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- PDB-6sge: Crystal structure of Human RHOB-GTP in complex with nanobody B6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sge
タイトルCrystal structure of Human RHOB-GTP in complex with nanobody B6
要素
  • Nanobody B6
  • Rho-related GTP-binding protein RhoB
キーワードIMMUNE SYSTEM / GTPase / RHO / antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / endothelial tube morphogenesis / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of modification of postsynaptic structure / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHOB GTPase cycle / endosome to lysosome transport / immunoglobulin complex / cleavage furrow ...RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / endothelial tube morphogenesis / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of modification of postsynaptic structure / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHOB GTPase cycle / endosome to lysosome transport / immunoglobulin complex / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / Rho protein signal transduction / negative regulation of cell cycle / immunoglobulin mediated immune response / RHO GTPases activate PKNs / GPVI-mediated activation cascade / regulation of cell migration / antigen binding / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of cell migration / actin filament organization / cellular response to ionizing radiation / RHO GTPases Activate Formins / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of angiogenesis / GDP binding / G alpha (12/13) signalling events / late endosome membrane / angiogenesis / blood microparticle / cell differentiation / early endosome / cell adhesion / endosome membrane / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Immunoglobulin V-Type / Rab subfamily of small GTPases / Immunoglobulin V-set domain ...: / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Immunoglobulin V-Type / Rab subfamily of small GTPases / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / AEP5A5 / Rho-related GTP-binding protein RhoB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Soulie, S. / Gence, R. / Cabantous, S. / Lajoie-Mazenc, I. / Favre, G. / Pedelacq, J.D.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: A Targeted Protein Degradation Cell-Based Screening for Nanobodies Selective toward the Cellular RHOB GTP-Bound Conformation.
著者: Bery, N. / Keller, L. / Soulie, M. / Gence, R. / Iscache, A.L. / Cherier, J. / Cabantous, S. / Sordet, O. / Lajoie-Mazenc, I. / Pedelacq, J.D. / Favre, G. / Olichon, A.
履歴
登録2019年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-related GTP-binding protein RhoB
B: Nanobody B6
C: Rho-related GTP-binding protein RhoB
D: Nanobody B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,18210
ポリマ－71,0384
非ポリマー1,1446
水12,214678
1
A: Rho-related GTP-binding protein RhoB
B: Nanobody B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0915
ポリマ－35,5192
非ポリマー5723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
2
C: Rho-related GTP-binding protein RhoB
D: Nanobody B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0915
ポリマ－35,5192
非ポリマー5723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.840, 70.227, 71.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Rho-related GTP-binding protein RhoB / Rho cDNA clone 6 / h6


分子量: 20814.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOB, ARH6, ARHB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62745
#2: 抗体 Nanobody B6


分子量: 14704.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4E0W6L3
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Mes pH 6.5 200 mM MgCl2 25% v/w PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→48.795 Å / Num. obs: 110991 / % possible obs: 72.5 % / 冗長度: 2.81 % / Biso Wilson estimate: 24.866 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 17.39 / Num. measured all: 311846
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.381.4491.0450.6144082467230420.4511.45912.3
1.38-1.481.790.6881.02171482317595780.6920.94241.3
1.48-1.592.2140.3022.473584721624161910.9280.39174.9
1.59-1.753.0570.1695.385832219890190810.9780.20495.9
1.75-1.953.050.08810.415454818028178830.9930.10799.2
