PDB-6sa8: ring-like DARPin-Armadillo fusion H83_D01

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sa8

タイトル

ring-like DARPin-Armadillo fusion H83_D01

要素

LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG
ring-like DARPin-Armadillo fusion H83_D01

キーワード

DE NOVO PROTEIN / protein fusion / DARPin / Armadillo / shared helix / crystallization chaperone

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ernst, P. / Honegger, A. / van der Valk, F. / Ewald, C. / Mittl, P.R.E. / Plucktun, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Rigid fusions of designed helical repeat binding proteins efficiently protect a binding surface from crystal contacts.
著者: Ernst, P. / Honegger, A. / van der Valk, F. / Ewald, C. / Mittl, P.R.E. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2019年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sa8.cif.gz	266.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sa8.ent.gz	217 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sa8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sa8_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sa8_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	6sa8_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6sa8_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sa8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sa6C 6sa7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3agz-d 7jvb-d 5agv-1 1m4u-1 5av7-d 4fu4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ring-like DARPin-Armadillo fusion H83_D01

B: LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG

ヘテロ分子

72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.970, 145.460, 115.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ring-like DARPin-Armadillo fusion H83_D01 分子量: 70466.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG-LYS-ARG 分子量: 1449.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25 % PEG 2000 MME 0.2 M MgCl2 0.1M Tris HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1.00000050167 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00000050167 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→46.5 Å / Num. obs: 30897 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.203 % / B_iso Wilson estimate: 63.831 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.369 / R_rim(I) all: 0.377 / Χ²: 0.974 / Net I/σ(I): 12.34

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	27.601	4.495	1.12	62296	2257	2257	0.541	4.579	100
2.46-2.53	27.563	4.094	1.35	60915	2210	2210	0.727	4.171	100
2.53-2.6	27.387	3.514	1.67	58554	2141	2138	0.704	3.581	99.9
2.6-2.68	19.486	4.163	0.78	40472	2077	2077	0.361	4.281	100
2.68-2.77	26.228	2.945	2.13	53506	2041	2040	0.822	3.003	100
2.77-2.87	24.551	1.987	3.52	48047	1958	1957	0.897	2.029	99.9
2.87-2.98	26.115	1.421	5.06	49593	1899	1899	0.934	1.449	100
2.98-3.1	28.196	1.103	6.9	51767	1836	1836	0.959	1.123	100
3.1-3.24	28.021	0.917	8.53	48533	1732	1732	0.978	0.934	100
3.24-3.39	27.545	0.83	9.5	45615	1665	1656	0.979	0.846	99.5
3.39-3.58	21.355	0.614	9.43	34617	1621	1621	0.974	0.63	100
3.58-3.79	20.018	0.499	12.24	29666	1517	1482	0.978	0.512	97.7
3.79-4.06	19.757	0.365	17.44	27206	1427	1377	0.985	0.375	96.5
4.06-4.38	23.053	0.231	29.65	30730	1333	1333	0.997	0.236	100
4.38-4.8	26.738	0.195	35.44	33289	1245	1245	0.999	0.199	100
4.8-5.37	27.223	0.204	33.19	30245	1111	1111	0.999	0.208	100
5.37-6.2	26.492	0.199	32.47	26598	1004	1004	0.999	0.203	100
6.2-7.59	24.66	0.125	41.86	20936	849	849	0.999	0.127	100
7.59-10.73	24.074	0.074	54.36	16298	677	677	1	0.076	100
10.73-46.515	24.795	0.068	59.44	9819	401	396	0.999	0.069	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→46.5 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	1543	5.01 %
R_work	0.2375	-	-
obs	0.2394	30805	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 211.36 Å² / B_iso mean: 82.5086 Å² / B_iso min: 34.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→46.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5034	0	4	111	5149
B_iso mean	-	-	92.31	58.7	-
残基数	-	-	-	-	675

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4-2.4775	0.3403	138	0.3076	2627	100
2.4775-2.566	0.3443	140	0.3105	2646	100
2.566-2.6687	0.4483	139	0.4037	2587	98
2.6687-2.7902	0.4392	137	0.3501	2616	99
2.7902-2.9373	0.2841	139	0.2674	2643	100
2.9373-3.1213	0.3224	140	0.2548	2666	100
3.1213-3.3622	0.3211	141	0.2716	2668	100
3.3622-3.7004	0.345	138	0.2843	2637	98
3.7004-4.2356	0.2675	140	0.2232	2648	98
4.2356-5.3352	0.2254	142	0.1961	2702	100
5.3352-46.5	0.2027	149	0.1792	2822	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2974	-0.2591	-0.8651	0.8266	-0.4805	1.3782	-0.3906	0.5445	-1.7471	-0.2	-0.1833	-0.8312	0.5832	0.5665	0.392	0.8686	-0.0009	0.2718	1.0721	0.1284	1.6377	-5.7955	-12.9326	-12.8973
2	3.656	2.8335	-0.5961	3.123	-0.3919	0.2064	-0.0928	-0.1061	-0.0781	0.0166	0.1343	-0.1258	0.0652	0.0088	-0.0457	0.3706	-0.042	-0.0224	0.5699	-0.0038	0.2932	-23.6727	25.0233	-8.2132
3	4.1667	-2.9155	-2.5618	2.27	2.112	1.9183	-0.1512	0.0345	-0.0471	0.1033	0.0258	0.1155	0.3341	0.1305	0.1365	0.4142	0.0072	-0.0454	0.5049	0.0342	0.3515	12.1977	30.4839	-15.0297
4	3.4151	-1.9297	0.6961	8.2306	-3.9442	4.3719	0.3821	0.031	-0.5414	-0.5151	-0.2253	0.0405	0.6016	-0.0084	-0.1541	0.4154	0.0946	-0.0646	0.618	0.0626	0.446	33.5025	0.2232	-16.5682
5	6.5923	2.5729	2.9361	6.0908	-1.6256	7.6107	1.2433	-1.0359	0.339	0.8044	-0.8359	-0.2882	-0.415	1.2269	-0.5618	0.6132	-0.0346	0.0478	0.8347	-0.0561	0.8985	-9.0587	24.403	-13.4485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 188 )	A	7 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 189 through 401 )	A	189 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 402 through 537 )	A	402 - 537
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 538 through 671 )	A	538 - 671
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 12 )	B	1 - 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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