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- PDB-6sa1: Post catalytic complex of Prim-PolC from Mycobacterium smegmatis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sa1
タイトルPost catalytic complex of Prim-PolC from Mycobacterium smegmatis with gapped DNA and 3'-dUTP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*(DUI))-3')
  • DNA polymerase LigD, polymerase domain
キーワードTRANSFERASE / Nucleotidyl transferase / Polymerase / Base excision repair / Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, polymerase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYROPHOSPHATE / 3'-DEOXY-URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase LigD, polymerase domain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Brissett, N.C. / Doherty, A.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/F013795/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J018643/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M004236/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for DNA repair synthesis on short gaps by mycobacterial Primase-Polymerase C.
著者: Brissett, N.C. / Zabrady, K. / Plocinski, P. / Bianchi, J. / Korycka-Machala, M. / Brzostek, A. / Dziadek, J. / Doherty, A.J.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase LigD, polymerase domain
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*(DUI))-3')
D: DNA polymerase LigD, polymerase domain
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*(DUI))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,23828
ポリマ－96,4718
非ポリマー1,76720
水6,521362
1
A: DNA polymerase LigD, polymerase domain
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*(DUI))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,24614
ポリマ－48,2354
非ポリマー1,01110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA polymerase LigD, polymerase domain
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*(DUI))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,99214
ポリマ－48,2354
非ポリマー75610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)198.250, 198.250, 85.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-684-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...
12chain C
22(chain F and resid 1 through 13)
13chain B
23chain E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERARGARGchain AAA4 - 3314 - 331
211SERSERPROPRO(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...DE4 - 3234 - 323
221LYSLYSMETMET(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...DE324 - 325324 - 325
231SERSERPROPRO(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...DE4 - 3344 - 334
241SERSERPROPRO(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...DE4 - 3344 - 334
251SERSERPROPRO(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...DE4 - 3344 - 334
261SERSERPROPRO(chain D and (resid 4 through 323 or (resid 324...DE4 - 3344 - 334
112DCDCDADAchain CCC1 - 131 - 13
212DCDCDADA(chain F and resid 1 through 13)FG1 - 131 - 13
113DGDGDGDGchain BBB1 - 71 - 7
213DGDGDGDGchain EEF1 - 71 - 7

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase LigD, polymerase domain


分子量: 39416.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
Variant: ATCC 700084 / mc(2)155 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5T1

-
DNA鎖 , 3種, 6分子 BECFHG

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2163.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4539.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*GP*(DUI))-3')


分子量: 2115.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 382分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-U3H / 3'-DEOXY-URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 470.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N2O14P3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50mM Sodium cacodylate, 2M Ammonium sulphate, 10mM Manganese Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月4日 / 詳細: KB bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→99.12 Å / Num. obs: 112811 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 44.314 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all
2.01-2.045.61.23120755620.5941.423
5.46-99.25666.63642760490.0090.022

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.03 Å99.12 Å
Translation3.03 Å99.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS1.7.3データ削減
xia20.5.438データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OP0

