PDB-1sfj: 2.4A Crystal structure of Staphylococcus aureus type I 3-dehydroq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sfj

タイトル

2.4A Crystal structure of Staphylococcus aureus type I 3-dehydroquinase, with 3-dehydroquinate bound

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE / 3-dehydroquinase / enzyme turnover / shikimate pathway / 3-dehydroquinate

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Nichols, C.E. / Lockyer, M. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of Staphylococcus aureus type I dehydroquinase from enzyme turnover experiments
著者: Nichols, C.E. / Lockyer, M. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.

履歴

登録	2004年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sfj.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sfj.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sflC 1qfeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sfh-d 3oex-2 1sfl-d 3m7w-1 3m7w-3 3c7x-2 6ku0-1 6l88-1 4x7v-d 4ll6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate dehydratase

B: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

54.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.580, 76.580, 172.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

The crystallographic and biological dimers are equivalent and the asymetric unit contains one dimer.

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase 分子量: 27079.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: MRSA252 / 遺伝子: aroD / プラスミド: pRF88 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GII7, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-DHK / 3-DEHYDROSHIKIMATE 分子量: 174.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 8 詳細: PEG 8000, TRIS, potassium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9333
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9333 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 19857 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2033 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1	精密化
CNS	1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QFE

1qfe

解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1556	-	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.19	19857	95.5 %	-
all	-	20946	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4 Å²	-1.4 Å²	2.8 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.39 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.42 Å	0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3666	0	22	269	3957

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.49 Å / R_factor R_free error: 0.024

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	175	-
R_work	0.272	2013	-
obs	-	-	99.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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