PDB-5op0: Structure of Prim-PolC from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5op0

タイトル

Structure of Prim-PolC from Mycobacterium smegmatis

要素

DNA polymerase LigD, polymerase domain

キーワード

TRANSFERASE / Nucleotidyl transferase / Polymerase / Base excision repair

機能・相同性

DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / metal ion binding / DNA polymerase LigD, polymerase domain

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Brissett, N.C. / Doherty, A.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: DNA Ligase C and Prim-PolC participate in base excision repair in mycobacteria.
著者: Pocinski, P. / Brissett, N.C. / Bianchi, J. / Brzostek, A. / Korycka-Machaa, M. / Dziembowski, A. / Dziadek, J. / Doherty, A.J.

履歴

登録	2017年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5op0.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5op0.ent.gz	121.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5op0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5op0_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5op0_full_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示
XML形式データ	5op0_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	5op0_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5op0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5op0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iryS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fy1-2 3thi-d 3rju-d 2ybt-2 2thi-1 2ybu-4 1x9y-2 3w29-d 3oqf-1 2ybt-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: DNA polymerase LigD, polymerase domain

A: DNA polymerase LigD, polymerase domain

74.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: DNA polymerase LigD, polymerase domain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: DNA polymerase LigD, polymerase domain

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.550, 56.430, 64.450
Angle α, β, γ (deg.)	97.170, 100.200, 90.640
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...
2	1	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	VAL	VAL	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 11	2 - 6
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	12	7
1	3	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 336	2 - 331
1	4	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 336	2 - 331
1	5	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 336	2 - 331
1	6	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 336	2 - 331
1	7	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 336	2 - 331
1	8	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	A	B	7 - 336	2 - 331
2	1	THR	THR	VAL	VAL	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	7 - 11	2 - 6
2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	12	7
2	3	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	6 - 336	1 - 331
2	4	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	6 - 336	1 - 331
2	5	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	6 - 336	1 - 331
2	6	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	6 - 336	1 - 331
2	7	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	6 - 336	1 - 331
2	8	ALA	ALA	LYS	LYS	(chain B and (resseq 7:11 or (resid 12 and (name...	B	A	6 - 336	1 - 331

#1: タンパク質	DNA polymerase LigD, polymerase domain 分子量: 37214.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 遺伝子: ligD, MSMEG_6301 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R5T1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50mM Tris HCl, 200mM Ammonium Chloride, 10mM Calcium Chloride, 30% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月11日 / 詳細: KB bimorph mirror pair

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→44.771 Å / Num. obs: 110615 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.409 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.987 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.84-1.89	2.6	0.51	1.26	8159	0.493	0.86	95.4
8.23-44.77	2.9	0.038	11.4	1292	0.99	0.066	96.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.01 Å	44.77 Å
Translation	4.01 Å	44.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
xia2		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IRY

2iry

解像度: 1.84→44.771 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2092	2941	4.94 %
R_work	0.1858	-	-
obs	0.187	59594	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.74 Å² / B_iso mean: 29.6374 Å² / B_iso min: 10.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.84→44.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5231	0	0	570	5801
B_iso mean	-	-	-	37.11	-
残基数	-	-	-	-	661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.743	7376
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	797
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	981
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.227	3294

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2999	X-RAY DIFFRACTION	6.019	TORSIONAL
1	2	B	2999	X-RAY DIFFRACTION	6.019	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.84-1.8702	0.3008	122	0.2545	2668	2790	95
1.8702-1.9024	0.3087	140	0.2511	2680	2820	96
1.9024-1.937	0.2944	134	0.2342	2633	2767	95
1.937-1.9743	0.2645	134	0.2351	2686	2820	95
1.9743-2.0146	0.2817	163	0.2479	2642	2805	95
2.0146-2.0584	0.2597	161	0.2277	2637	2798	97
2.0584-2.1063	0.2871	144	0.2138	2680	2824	97
2.1063-2.1589	0.2361	134	0.1964	2733	2867	97
2.1589-2.2173	0.224	148	0.1965	2671	2819	97
2.2173-2.2826	0.2137	126	0.1866	2698	2824	97
2.2826-2.3562	0.244	147	0.1939	2736	2883	98
2.3562-2.4404	0.2369	127	0.1987	2708	2835	97
2.4404-2.5381	0.22	138	0.2025	2716	2854	97
2.5381-2.6536	0.2317	140	0.1972	2713	2853	98
2.6536-2.7935	0.2066	135	0.1947	2742	2877	98
2.7935-2.9685	0.2245	149	0.1912	2731	2880	98
2.9685-3.1977	0.2141	128	0.1872	2748	2876	98
3.1977-3.5193	0.2069	147	0.1824	2696	2843	97
3.5193-4.0283	0.1701	141	0.1615	2721	2862	97
4.0283-5.0741	0.1703	139	0.1495	2701	2840	97
5.0741-44.7838	0.153	144	0.1657	2713	2857	98

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