PDB-6s9r: Crystal structure of SSDP from D. melanogaster

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s9r

タイトル

Crystal structure of SSDP from D. melanogaster

要素

Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

キーワード

GENE REGULATION / Chip/LDB1 / WNT signalling / WNT enhanceosome

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Renko, M. / Bienz, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Rotational symmetry of the structured Chip/LDB-SSDP core module of the Wnt enhanceosome.
著者: Renko, M. / Fiedler, M. / Rutherford, T.J. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Bienz, M.

履歴

登録	2019年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s9r.cif.gz	65.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s9r.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s9r_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s9r_full_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示
XML形式データ	6s9r_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	6s9r_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s9sC 6s9tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mqd-1 3grv-d 1kgs-d 6o0l-d 3769 3762 3755 1fki-d 2f51-d 2yj4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

B: Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

20.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

B: Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

A: Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

B: Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
40.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.503, 137.503, 53.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A / Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein / isoform B / isoform C 分子量: 10154.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ssdp, Dmel\CG7187, l(3)neo48, ssdp, CG7187, Dmel_CG7187 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEB9

#1: タンパク質

Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein, isoform A / Sequence-specific single-stranded DNA-binding protein / isoform B / isoform C

分子量: 10154.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ssdp, Dmel\CG7187, l(3)neo48, ssdp, CG7187, Dmel_CG7187
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEB9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 1.7-1.9 M Ammonium Sulfate 0.01 M MgCl2 / PH範囲: 6.0-6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.06883 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.06883 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→43.48 Å / Num. obs: 10414 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 25.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.011 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 33.38
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 1010

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→43.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 28.495 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.207
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2653	520	5 %	RANDOM
R_work	0.2248	-	-	-
obs	0.2267	9881	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.64 Å² / B_iso mean: 88.728 Å² / B_iso min: 73.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→43.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1004	0	0	0	1004
残基数	-	-	-	-	121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.923	1.628	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.411	1.568	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.759	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.284	22.222	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.565	15	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.513	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	254

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.463 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.55	38	-
R_work	0.569	726	-
all	-	764	-
obs	-	-	98.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6071	7.4217	-3.5668	21.7114	-0.6574	10.4755	0.2829	-0.1855	-0.2248	1.1968	-1.227	0.3008	0.3811	-0.6532	0.9441	0.4731	-0.0541	-0.0335	0.504	0.0574	0.6781	6.825	23.5416	12.6153
2	5.1276	-3.0312	-0.6584	1.8109	0.1626	4.7983	-0.0242	-0.0316	-0.3743	0.0398	0.0582	0.1778	0.1099	0.0531	-0.0339	0.3818	0.0149	0.025	0.4208	-0.0265	0.6211	18.1881	27.9726	4.7817
3	7.4978	1.1941	4.17	5.0814	-1.3871	17.0092	0.0644	-0.1659	-0.265	-0.0488	-0.1949	-0.5113	0.1184	0.9537	0.1305	0.3916	0.0203	-0.0212	0.4526	0.0103	0.4976	25.7591	28.0771	10.2529
4	10.9102	5.0982	7.0212	4.6001	2.5112	4.8947	0.3271	-0.6228	-0.5229	0.3965	0.0841	0.0768	0.3541	-0.353	-0.4112	0.7001	0.1832	0.085	0.6284	0.1624	0.5753	18.5633	20.8645	15.8095
5	2.7826	-0.8093	0.0998	1.0085	0.0312	0.4751	0.262	0.2813	0.1008	-0.2787	-0.2796	0.1026	0.1742	0.0614	0.0176	0.4065	0.0198	0.0114	0.4095	-0.0009	0.6118	11.8165	31.5528	-0.5749
6	5.1691	-15.032	-3.9172	45.2561	11.833	3.1275	-0.3251	-0.4844	1.1326	-0.2003	1.4928	-3.8663	-0.0484	0.3412	-1.1677	0.9233	-0.2037	0.2022	0.508	0.1001	1.0746	5.4152	45.7404	2.0137
7	3.8007	-1.6771	1.5369	4.4735	-4.1591	4.4512	-0.1877	-0.0732	0.3216	-0.107	0.0239	0.0506	0.1654	0.0764	0.1638	0.3465	-0.0318	-0.0139	0.4418	-0.0293	0.6165	15.9382	39.7225	6.506
8	13.7318	2.1312	-8.4677	11.1952	-0.4923	5.3183	-0.1093	-0.7887	-0.279	0.9008	0.0184	-0.3934	0.1118	0.3769	0.0909	0.39	0.0189	-0.0308	0.611	0.0094	0.4477	20.5559	34.4076	17.669
9	6.8492	-1.2837	5.8128	13.4734	-1.3651	4.9455	-0.1391	0.3507	0.115	-0.4804	0.0029	-0.3628	-0.1373	0.3273	0.1362	0.4296	-0.0113	0.0106	0.5195	-0.0242	0.4767	26.5705	40.1219	7.2393
10	16.1189	13.7466	-8.4668	14.3725	-7.3014	7.717	-0.3702	0.3954	-0.0101	0.492	-0.0598	0.0647	-0.6943	-0.6536	0.43	0.4921	0.0487	-0.0523	0.512	-0.0588	0.5783	15.2883	45.6444	13.8931
11	4.3291	4.7713	3.8165	15.5117	2.559	3.6319	0.1408	-0.6414	0.0332	0.0568	-0.1771	-0.0475	0.1167	-0.6738	0.0364	0.3876	-0.0113	0.0477	0.5039	-0.0522	0.5706	5.8902	35.2186	10.2975
12	6.8852	7.8093	3.3632	10.7989	4.0837	1.6851	0.0637	-0.4318	-0.7887	-0.4798	0.2068	-0.0818	-0.0806	-0.1444	-0.2705	0.499	-0.1081	-0.0887	0.6103	0.1182	0.7228	-1.2129	27.1689	5.2972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	69 - 73
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	13 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 38
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	39 - 47
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	48 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	56 - 64
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	65 - 73

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)