1.95-2.253.1650.04221.374999915928157950.9980.05199.2
2.25-2.763.0870.02732.614131613480133820.9990.03399.3
2.76-3.93.1750.01948.453275310481103170.9990.02398.4
3.9-48.7953.0590.01955.217505588557220.9990.02497.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDS3.2データ削減
XDS3.2データスケーリング
PHENIX1.16-3549位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FV8

2fv8


解像度: 1.5→47.175 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1884 1710 1.79 %
Rwork0.161 93641 -
obs0.1615 95351 94.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.17 Å2 / Biso mean: 33.2646 Å2 / Biso min: 12.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→47.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 94 678 5630
Biso mean--18.9 39.09 -
残基数----620
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.54410.28311120.2502581871
1.5441-1.5940.2662117703386
1.594-1.6510.2449142763194
1.651-1.71710.2473151795197
1.7171-1.79520.2256147813499
1.7952-1.88990.2279148816599
1.8899-2.00830.2111150805499
2.0083-2.16330.1845157817099
2.1633-2.3810.1785146818299
2.381-2.72550.1887141815499
2.7255-3.43370.1886150814499
3.4337-47.1750.15771490.1424820598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4546-0.37030.3843.06610.07676.7492-0.0067-0.2593-0.24910.2022-0.07210.00530.1813-0.27480.10840.0873-0.0145-0.01840.14590.03840.18148.754910.973685.87
22.7516-0.82521.61622.0585-2.32956.04820.1748-0.1273-0.60380.06150.02220.01790.6403-0.0662-0.21790.2203-0.0349-0.06410.14420.0410.29145.92896.51482.614
33.5749-0.0377-0.06110.8740.28382.06250.0205-0.12990.26610.05950.00190.01-0.1868-0.1241-0.03820.17720.0073-0.02150.11740.02310.180650.264420.217584.3882
43.79030.74791.41051.5774-0.93446.49590.00880.9134-0.0455-0.11920.0002-0.18260.29610.8642-0.03350.14950.0512-0.01960.39320.00080.223964.7119.718367.3039
53.0447-0.28181.05351.98842.12164.8759-0.13880.43290.1784-0.05310.1166-0.1644-0.33090.54020.02770.1545-0.0597-0.01020.22760.06670.228466.745120.586276.7441
62.62340.287-0.05422.62170.85162.8526-0.0048-0.203-0.14410.1629-0.0138-0.04630.11690.04370.01990.15980.011-0.04250.14570.03270.171958.915210.393789.3391
72.82751.18970.77796.4769-1.60873.55990.48210.4015-0.06080.4098-0.5537-0.3944-0.12660.87080.14780.28450.07350.07670.6248-0.04840.277560.827915.076648.2498
85.56831.084-0.17325.3924-1.29642.93120.15310.1711-1.0687-0.2308-0.1939-0.37110.43380.45510.1170.25530.0897-0.03780.3893-0.09020.284850.92285.832350.2028
94.8275.82665.22238.25464.99427.22220.1721-0.39410.11820.1909-0.2522-0.234-0.0622-0.09150.16890.18830.00660.00030.4001-0.00970.264954.485220.977456.2767
106.1751.0046-0.83622.5888-0.66723.71290.13610.53070.1416-0.1605-0.1401-0.05650.00930.38620.00170.15560.04890.01440.30580.00670.134146.421618.786645.3151
118.0446-0.46610.12147.7286-1.37826.11450.21651.1772-1.1621-1.0327-0.2020.18690.8810.6619-0.0390.3610.1554-0.00920.5644-0.15280.330152.7898.908742.1528
125.831.96710.48992.9159-0.29546.99780.13130.66940.577-0.05560.0084-0.0241-0.56390.6357-0.1320.16550.01290.03060.41640.04520.268657.663121.736449.5741
134.12054.8983-1.22386.1987-0.4633.0055-0.0148-0.960.55550.20540.1081-0.0285-0.06430.5485-0.20570.19630.0348-0.03270.3829-0.04070.259244.920313.999960.4626
145.74474.2746-2.24218.0375-1.09042.4863-0.19460.591-0.1492-0.1867-0.10180.3022-0.0335-0.24340.16940.15730.0145-0.07630.3146-0.00910.192254.171212.661863.6021
155.1851-2.6287-4.14132.83391.73873.39590.06431.2390.7703-0.01110.1949-0.4412-0.69510.3717-0.30140.2867-0.1274-0.00720.68610.1310.388966.404823.287648.4806
163.00011.82411.23123.35390.82992.03190.11350.5379-0.3415-0.55490.1864-0.11910.0670.6610.07990.20650.0674-0.03980.2208-0.06260.16230.759616.004239.9197
172.1258-0.42580.01930.59190.26182.91070.11580.0778-0.4232-0.02580.01340.09410.57740.0275-0.16580.24310.008-0.04390.1187-0.00640.225328.73519.806752.4606
183.76442.20055.07232.32592.88746.91930.28170.3961-0.3316-0.2934-0.0190.05010.2885-0.0215-0.33780.23670.0469-0.05680.2234-0.06670.219828.711812.807540.0054
195.02460.7216-2.04311.7075-0.67432.86950.1771-0.32580.16150.1214-0.0318-0.0504-0.05210.2501-0.14720.1633-0.0012-0.00990.1087-0.04070.166230.866922.430653.6961
208.04733.6817-4.18975.6732-5.14076.5406-0.0504-0.08520.35080.09750.12040.0812-0.2412-0.0343-0.11520.1884-0.0001-0.01310.0938-0.02710.174125.058429.397155.3695
