger, K. / Crawford, C.J. / Pardo-Vargas, A. / Danglad-Flores, J. / Hoang, K.L.M. / Klassen, L. / Abbott, D.W. / Seeberger, P.H. / Amann, R.I. / Teeling, H. / Hehemann, J.H.
履歴
登録2019年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,6-mannanase
B: Alpha-1,6-mannanase
C: Alpha-1,6-mannanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2433
ポリマ－131,2433
非ポリマー00
水10,034557
1
A: Alpha-1,6-mannanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7481
ポリマ－43,7481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-1,6-mannanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7481
ポリマ－43,7481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-1,6-mannanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7481
ポリマ－43,7481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.261, 37.507, 187.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,6-mannanase


分子量: 43747.512 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salegentibacter sp. Hel_I_6 (バクテリア)
遺伝子: GH76A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M Sodium acetate pH 5.0 20 % w/v PEG 6000
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→92.02 Å / Num. obs: 87258 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 574248 / Scaling rejects: 49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.046.90.8453069144220.7740.3460.9152.699.8
10.77-92.025.30.05833636300.9940.0270.06424.696.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K7X

3k7x


解像度: 2→55.091 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1999 2.29 %
Rwork0.1458 --
obs0.1471 87169 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.62 Å2 / Biso mean: 39.0577 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→55.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8070 0 0 557 8627
Biso mean---41.73 -
残基数----1014
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.050.27431420.17716038100
2.05-2.10550.25431430.1625602299
2.1055-2.16740.21821410.1497599899
2.1674-2.23740.19761420.1441599499
2.2374-2.31730.26061400.1641597798
2.3173-2.41010.22721420.14696047100
2.4101-2.51980.21981410.1436607499
2.5198-2.65270.20091430.1379604699
2.6527-2.81880.20251450.1483602799
2.8188-3.03650.22611410.166129100
3.0365-3.3420.20181440.1534609799
3.342-3.82550.18581460.1293616799
3.8255-4.81930.16731410.1206616499
4.8193-55.0910.19381480.1631639099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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