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- PDB-6sf5: Mn-containing form of the ribonucleotide reductase NrdB protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sf5
タイトルMn-containing form of the ribonucleotide reductase NrdB protein from Leeuwenhoekiella blandensis
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ribonucleotide reductase apoprotein manganese binding redox protein deoxyribonucleotide synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hasan, M. / Rozman Grinberg, I. / Sjoberg, B.M. / Logan, D.T.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-04855 スウェーデン
Swedish Research Council2016-01920 スウェーデン
Wenner-Gren Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Class Id ribonucleotide reductase utilizes a Mn2(IV,III) cofactor and undergoes large conformational changes on metal loading.
著者: Rozman Grinberg, I. / Berglund, S. / Hasan, M. / Lundin, D. / Ho, F.M. / Magnuson, A. / Logan, D.T. / Sjoberg, B.M. / Berggren, G.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3766
ポリマ－81,1562
非ポリマー2204
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.06, 80.602, 158.228
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit 1


分子量: 40577.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア)
遺伝子: MED217_17135 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): /pET28a(+)
参照: UniProt: A3XHF9, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein at 7.5 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 20 mM MgCl2, 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) and 10 mM MnCl2. 200+200 nl sitting drops. Precipitant 0.1 M ...詳細: Protein at 7.5 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 20 mM MgCl2, 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) and 10 mM MnCl2. 200+200 nl sitting drops. Precipitant 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→80.6 Å / Num. obs: 17348 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.137 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3670 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.658 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SF4

6sf4


解像度: 1.9→71.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2895 -RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 58284 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.5696 Å20 Å20 Å2
2--7.562 Å20 Å2
3---6.0076 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→71.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4893 0 4 387 5284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015042HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.946818HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1816SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes866HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5042HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion659SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6364SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3088 51 -
Rwork0.2221 1115 -
all0.2257 1166 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0701-0.71460.50722.04310.151.79060.0246-0.1438-0.116-0.14380.00730.0343-0.1160.0343-0.0319-0.1329-0.02880.0345-0.1074-0.0085-0.078827.3507-1.922155.943
21.41170.88490.59232.07360.8542.30580.17140.52490.07160.5249-0.176-0.42390.0716-0.42390.0046-0.00080.02440.0742-0.08720.0118-0.195920.09918.4655189.872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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