PDB-6sdu: Xyloglucanase domain of NopAA, a type three effector from Sinorhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sdu

タイトル

Xyloglucanase domain of NopAA, a type three effector from Sinorhizobium fredii in complex with cellobiose

要素

Type III effector NopAA

キーワード

CELL INVASION / Symbiotic Type Three Secretion System / Sinorhizobium fredii USDA 257 / xyloglucanase / secretion domain / Small Angle X-Ray Scattering (SAXS)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium fredii USDA 257 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Dorival, D. / Philys, S. / Guintini, E. / Brailly, R. / de Ruyck, J. / Czjzek, M. / Biondi, E.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural and enzymatic characterisation of the Type III effector NopAA (=GunA) from Sinorhizobium fredii USDA257 reveals a Xyloglucan hydrolase activity.
著者: Dorival, J. / Philys, S. / Giuntini, E. / Brailly, R. / de Ruyck, J. / Czjzek, M. / Biondi, E. / Bompard, C.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sdu.cif.gz	353.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sdu.ent.gz	290.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sdu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sdu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6sdu_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	6sdu_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4ws0-d 1fmg-d 2bdg-2 1tgt-d 3cw0-3 3wdf-1 2zhx-7 6shi-7 3bpf-4 1z83-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type III effector NopAA

B: Type III effector NopAA

C: Type III effector NopAA

D: Type III effector NopAA

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Type III effector NopAA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Type III effector NopAA

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Type III effector NopAA

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Type III effector NopAA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.408, 108.319, 84.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.110, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))
2	1	(chain B and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))
3	1	(chain C and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))
4	1	(chain D and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	A	17 - 42
1	2	1	(chain A and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	A	44 - 236
2	1	1	(chain B and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	B	17 - 42
2	2	1	(chain B and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	B	44 - 236
3	1	1	(chain C and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	C	17 - 42
3	2	1	(chain C and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	C	44 - 236
4	1	1	(chain D and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	D	17 - 42
4	2	1	(chain D and (resid 17 through 42 or resid 44 through 236))	D	44 - 236

#1: タンパク質

Type III effector NopAA

分子量: 26001.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sinorhizobium fredii USDA 257 (根粒菌)
遺伝子: nopAA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4PUR5, UniProt: A0A0T6ZV48*PLUS

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Sodium acetate 20mM pH 4.5, 4M Sodium formate, 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→44.47 Å / Num. obs: 57796 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.18 % / B_iso Wilson estimate: 37.69 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_rim(I) all: 0.163 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 7.59 / Num. measured all: 241563

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.19-2.34	4.141	0.953	1.33	43170	10445	10425	0.471	1.095	99.8
2.34-2.53	4.193	0.711	1.9	41143	9826	9812	0.624	0.816	99.9
2.53-2.77	4.244	0.45	3.18	37706	8907	8885	0.841	0.516	99.8
2.77-3.09	4.108	0.236	5.82	32788	8010	7982	0.942	0.272	99.7
3.09-3.57	4.076	0.119	10.65	29442	7242	7224	0.983	0.138	99.8
3.57-4.37	4.372	0.076	16.33	26615	6105	6087	0.993	0.087	99.7
4.37-6.15	4.136	0.059	19.59	19438	4718	4700	0.996	0.067	99.6
6.15-44.47	4.2	0.049	23.59	11261	2704	2681	0.997	0.056	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→44.47 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	2879	5.05 %
R_work	0.1807	54118	-
obs	0.1824	56997	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.91 Å² / B_iso mean: 46.8762 Å² / B_iso min: 4.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→44.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6774	0	35	342	7151
B_iso mean	-	-	30.38	45.4	-
残基数	-	-	-	-	877

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2620	X-RAY DIFFRACTION	15.744	TORSIONAL
1	2	B	2620	X-RAY DIFFRACTION	15.744	TORSIONAL
1	3	C	2620	X-RAY DIFFRACTION	15.744	TORSIONAL
1	4	D	2620	X-RAY DIFFRACTION	15.744	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.2-2.2361	0.297	160	0.2643	2564
2.2361-2.2746	0.3135	150	0.2685	2518
2.2746-2.316	0.3037	133	0.2664	2567
2.316-2.3605	0.2934	127	0.2662	2590
2.3605-2.4087	0.3104	133	0.2761	2594
2.4087-2.4611	0.3311	139	0.2668	2554
2.4611-2.5183	0.3306	149	0.269	2550
2.5183-2.5813	0.278	117	0.2469	2618
2.5813-2.6511	0.2854	130	0.2421	2550
2.6511-2.7291	0.2895	122	0.2229	2573
2.7291-2.8172	0.2586	131	0.2281	2582
2.8172-2.9178	0.2713	142	0.2299	2559
2.9178-3.0346	0.2793	155	0.2155	2549
3.0346-3.1727	0.2135	145	0.1959	2566
3.1727-3.3399	0.2117	143	0.1686	2567
3.3399-3.5491	0.2049	126	0.1559	2582
3.5491-3.823	0.1691	152	0.1439	2578
3.823-4.2074	0.1535	145	0.1306	2588
4.2074-4.8156	0.1262	127	0.1059	2602
4.8156-6.0648	0.1661	123	0.1338	2614
6.0648-44.47	0.1762	130	0.1775	2653

