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- PDB-6sfh: CRYSTAL STRUCTURE OF DHQ1 FROM Staphylococcus aureus COVALENTLY M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sfh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DHQ1 FROM Staphylococcus aureus COVALENTLY MODIFIED BY LIGAND 7
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE / LYASE ACTIVITY / CHORISMATE BIOSYNTHETIC PROCESS / 3-DEHYDROQUINASE / COVALENT INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L9Z / : / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Sanz-Gaitero, M. / Lence, E. / Maneiro, M. / Thompson, R. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-82207-P スペイン
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Self-Immolation of a Bacterial Dehydratase Enzyme by its Epoxide Product.
著者: Lence, E. / Maneiro, M. / Sanz-Gaitero, M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5666
ポリマ－54,0522
非ポリマー5134
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.934, 36.148, 85.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.950, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-573-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 238 / Label seq-ID: 2 - 238

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase / Type I dehydroquinase / DHQ1


分子量: 27026.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: aroD, SAB0760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YWJ9, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-L9Z / (1~{S},3~{S},4~{S},5~{R})-3-(aminomethyl)-3,4,5-tris(hydroxyl)cyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 205.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→52.06 Å / Num. obs: 44707 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.823.30.9092332169910.4670.5791.0811.799.2
5.47-52.0630.095468315760.9710.0660.11611.895.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→52.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 3.909 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.151
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 2172 4.9 %RANDOM
Rwork0.2104 ---
obs0.2128 42097 90.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.96 Å2 / Biso mean: 21.934 Å2 / Biso min: 7.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.55 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→52.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 32 431 4239
Biso mean--16.9 31.04 -
残基数----474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9695414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8638714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1935501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23726.075186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54115737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4381511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02714
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7878 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 166 -
Rwork0.282 3190 -
all-3356 -
obs--94.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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