ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | 1.15.2_3472精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.5 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.29
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2746 | 1543 | 5.01 % |
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Rwork | 0.2375 | - | - |
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obs | 0.2394 | 30805 | 99.38 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 211.36 Å2 / Biso mean: 82.5086 Å2 / Biso min: 34.55 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→46.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5034 | 0 | 4 | 111 | 5149 |
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Biso mean | - | - | 92.31 | 58.7 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 675 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.4-2.4775 | 0.3403 | 138 | 0.3076 | 2627 | 100 | 2.4775-2.566 | 0.3443 | 140 | 0.3105 | 2646 | 100 | 2.566-2.6687 | 0.4483 | 139 | 0.4037 | 2587 | 98 | 2.6687-2.7902 | 0.4392 | 137 | 0.3501 | 2616 | 99 | 2.7902-2.9373 | 0.2841 | 139 | 0.2674 | 2643 | 100 | 2.9373-3.1213 | 0.3224 | 140 | 0.2548 | 2666 | 100 | 3.1213-3.3622 | 0.3211 | 141 | 0.2716 | 2668 | 100 | 3.3622-3.7004 | 0.345 | 138 | 0.2843 | 2637 | 98 | 3.7004-4.2356 | 0.2675 | 140 | 0.2232 | 2648 | 98 | 4.2356-5.3352 | 0.2254 | 142 | 0.1961 | 2702 | 100 | 5.3352-46.5 | 0.2027 | 149 | 0.1792 | 2822 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 8.2974 | -0.2591 | -0.8651 | 0.8266 | -0.4805 | 1.3782 | -0.3906 | 0.5445 | -1.7471 | -0.2 | -0.1833 | -0.8312 | 0.5832 | 0.5665 | 0.392 | 0.8686 | -0.0009 | 0.2718 | 1.0721 | 0.1284 | 1.6377 | -5.7955 | -12.9326 | -12.8973 | 2 | 3.656 | 2.8335 | -0.5961 | 3.123 | -0.3919 | 0.2064 | -0.0928 | -0.1061 | -0.0781 | 0.0166 | 0.1343 | -0.1258 | 0.0652 | 0.0088 | -0.0457 | 0.3706 | -0.042 | -0.0224 | 0.5699 | -0.0038 | 0.2932 | -23.6727 | 25.0233 | -8.2132 | 3 | 4.1667 | -2.9155 | -2.5618 | 2.27 | 2.112 | 1.9183 | -0.1512 | 0.0345 | -0.0471 | 0.1033 | 0.0258 | 0.1155 | 0.3341 | 0.1305 | 0.1365 | 0.4142 | 0.0072 | -0.0454 | 0.5049 | 0.0342 | 0.3515 | 12.1977 | 30.4839 | -15.0297 | 4 | 3.4151 | -1.9297 | 0.6961 | 8.2306 | -3.9442 | 4.3719 | 0.3821 | 0.031 | -0.5414 | -0.5151 | -0.2253 | 0.0405 | 0.6016 | -0.0084 | -0.1541 | 0.4154 | 0.0946 | -0.0646 | 0.618 | 0.0626 | 0.446 | 33.5025 | 0.2232 | -16.5682 | 5 | 6.5923 | 2.5729 | 2.9361 | 6.0908 | -1.6256 | 7.6107 | 1.2433 | -1.0359 | 0.339 | 0.8044 | -0.8359 | -0.2882 | -0.415 | 1.2269 | -0.5618 | 0.6132 | -0.0346 | 0.0478 | 0.8347 | -0.0561 | 0.8985 | -9.0587 | 24.403 | -13.4485 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 7 through 188 )A7 - 188 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 189 through 401 )A189 - 401 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 402 through 537 )A402 - 537 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 538 through 671 )A538 - 671 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | chain 'B' and (resid 1 through 12 )B1 - 12 | | | | | | | | | | |
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