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0923	0.0591	-0.038	0.0735	-0.0455	0.0205	-0.1269	0.2269	-0.0037	0.0434	0.0449	0.0278	-0.0132	-0.1975	-0	0.248	-0.0031	-0.0206	0.36	-0.0068	0.2558	42.7487	66.8382	25.954
2	0.153	0.1209	0.0445	0.0915	0.0699	0.0994	-0.0626	-0.0211	0.0073	-0.0448	-0.0041	-0.0025	-0.0046	-0.0709	-0.0003	0.2623	0.0225	0.0015	0.2698	-0	0.2342	53.5764	67.0739	30.4688
3	0.8238	-0.0753	0.1174	0.1641	0.2399	0.6313	0.002	0.0951	0.1895	-0.0449	-0.0194	-0.0269	-0.1693	-0.0433	0	0.2587	0.0183	0.003	0.1908	0.0682	0.2324	57.3664	78.4097	16.6878
4	0.0455	0.0122	0.0449	0.0112	-0.0167	0.0601	-0.0566	-0.1901	0.0204	0.0774	0.0652	-0.0446	-0.1242	-0.215	-0.0006	0.5009	-0.0195	0.0502	0.3941	0.0297	0.3612	55.444	47.7781	33.2771
5	0.0617	0.0528	0.0554	0.044	0.045	0.0407	-0.0359	-0.0172	-0.2029	0.1936	0.0647	0.1266	0.1122	0.0111	-0.0002	0.387	-0.0378	0.0744	0.2492	0.0423	0.3958	56.3074	42.7412	25.7025
6	0.1803	-0.0131	0.1526	0.0658	-0.0471	0.1346	-0.0325	0.1412	0.0414	0.0806	-0.1032	0.0895	-0.0124	-0.1336	0.0003	0.2918	-0.0342	0.0422	0.3108	0.0024	0.3063	54.5555	49.4809	22.0434
7	0.0011	-0.004	0.0094	0.0157	-0.028	0.0392	-0.2693	0.0054	-0.3312	0.1516	-0.0898	0.1347	0.1944	-0.0731	-0.0778	0.0452	-0.4607	0.4222	-0.0371	0.0604	0.5231	42.5367	33.0984	28.1989
8	0.0215	0.0318	0.059	0.1127	0.1983	0.3393	-0.0464	0.451	-0.4128	-0.1371	-0.2241	0.249	-0.0657	-0.2521	-0.0597	0.3231	-0.1132	0.1114	0.3586	0.0003	0.5217	43.8922	43.5528	19.129
9	0.9117	-0.0227	-0.5256	0.1145	-0.0817	0.3981	-0.2329	0.5975	-0.6329	-0.2422	0.1784	-0.076	0.1556	-0.0981	0.0227	0.4816	-0.1686	0.0689	0.4878	-0.2079	0.6297	48.5179	34.7622	10.2945
10	0.1447	0.0407	-0.0656	0.0237	-0.0087	0.0556	-0.2977	0.1892	-0.4714	0.3988	0.0259	0.0057	0.4924	-0.2799	-0.0105	0.7419	-0.3015	0.0571	0.926	-0.4679	1.0694	43.2462	31.3666	9.0255
11	0.1808	0.1525	-0.444	0.3265	-0.0721	1.5284	-0.0362	0.2848	-0.2789	-0.0348	0.0142	0.0558	-0.0136	-0.3348	0.2025	0.392	-0.2424	-0.0704	0.6388	-0.1779	0.7795	41.6537	38.353	11.7767
12	0.0157	-0.0031	0.0064	0.1624	0.0273	0.091	-0.1415	0.3339	-0.0944	-0.0251	-0.0289	0.0724	0.1763	-0.245	-0.0994	0.3736	-0.4278	0.2764	0.4856	-0.2748	1.0835	34.9576	30.5748	18.1182
13	0.2463	0.0116	0.0984	0.1541	0.0871	0.2859	-0.0758	0.321	-0.3364	-0.1825	-0.1095	0.2488	0.066	-0.299	-0.0196	0.2926	-0.0992	0.1054	0.2949	-0.0316	0.5268	45.3693	39.9514	22.2398
14	0.048	0.0064	0.0406	0.0357	0.0567	0.0925	-0.1546	-0.0863	-0.1482	0.2752	-0.1894	0.1583	-0.109	0.2719	0	0.3572	0.0623	-0.0686	0.3924	0.0182	0.4202	91.311	48.5153	32.4845
15	0.0285	0.0263	0.0486	0.1152	-0.0009	0.0918	-0.0076	-0.0234	0.1777	-0.0169	0.0424	-0.0743	-0.0458	0.1338	0	0.2795	-0.0092	-0.0056	0.2751	0.0403	0.3425	84.5871	53.0524	28.1045
16	0.0089	0.0227	0.0026	0.0579	0.01	0.0446	0.0377	0.035	-0.1581	0.0167	-0.0579	0.0453	0.0743	0.2471	-0.0003	0.3063	0.0683	0.0307	0.3345	0.0003	0.3398	88.0391	43.5094	26.6981
17	0.1405	-0.0099	0.1352	0.2322	0.0704	0.4337	-0.0053	0.0509	-0.0432	0.0151	0.0394	-0.024	0.0755	0.1382	-0	0.2118	0.0099	0.0132	0.2674	0.0001	0.2503	86.0205	53.5969	15.8652
