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- PDB-6s8l: Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8l
タイトルStructure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to two Tubulin Isotypes
要素
  • Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-3 chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Microtubules / Microtubule targeting agents / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin receptor binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / dorsal root ganglion development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC ...netrin receptor binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / dorsal root ganglion development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Gap junction assembly / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / Recycling pathway of L1 / microtubule-based process / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / cellular response to interleukin-4 / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / filopodium / axon guidance / cell periphery / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / peptide binding / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / lamellipodium / mitotic cell cycle / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cell division / axon / GTPase activity / neuronal cell body / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-PN6 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Sharma, A. / Olieric, N. / Steinmetz, M.
引用ジャーナル: Chem / 年: 2019
タイトル: Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to Two Tubulin Isotypes
著者: La Sala, G. / Olieric, N.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-3 chain
F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7008
ポリマ－117,3493
非ポリマー1,3515
水14,178787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area36400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.630, 91.200, 82.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBA1B / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P68363
#2: タンパク質 Tubulin beta-3 chain / Tubulin beta-4 chain / Tubulin beta-III


分子量: 50481.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBB3, TUBB4 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13509
#3: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1


分子量: 16662.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 792分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PN6 / (3Z,6Z)-3-benzylidene-6-[(5-tert-butyl-1H-imidazol-4-yl)methylidene]piperazine-2,5-dione / Plinabulin / NPI-2358