5op0


解像度: 2.01→88.66 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 5636 5 %
Rwork0.1845 --
obs0.1855 112714 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 346.52 Å2 / Biso mean: 73.5611 Å2 / Biso min: 33.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→88.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5198 1099 173 362 6832
Biso mean--89 57.53 -
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0169261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4583792
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3202X-RAY DIFFRACTION8.175TORSIONAL
12D3202X-RAY DIFFRACTION8.175TORSIONAL
21C252X-RAY DIFFRACTION8.175TORSIONAL
22F252X-RAY DIFFRACTION8.175TORSIONAL
31B134X-RAY DIFFRACTION8.175TORSIONAL
32E134X-RAY DIFFRACTION8.175TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.01-2.03280.31641850.33113542100
2.0328-2.05680.29681990.29643474100
2.0568-2.08190.3131600.28393556100
2.0819-2.10820.2371760.27173533100
2.1082-2.13590.2862090.26033538100
2.1359-2.16520.27051860.25233466100
2.1652-2.19610.24681620.24513581100
2.1961-2.22890.24951770.23463543100
2.2289-2.26380.2541970.22833510100
2.2638-2.30090.24641880.21923540100
2.3009-2.34060.23661960.22113520100
2.3406-2.38310.24191720.20883555100
2.3831-2.4290.2191970.20843514100
2.429-2.47850.27361780.20843563100
2.4785-2.53240.25691870.19953532100
2.5324-2.59140.22971740.20043582100
2.5914-2.65620.23451910.20243548100
2.6562-2.7280.22181810.19953551100
2.728-2.80830.22451840.2053553100
2.8083-2.89890.25912020.21623535100
2.8989-3.00250.27582070.23313567100
3.0025-3.12270.22581760.21443579100
3.1227-3.26490.20741990.20783577100
3.2649-3.4370.24011850.19443596100
3.437-3.65240.1891680.18013610100
3.6524-3.93440.18072090.16453581100
3.9344-4.33030.17661770.1443648100
4.3303-4.95680.15371830.1363662100
4.9568-6.24490.18752060.15643680100
6.2449-88.660.16062250.1669384299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8419-0.36731.172.04150.38124.2541-0.0527-0.1151-0.0881-0.0928-0.18290.45570.059-0.68540.2370.28780.00220.01090.5893-0.11470.4697-36.096-10.31776.5796
21.29-0.90531.1351.58250.31892.71040.009-0.0665-0.20130.0406-0.16610.43990.3639-0.45310.09740.3833-0.07290.05430.5244-0.06250.4711-29.5402-19.5738.2564
30.703-0.14820.13071.98061.86942.6774-0.2101-0.2304-0.0654-0.01070.06130.2754-0.0164-0.26030.03770.37860.08390.04410.4769-0.02350.4274-19.0136-16.168219.5615
40.93390.67270.68722.2481-0.09862.5164-0.1762-0.3039-0.00410.11040.05890.02190.0015-0.03410.12190.28180.10130.04090.4421-0.01780.3551-12.3378-10.113424.541
58.0229-2.6772-4.04576.27693.92623.4005-0.5132-0.9632-0.35030.99260.11130.34010.591-0.53020.5050.46880.12950.06660.68540.05360.356-19.6857-12.765536.148
60.54830.09120.48872.1965-0.81621.5331-0.1139-0.3345-0.02890.0558-0.00120.09760.2048-0.58140.16070.42670.02530.00670.5733-0.05680.3818-28.5453-9.878718.1502
71.6419-0.45560.3321.6842-0.37323.0092-0.09880.0220.171-0.1288-0.0856-0.056-0.1472-0.07680.20220.28050.04150.01160.3666-0.04530.3583-15.4524-3.896417.4533
88.24672.52934.99094.71042.85518.6278-0.28880.1739-1.67780.03350.41240.4341.7052-0.4523-0.00270.8252-0.0980.21850.73510.07050.7187-18.5037-27.561430.6904
92.4374.0323-0.33838.34851.66893.6084-0.0407-0.2092-1.3077-0.2040.2780.25521.6249-1.0725-0.23340.8627-0.3505-0.14520.9695-0.06441.3252-50.3867-25.76296.8279
102.60810.2177-3.45826.20271.85795.3801-0.0829-2.8244-0.99270.301-0.21170.72311.4616-0.80370.34690.9878-0.38150.17611.35170.14721.003-44.0303-25.647818.5117
113.27290.8303-2.77286.2943-1.99874.5391.98932.35323.35290.79130.70664.8931-1.58310.016-2.33191.5204-0.02720.61873.00310.80342.1213-41.9124-25.622430.9397
122.09241.1287-0.16012.51870.55112.8875-0.0625-0.14630.2053-0.0245-0.10080.4267-0.1817-0.51780.15280.41720.242-0.10540.704-0.14230.5112-45.455318.3624-2.6585
131.1832-0.30470.02880.85010.49121.50940.00520.03760.1177-0.2064-0.07590.2121-0.42-0.42870.03560.56960.247-0.12990.6006-0.10570.5153-35.753225.2489-11.7494
141.61290.4106-0.66731.4614-0.12532.0125-0.03340.1836-0.0362-0.2325-0.02740.1178-0.1471-0.2990.07570.44840.1781-0.11120.4433-0.11210.4131-28.895814.375-22.21
156.3186-1.803-3.42121.9791.44995.1349-0.1318-0.52511.2657-0.20730.22940.1648-1.3508-0.16490.22961.10120.3291-0.20810.8026-0.12770.7452-33.50833.2238-31.451
163.5062-1.7499-0.30694.53880.86780.1650.31460.34191.2677-0.0998-0.16770.4531-1.2398-0.9041-0.17931.00820.68550.09641.2273-0.17871.3154-60.02733.5788-2.7607
174.6830.8949-0.56473.06281.35123.3984-0.42391.92940.5204-0.5941-0.26271.4519-0.4016-0.60710.63761.44270.7449-0.23611.9171-0.0761.3941-56.210532.5469-17.7119
183.43452.4008-2.91043.31970.97468.04891.30291.43080.80660.2586-0.1612.4103-1.0735-0.2789-0.96352.04540.6534-0.54892.19880.50122.3565-56.127234.4077-27.9012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 86 )A4 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 123 )A87 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 148 )A124 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 149 through 210 )A149 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 211 through 235 )A211 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 236 through 255 )A236 - 255
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 256 through 310 )A256 - 310
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 311 through 331 )A311 - 331
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 7 )B1 - 7
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 13 )C1 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 1 through 4 )H1 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 4 through 86 )D4 - 86
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 87 through 148 )D87 - 148
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 149 through 311 )D149 - 311
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 312 through 334 )D312 - 334
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1 through 7 )E1 - 7
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 1 through 15 )F1 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 1 through 6 )G1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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