18	0.0034	0.0034	-0.0039	0.0077	0.0041	0.015	-0.0018	0.1795	-0.0377	-0.1057	0.0216	0.1956	-0.0219	-0.017	0.0005	0.3097	-0.0242	-0.0024	0.2856	0.0029	0.2483	70.9842	50.2864	9.4805
19	0.1105	-0.1009	-0.0426	0.0953	-0.0402	0.2145	-0.0283	0.2315	0.0146	0.1289	0.0171	-0.0263	0.0411	0.0365	-0.0001	0.2229	-0.0164	0.0129	0.3216	0.0139	0.216	77.9366	57.7519	6.0705
20	0.0931	-0.0189	-0.0352	0.0081	-0.0001	0.0107	-0.0376	0.3023	-0.0772	-0.1522	0.0719	-0.057	0.1618	0.197	-0.0001	0.324	0.0285	0.0382	0.444	0.0184	0.3402	91.5572	56.8175	3.1403
21	0.102	-0.0542	0.0624	0.027	-0.0216	0.0815	0.0616	0.1117	-0.1633	0.0031	-0.1117	-0.0457	-0.0463	-0.025	-0.0001	0.2197	0.0053	-0.0023	0.2979	0.0256	0.324	85.6698	56.8661	15.5502
22	0.0695	0.005	0.101	-0.0011	-0.0021	0.1327	0.0026	0.0983	-0.202	0.0292	0.0697	-0.0748	0.2838	0.2216	-0.0015	0.3074	0.0734	-0.0069	0.3554	-0.0172	0.3439	91.0462	45.0229	17.7222
23	0.5036	0.4087	0.1454	0.4746	0.4304	0.858	0.0954	-0.0887	-0.0121	0.0759	0.0166	-0.0314	0.1176	0.1199	0.0015	0.1603	-0.0288	-0.0189	0.1333	-0.0067	0.126	81.9376	69.899	44.6427
24	0.5041	0.495	-0.0887	0.6918	0.1484	0.3223	0.1512	-0.0587	-0.0769	0.1409	-0.0003	-0.1369	0.0651	0.2381	0.0001	0.2271	-0.0484	-0.0683	0.2886	-0.0524	0.2145	89.6568	75.255	49.7416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 39 )	A	15 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 70 )	A	40 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 236 )	A	71 - 236
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 20 through 30 )	B	20 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 46 )	B	31 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 47 through 70 )	B	47 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 71 through 87 )	B	71 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 110 )	B	88 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 111 through 141 )	B	111 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 146 through 172 )	B	146 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 173 through 184 )	B	173 - 184
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 185 through 200 )	B	185 - 200
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 201 through 236 )	B	201 - 236
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 16 through 30 )	C	16 - 30
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 31 through 46 )	C	31 - 46
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 47 through 61 )	C	47 - 61
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 62 through 124 )	C	62 - 124
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 125 through 134 )	C	125 - 134
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 135 through 184 )	C	135 - 184
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 185 through 200 )	C	185 - 200
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 201 through 223 )	C	201 - 223
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 224 through 236 )	C	224 - 236
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 16 through 144 )	D	16 - 144
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 145 through 236 )	D	145 - 236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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