212.41160.6818-1.9371.0526-1.76838.27180.035-0.3089-0.11180.02510.06420.13570.0217-0.4586-0.07210.11520.0006-0.02740.19450.03270.191116.153517.7260.1869
223.085-0.2176-0.04312.3168-1.41894.57820.106-0.1676-0.0526-0.12620.00560.2345-0.102-0.3929-0.12410.0828-0.0173-0.02170.1790.02230.180113.418420.649253.8466
235.88781.2197-2.20146.7161-2.6141.99320.05060.60550.0608-0.77120.13490.29560.31-0.3659-0.11120.24420.0051-0.05270.2124-0.06680.171120.866917.81537.1155
244.6451-1.56091.18363.6506-0.83990.40410.2173-0.6254-0.1282-0.2916-0.11530.3010.0732-0.4689-0.08720.2664-0.09960.02030.57550.09960.225616.736517.288986.4554
256.69891.65030.50032.4779-2.21352.7178-0.06230.1831-1.53730.06270.17960.09480.7741-0.79660.37020.3287-0.1783-0.04190.55670.11280.397824.86366.695583.9563
267.4303-4.21895.41813.6368-5.0438.8303-0.08230.03560.2902-0.0391-0.0406-0.1672-0.3602-0.05960.15750.21830.00850.0180.36280.04570.219324.097922.479578.6127
274.699-1.6571-0.47232.43860.90634.6574-0.0604-0.81860.17540.17370.06020.07320.0674-0.5791-0.03210.1624-0.0079-00.42520.02420.173431.46418.487589.5149
288.6537-1.5205-0.27511.10510.6016.4233-0.1726-0.8645-1.17890.74580.13620.2460.7917-0.47580.32350.3285-0.11560.02140.75560.18570.334823.32099.445892.244
294.0739-3.2762-0.74293.55820.87572.36410.0619-0.62870.39280.14690.0449-0.2305-0.1736-0.1483-0.0510.1769-0.0440.0220.5124-0.01330.254720.924423.462985.5124
305.7914-3.14135.69041.7181-3.03995.83710.03591.79060.2799-0.19670.1296-0.13350.10530.3643-0.16590.1917-0.0484-0.00850.52670.0770.245132.433814.367274.0381
312.779-1.347-3.56581.36981.69375.0991-0.0473-0.3530.09350.18190-0.07870.0798-0.01650.01790.2476-0.0116-0.06460.5250.04720.28415.317418.873680.8648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 27 )A3 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 48 )A28 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 117 )A49 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 118 through 133 )A118 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 134 through 151 )A134 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 152 through 180 )A152 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 17 )B1 - 17
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 18 through 33 )B18 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 34 through 45 )B34 - 45
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 46 through 73 )B46 - 73
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 74 through 84 )B74 - 84
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 85 through 99 )B85 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 100 through 105 )B100 - 105
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 106 through 118 )B106 - 118
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 119 through 126 )B119 - 126
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 2 through 11 )C2 - 11
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 12 through 48 )C12 - 48
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 49 through 60 )C49 - 60
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 61 through 88 )C61 - 88
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 89 through 106 )C89 - 106
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 107 through 134 )C107 - 134
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 135 through 166 )C135 - 166
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 167 through 184 )C167 - 184
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 17 )D1 - 17
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 18 through 33 )D18 - 33
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 34 through 45 )D34 - 45
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 46 through 73 )D46 - 73
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 74 through 84 )D74 - 84
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 85 through 99 )D85 - 99
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 100 through 105 )D100 - 105
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 106 through 134 )D106 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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