分子量: 336.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-TrisMethane, pH 5.5, supplemented with 200 mM ammonium sulfate and 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.801→45.6 Å / Num. obs: 98394 / % possible obs: 93.35 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1429 / Rpim(I) all: 0.0607 / Rrim(I) all: 0.1555 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 1.801→1.865 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.894 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 5181 / CC1/2: 0.419 / Rpim(I) all: 0.8234 / Rsym value: 2.071 / % possible all: 52.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.801→45.6 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 4682 5.01 %
Rwork0.2154 --
obs0.2179 93424 93.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7777 0 87 787 8651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72110986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8834781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8006-1.82110.3567610.3476911X-RAY DIFFRACTION29
1.8211-1.84250.4536890.35221691X-RAY DIFFRACTION53
1.8425-1.8650.3522990.37052281X-RAY DIFFRACTION72
1.865-1.88860.37981500.35612783X-RAY DIFFRACTION87
1.8886-1.91350.41811410.3493066X-RAY DIFFRACTION97
1.9135-1.93970.41971470.34893112X-RAY DIFFRACTION98
1.9397-1.96740.37751750.33943074X-RAY DIFFRACTION98
1.9674-1.99680.4011700.33253079X-RAY DIFFRACTION98
1.9968-2.0280.37351660.33033081X-RAY DIFFRACTION97
2.028-2.06120.34651650.33893023X-RAY DIFFRACTION96
2.0612-2.09670.34821700.34262993X-RAY DIFFRACTION96
2.0967-2.13490.361870.2983006X-RAY DIFFRACTION97
2.1349-2.17590.28011570.25443173X-RAY DIFFRACTION99
2.1759-2.22030.32571720.2413109X-RAY DIFFRACTION99
2.2203-2.26860.31361720.24093080X-RAY DIFFRACTION99
2.2686-2.32140.30211680.23653118X-RAY DIFFRACTION98
2.3214-2.37950.27041850.24293134X-RAY DIFFRACTION99
2.3795-2.44380.30461720.2393112X-RAY DIFFRACTION98
2.4438-2.51570.33061580.25653092X-RAY DIFFRACTION98
2.5157-2.59690.30241620.24063140X-RAY DIFFRACTION99
2.5969-2.68970.2241590.19153133X-RAY DIFFRACTION99
2.6897-2.79740.25441880.18943130X-RAY DIFFRACTION99
2.7974-2.92470.22531710.18373146X-RAY DIFFRACTION99
2.9247-3.07890.21191390.17563207X-RAY DIFFRACTION99
3.0789-3.27170.23321530.17243163X-RAY DIFFRACTION100
3.2717-3.52430.21391520.15773185X-RAY DIFFRACTION100
3.5243-3.87880.21481690.14263158X-RAY DIFFRACTION100
3.8788-4.43970.17591600.13353177X-RAY DIFFRACTION99
4.4397-5.59240.17071530.1453185X-RAY DIFFRACTION98
5.5924-49.21140.20081720.16943200X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9344-0.09630.32771.1126-0.22571.61530.079-0.0243-0.0024-0.0214-0.0426-0.1175-0.00560.423-0.04770.1181-0.03460.02460.2087-0.02580.098244.58682.455117.8059
22.8042-0.94980.15510.3272-0.1521.3538-0.0115-0.05540.0238-0.06410.07190.018-0.33780.0351-0.01760.209-0.04760.06370.0872-0.02460.131531.228311.678813.8415
32.32390.445-0.34122.19230.39522.48150.17440.1698-0.01390.1209-0.090.0999-0.14830.0532-0.0520.1605-0.00960.01690.1378-0.03880.08435.57494.44711.8313
41.8374-0.2995-1.52841.85810.34422.9140.11410.326-0.086-0.089-0.14930.3134-0.1866-0.19930.00480.1456-0.002-0.02370.1935-0.02580.134534.60993.4113-11.7219
51.5392-0.5575-0.64861.56790.97351.61940.01240.3554-0.055-0.0869-0.06880.212-0.39990.1194-0.00140.2281-0.0383-0.06670.2901-0.00020.134439.08636.5199-8.927
60.8408-0.3363-0.320.3573-0.01530.25990.1707-0.03020.1357-0.09030.00620.0763-0.422-0.0636-0.14910.273-0.00790.0730.0941-0.01040.187322.786116.325611.95
71.21151.434-0.2851.8251-0.33631.34810.03310.0162-0.3358-0.2232-0.0061-0.61030.36370.04-0.19390.06550.0345-0.09150.20510.11190.308416.0172-15.835540.3964
85.6767-0.8725-0.54083.09230.36473.69680.04170.3639-0.48690.02250.1283-0.82750.54320.6309-0.01090.21440.0715-0.01340.3186-0.01120.547927.9077-21.374236.7489
91.8497-0.6211-0.59814.47791.15492.4384-0.0486-0.7218-0.53080.2040.2184-0.17910.78110.176-0.10730.2989-0.0054-0.09810.32440.11970.324814.9191-18.995451.1705
102.2243-0.76450.82090.2909-0.16430.567-0.2165-0.97090.20950.54030.1649-0.4061-0.00750.2191-0.08290.16040.0171-0.15130.40330.02390.32214.9578-6.104455.4392
113.4124-0.4402-0.23820.7310.18871.14060.0128-0.18390.22580.03120.0277-0.2645-0.15940.1728-0.02880.0986-0.0226-0.03140.17690.01090.202110.5845-1.904644.0458
121.5880.3189-0.64651.8546-0.4331.38090.0594-0.038-0.2326-0.1216-0.0643-0.13360.09990.0142-0.02850.12970.0243-0.01780.0945-0.00140.1577.3284-9.708231.6176
133.09760.1833-0.65332.43140.50412.673-0.09330.3928-0.5181-0.32430.132-0.09540.5613-0.1408-0.02290.2523-0.0341-0.01590.2593-0.01160.18291.0462-12.072321.8055
141.5901-0.1205-0.36252.78041.10333.34750.00680.6868-0.3394-0.5855-0.0329-0.23610.2870.07530.08080.31460.03970.08420.3316-0.07670.244211.306-10.059914.356
151.13980.1965-0.46770.78550.11931.70090.04440.3848-0.1476-0.1341-0.0486-0.1320.1875-0.2612-0.08290.13680.0121-0.01620.1437-0.0140.17083.1304-3.339327.1081
161.9860.3583-1.32271.5296-1.3594.86280.3097-0.26560.38970.2145-0.0587-0.1212-0.68810.2305-0.18950.1615-0.00240.01260.158-0.03330.2707-1.92088.095343.8001
170.5556-0.4177-0.18842.54692.82115.2041-0.1287-0.16520.0466-0.13520.1882-0.2581-0.44370.89770.05510.2167-0.0288-0.01730.6040.01090.1396-18.72632.083970.0204
185.7531-1.7045-4.39283.80564.25796.00730.0381-0.5031-0.30070.77480.13910.08570.44310.94020.35130.3360.11280.06170.70160.18310.2453-22.0151-6.141173.5224
190.41210.0212-1.17363.0578-0.49693.4970.013-0.4179-0.03520.2433-0.0329-0.1161-0.0320.09890.02330.1049-0.0124-0.00140.29340.03040.0858-22.33881.912263.6108
201.0802-0.5895-0.35031.6660.46981.6822-0.239-0.272-0.28690.22760.01190.13110.28240.0445-0.10510.18170.03060.13050.31850.21260.1859-27.4827-8.088464.2336
213.8438-0.2048-3.3752.9887-1.74626.67560.0725-0.040.3759-0.12420.0993-0.0939-0.25430.0324-0.20660.17040.01410.03410.14370.01770.0885-26.75245.476955.6052
226.96110.4266-0.00622.33281.10724.1063-0.2798-0.1927-0.5110.04350.24360.01410.3018-0.00770.01460.0850.0199-0.00340.1080.00630.0741-23.6433-6.560452.1392
230.8385-0.5037-0.25973.04120.56381.2735-0.0131-0.06220.0386-0.17260.16810.06210.0861-0.1969-0.1620.0823-0.0166-0.00420.16690.0080.0538-23.39910.83745.2276
246.02391.8773-0.17823.36510.57017.5859-0.23630.2681-0.95740.1072-0.09890.14780.6022-0.06570.12770.1802-0.02210.02610.1162-0.03360.1786-24.5857-10.626142.3163
251.2176-0.6237-0.49854.4364-0.87130.76490.1414-0.00060.0222-0.4223-0.0123-0.2546-0.06670.0973-0.09880.1389-0.0031-0.00990.2609-0.02420.076-21.67621.00134.7288
263.7897-3.9644-0.83534.6044-0.12192.3661-0.04510.6738-1.0704-0.69910.13270.39240.6183-0.187-0.03460.2611-0.0514-0.01950.2769-0.0750.2156-20.5592-10.428332.0509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 160 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 161 through 199 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 273 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 336 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 337 through 372 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 373 through 436 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 28 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 29 through 64 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 65 through 88 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 89 through 127 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 128 through 199 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 200 through 273 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 274 through 311 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 312 through 337 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 338 through 401 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 402 through 440 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 13 through 24 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 25 through 35 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 36 through 59 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 60 through 69 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 70 through 82 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 83 through 101 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 102 through 125 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 126 through 134 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 135 through 158 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 159 through 167 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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