PDB-6s9v: Crystal structure of sucrose 6F-phosphate phosphorylase from Ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s9v

タイトル

Crystal structure of sucrose 6F-phosphate phosphorylase from Thermoanaerobacter thermosaccharolyticum

要素

Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Glycoside phosphorylase / sucrose 6-phosphate / glycoside hydrolase family GH13-18

機能・相同性

機能・相同性情報

sucrose 6F-phosphate phosphorylase / : / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / hexosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Capra, N. / Franceus, J. / Desmet, T. / Thunnissen, A.M.W.H.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Structural Comparison of a Promiscuous and a Highly Specific Sucrose 6 F -Phosphate Phosphorylase.
著者: Franceus, J. / Capra, N. / Desmet, T. / Thunnissen, A.W.H.

履歴

登録	2019年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6s9uC 1r7aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2irw-4 2qv4-d 6s9u-d 6hjw-d 5ig2-3 6h78-4 1u30-d 3wpv-2 6h78-5 5lvu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase

B: Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
59.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.332, 83.690, 147.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...
2	1	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...	A	A	11 - 35	11 - 35
1	2	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...	A	A	37 - 71	37 - 71
1	3	GLU	GLU	ARG	ARG	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...	A	A	73 - 105	73 - 105
1	4	HIS	HIS	VAL	VAL	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...	A	A	7 - 502	7 - 502
1	5	GLU	GLU	HIS	HIS	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...	A	A	143 - 254	143 - 254
1	6	GLN	GLN	VAL	VAL	(chain A and (resid 11 through 35 or resid 37...	A	A	256 - 502	256 - 502
2	1	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	11 - 35	11 - 35
2	2	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	37 - 71	37 - 71
2	3	GLU	GLU	ARG	ARG	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	73 - 105	73 - 105
2	4	ILE	ILE	ASP	ASP	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	107 - 141	107 - 141
2	5	GLU	GLU	HIS	HIS	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	143 - 254	143 - 254
2	6	GLN	GLN	TYR	TYR	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	256 - 345	256 - 345
2	7	GLU	GLU	VAL	VAL	(chain B and (resid 11 through 35 or resid 37...	B	B	352 - 502	352 - 502

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase / Sucrose 6'-phosphate phosphorylase / SPP 分子量: 58296.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 (バクテリア) 遺伝子: spp, Tthe_1921 / Variant: ATCC 7956 / DSM 571 / NCIB 9385 / NCA 3814 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9TT09, sucrose 6F-phosphate phosphorylase

#1: タンパク質

Sucrose 6(F)-phosphate phosphorylase / Sucrose 6'-phosphate phosphorylase / SPP

分子量: 58296.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 (バクテリア)
遺伝子: spp, Tthe_1921 / Variant: ATCC 7956 / DSM 571 / NCIB 9385 / NCA 3814 / 発現宿主:

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9TT09, sucrose 6F-phosphate phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 482分子

#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26% PEG 3350, 100 mM ammonium sulphate, 100 mM Bis-Tris propane buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→45.37 Å / Num. obs: 86925 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 461327

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.83-1.86	5.5	0.671	24229	4407	0.801	0.304	0.739	2.3	99.8
9.85-45.37	4.7	0.044	2855	609	0.997	0.021	0.049	27.3	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14rc1_3161	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.6.3	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R7A

1r7a

解像度: 1.83→39.666 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 16.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	4255	4.9 %
R_work	0.1557	-	-
obs	0.157	86839	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.38 Å² / B_iso mean: 35.0989 Å² / B_iso min: 14.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→39.666 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8054	0	180	464	8698
B_iso mean	-	-	56.22	33.93	-
残基数	-	-	-	-	982

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4714	X-RAY DIFFRACTION	6.311	TORSIONAL
1	2	B	4714	X-RAY DIFFRACTION	6.311	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.83-1.8508	0.2804	169	0.296	2699	100
1.8508-1.8726	0.2767	134	0.2619	2709	100
1.8726-1.8954	0.288	148	0.2465	2702	100
1.8954-1.9194	0.2537	160	0.2269	2691	100
1.9194-1.9447	0.2578	160	0.2096	2719	100
1.9447-1.9713	0.2186	130	0.1976	2739	100
1.9713-1.9995	0.2109	146	0.1746	2700	100
1.9995-2.0293	0.2128	149	0.1685	2733	100
2.0293-2.061	0.1918	133	0.1707	2736	100
2.061-2.0948	0.1953	155	0.1702	2747	100
2.0948-2.1309	0.2017	120	0.1689	2732	100
2.1309-2.1697	0.185	129	0.1678	2745	100
2.1697-2.2114	0.1851	145	0.1554	2729	100
2.2114-2.2565	0.1831	140	0.1525	2747	100
2.2565-2.3056	0.1861	149	0.1534	2703	100
2.3056-2.3592	0.164	147	0.1468	2731	100
2.3592-2.4182	0.15	156	0.142	2718	99
2.4182-2.4836	0.1763	156	0.149	2695	99
2.4836-2.5566	0.2255	149	0.1489	2735	99
2.5566-2.6391	0.1949	146	0.1516	2734	100
2.6391-2.7335	0.1728	139	0.1527	2748	100
2.7335-2.8429	0.17	127	0.1484	2773	100
2.8429-2.9722	0.1824	141	0.1561	2779	100
2.9722-3.1289	0.1826	128	0.1521	2786	100
3.1289-3.3248	0.1962	131	0.1563	2791	100
3.3248-3.5813	0.1649	141	0.1405	2779	100
3.5813-3.9415	0.1624	137	0.131	2813	100
3.9415-4.5111	0.147	131	0.1207	2821	100
4.5111-5.6809	0.1625	126	0.1364	2885	100
5.6809-39	0.1995	133	0.1912	2965	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3924	-0.1451	-0.0225	1.1759	0.0307	0.4622	0.0066	-0.0497	-0.0173	0.1453	0.0153	-0.023	0.0441	0.0827	-0.0283	0.2001	0.0083	-0.012	0.217	-0.004	0.1645	39.427	72.9722	17.9765
2	1.0677	-0.8524	0.067	2.4725	-0.1683	1.4305	0.0845	0.0298	0.1836	-0.2159	-0.0312	-0.1052	-0.3183	0.0616	-0.0381	0.246	-0.0199	0.0328	0.1932	0.0058	0.1973	39.4672	94.1502	7.1545
3	1.0152	-0.0231	-0.1178	0.5895	0.0633	0.8052	0.0102	0.1066	0.0653	-0.135	0.0354	0.0004	0.0223	-0.0361	-0.0384	0.2122	0.0033	0.0043	0.2181	0.0127	0.1692	34.9131	70.3573	-2.9384
4	1.5137	-0.39	-0.4054	1.5269	0.4124	1.4572	-0.0093	0.0429	-0.208	-0.0016	-0.0082	0.0536	0.1896	-0.0236	0.0207	0.2049	-0.0248	-0.0082	0.1895	0.0164	0.1765	33.4802	55.9505	6.4206
5	2.5622	-0.0128	-0.7693	1.2031	0.136	0.6138	0.1516	0.3708	0.335	-0.1282	-0.0951	0.1117	-0.1346	-0.1458	-0.0408	0.1755	0.0448	-0.0094	0.1938	0.0118	0.1773	7.4835	98.2855	22.2431
6	2.3311	-0.2826	-0.4131	1.0482	0.1729	1.3235	0.1549	0.1775	0.2709	-0.0937	-0.0197	0.0314	-0.1695	0.0038	-0.1214	0.2223	0.0193	0.0278	0.1869	0.0073	0.207	24.1172	100.6732	24.0135
7	1.5226	0.0151	0.1134	1.4521	0.1686	1.5577	0.0892	-0.0799	-0.0237	0.1027	-0.0154	-0.136	0.0694	0.1565	-0.0567	0.1625	-0.0027	-0.0172	0.177	-0.0257	0.1581	36.7515	93.3523	42.1198
8	2.125	-0.2699	0.4289	1.0896	-0.2099	1.7592	0.0431	-0.1538	0.2693	0.0045	-0.0214	-0.0578	-0.1182	0.0485	-0.0263	0.2027	-0.0142	0.0232	0.2033	-0.0443	0.2359	25.5237	100.9045	36.7779
9	2.0809	0.5824	-0.2228	2.8176	-0.1313	1.7828	0.0266	-0.1747	0.5265	-0.0418	0.0884	-0.2494	-0.1016	0.1167	-0.0696	0.2094	0.0257	0.0236	0.227	-0.0789	0.3732	16.7348	107.8234	40.0071
10	2.0655	-0.5867	0.1788	1.0622	0.2321	1.0871	-0.0277	-0.1887	-0.1012	0.0781	0.0029	0.1453	0.0111	-0.0528	0.0257	0.1848	-0.0013	0.0115	0.1841	-0.0103	0.1968	2.2427	94.4405	44.8567
11	2.1953	-0.3373	-0.353	1.7314	0.3295	1.3218	-0.0134	-0.1886	-0.293	0.2359	-0.0119	0.0472	0.1248	0.0865	0.013	0.2052	-0.0087	0.0096	0.1582	0.0113	0.2412	4.2409	82.4396	41.6378
12	1.5693	-0.3813	-0.4833	1.219	0.3388	1.8196	0.0585	0.3243	-0.1834	-0.1352	-0.092	0.0512	0.0933	0.0225	0.035	0.1811	0.0153	-0.0204	0.2068	-0.05	0.228	1.7573	87.0257	24.9018
13	2.5615	-0.1861	0.3162	2.2015	0.1867	1.5659	-0.0792	-0.0415	0.0134	0.0261	0.0348	0.287	-0.1381	-0.245	0.0114	0.1815	0.0234	0.0099	0.2329	-0.0463	0.3142	-17.5109	97.7448	37.2315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 89 )	A	7 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 229 )	A	90 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 230 through 384 )	A	230 - 384
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 385 through 502 )	A	385 - 502
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 65 )	B	11 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 66 through 118 )	B	66 - 118
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 119 through 163 )	B	119 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 164 through 229 )	B	164 - 229
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 230 through 256 )	B	230 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 257 through 323 )	B	257 - 323
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 324 through 384 )	B	324 - 384
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 385 through 446 )	B	385 - 446
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 447 through 502 )	B	447 - 502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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