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万見
- PDB-6sf4: Apo form of the ribonucleotide reductase NrdB protein from Leeuwe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sf4
タイトルApo form of the ribonucleotide reductase NrdB protein from Leeuwenhoekiella blandensis
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ribonucleotide reductase apoprotein manganese binding redox protein deoxyribonucleotide synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hasan, M. / Rozman Grinberg, I. / Sjoberg, B.M. / Logan, D.T.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-04855 スウェーデン
Swedish Research Council2016-01920 スウェーデン
Wenner-Gren Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Class Id ribonucleotide reductase utilizes a Mn2(IV,III) cofactor and undergoes large conformational changes on metal loading.
著者: Rozman Grinberg, I. / Berglund, S. / Hasan, M. / Lundin, D. / Ho, F.M. / Magnuson, A. / Logan, D.T. / Sjoberg, B.M. / Berggren, G.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1562
ポリマ－81,1562
非ポリマー00
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.587, 68.196, 148.235
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1


分子量: 40577.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leeuwenhoekiella blandensis (strain CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217) (バクテリア)
株: CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217 / 遺伝子: MED217_17135 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): /pET28a(+)
参照: UniProt: A3XHF9, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein at 7.5 mg/ml in buffer containing 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 20 mM MgCl2 and 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP). Precipitant 2.4 M sodium malonate ...詳細: Protein at 7.5 mg/ml in buffer containing 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 20 mM MgCl2 and 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP). Precipitant 2.4 M sodium malonate dibasic monohydrate pH 7.0. Drops 200+200 nl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.94 Å / Num. obs: 74093 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 2.299 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3025 / CC1/2: 0.538 / Rpim(I) all: 0.854 / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SYY

1syy


解像度: 1.7→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.091 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.089
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 3669 -RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 74037 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4468 Å20 Å20 Å2
2---0.846 Å20 Å2
3----6.6007 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4885 0 0 486 5371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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