+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sai | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR solution structure of Hml-2 C-terminal dimer domain | ||||||
要素 | Gag protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Human-endogenous-retroviruses / Retroviridae / Ortervirales. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human endogenous retrovirus K (ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Nicastro, G. / Taylor, I.A. / Ball, N.J. / Ramos, A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for Fullerene geometry in a human endogenous retrovirus capsid. 著者: Oliver Acton / Tim Grant / Giuseppe Nicastro / Neil J Ball / David C Goldstone / Laura E Robertson / Kasim Sader / Andrea Nans / Andres Ramos / Jonathan P Stoye / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal / 要旨: The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames ...The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames and provirus expression together with HML2 particle formation are observed in early stage human embryo development and are associated with pluripotency as well as inflammatory disease, cancers and HIV-1 infection. Here, we reconstruct the core structural protein (CA) of an HML2 retrovirus, assemble particles in vitro and employ single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of four classes of CA Fullerene shell assemblies. These icosahedral and capsular assemblies reveal at high-resolution the molecular interactions that allow CA to form both pentamers and hexamers and show how invariant pentamers and structurally plastic hexamers associate to form the unique polyhedral structures found in retroviral cores. #1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A. / 年: 2004 タイトル: Long-term reinfection of the human genome by endogenous retroviruses. 著者: Belshaw, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sai.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6sai.ent.gz | 920.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sai_validation.pdf.gz | 423.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6sai_full_validation.pdf.gz | 693.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6sai_validation.xml.gz | 86 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sai_validation.cif.gz | 131.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sai | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6sa9C 6ssjC 6sskC 6sslC 6ssmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10093.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human endogenous retrovirus K (ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P87891 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2.3 mM [U-13C; U-15N] Hml-2 Ctd, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 20mM Tris pH 7, 50mM NaCl 0.5mM TCEP / Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料 | 濃度: 2.3 mM / 構成要素: Hml-2 Ctd / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | 詳細: 20mM Tris pH 7, 50mM NaCl 0.5mM TCEP / イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: conditions_1 / pH: 7.0 / PH err: 0.1 / 圧: 1 mmHg / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |