PDB-6s9t: Dimerization domain of Xenopus laevis LDB1 in complex with darpin 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s9t

タイトル

Dimerization domain of Xenopus laevis LDB1 in complex with darpin 3

要素

Darpin 3
LIM domain-binding protein 1

キーワード

GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) /

WNT signalling (Wntシグナル経路) / wnt enhanceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

LIM domain binding /

transcription coregulator binding /

transcription coregulator activity / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Renko, M. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Bienz, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Rotational symmetry of the structured Chip/LDB-SSDP core module of the Wnt enhanceosome.
著者: Renko, M. / Fiedler, M. / Rutherford, T.J. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Bienz, M.

履歴

登録	2019年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s9t.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s9t.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s9rC 6s9sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4w4j-d 3h4z-1 6a8p-3 3ly6-2 310 4pyg-2 3q03-d 4pyg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LIM domain-binding protein 1

D: Darpin 3

ヘテロ分子

40.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LIM domain-binding protein 1

D: Darpin 3

ヘテロ分子

A: LIM domain-binding protein 1

D: Darpin 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.217, 70.217, 122.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	LIM domain-binding protein 1 / xLdb1 分子量: 22172.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: ldb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70060
#2: タンパク質	Darpin 3 / 分子量: 17773.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M TrisHCL, pH 7.0 32% PEG200 0.05 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97886 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→43.15 Å / Num. obs: 22528 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 39.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 2198

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→43.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 15.729 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.195
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2793	1071	4.7 %	RANDOM
R_work	0.2179	-	-	-
obs	0.2206	21557	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.28 Å² / B_iso mean: 57.123 Å² / B_iso min: 40.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	-0.42 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→43.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	26	27	2422
B_iso mean	-	-	78.08	52.86	-
残基数	-	-	-	-	295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	1.646	3310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.304	1.577	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.531	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.184	22.993	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.869	15	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.469	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	518

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	97	-
R_work	0.341	1550	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7498	0.111	1.9273	1.1334	-0.3835	2.0628	-0.0647	0.2105	0.242	-0.0648	0.13	-0.1001	-0.0794	0.1802	-0.0653	0.2109	0.0822	0.0267	0.577	0.0123	0.4495	35.3309	35.2387	2.6787
2	2.7249	-1.9875	-0.1692	1.503	0.188	0.0923	-0.1066	-0.3645	-0.6045	0.0782	0.2631	0.2884	0.0428	0.062	-0.1564	0.1987	0.1235	0.0095	0.6295	0.1022	0.5741	33.5923	25.0548	15.4052
3	1.2385	0.1722	0.1055	2.621	1.7204	1.1387	0.0037	-0.0452	0.0323	-0.0472	0.0359	0.031	-0.0037	0.039	-0.0396	0.2984	0.111	0.0167	0.4914	0.0014	0.4858	25.604	31.9387	6.2917
4	3.8256	1.7376	-0.5921	4.2699	0.099	0.1363	0.126	-0.2031	0.2189	0.0391	-0.0385	-0.1035	-0.0042	0.0068	-0.0875	0.2719	0.0929	0.0027	0.5821	-0.0035	0.4138	29.6519	36.9095	13.2298
5	3.4942	-0.0228	2.2304	3.0848	1.5991	2.2842	-0.0581	0.142	-0.325	0.0552	0.1167	0.1113	-0.043	0.1451	-0.0586	0.281	0.1588	0.0569	0.4192	-0.001	0.5662	12.664	12.3075	0.5576
6	3.5721	1.5324	1.382	0.9474	1.39	3.5869	0.1786	0.2566	0.0452	-0.0992	-0.1539	-0.0802	-0.3594	-0.2157	-0.0248	0.2767	0.1469	0.0238	0.5594	0.0312	0.4558	61.8227	28.4403	-1.5928
7	4.1219	-0.7786	-1.1594	0.8651	0.2017	0.3271	0.2223	0.0986	-0.1664	0.0663	-0.2598	0.0759	-0.0685	-0.0094	0.0375	0.231	0.0705	-0.0292	0.5951	-0.0359	0.4681	56.889	24.9348	5.2533
8	7.5949	-3.7996	-1.8451	1.962	0.8526	2.1979	0.0673	0.0389	-0.2364	0.0764	-0.0514	0.0525	-0.1808	0.066	-0.0159	0.2558	0.061	-0.0184	0.5878	-0.0019	0.4271	57.1149	23.0591	12.9701
9	3.0083	0.9542	1.0612	0.9884	0.3686	0.4672	0.0504	-0.2978	-0.7363	-0.1029	0.1818	0.3202	-0.0881	-0.0626	-0.2322	0.1403	0.0277	-0.0987	0.4786	0.1337	0.7513	47.5885	17.6752	14.0049
10	0.0878	0.3284	0.1178	3.2633	0.9268	0.2899	0.2067	-0.0161	0.1155	0.9291	-0.4437	0.9515	0.4076	-0.1037	0.237	1.0761	-0.0436	-0.0116	0.1247	-0.0466	0.617	45.8537	7.8446	17.818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	143 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	170 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	219 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	243 - 273
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	274 - 288
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	289 - 332
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	333 - 346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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