PDB-6s8k: Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s8k

タイトル

Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to two Tubulin Isotypes

要素

Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Microtubules / Microtubule targeting agents / Cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Sharma, A. / Olieric, N. / Steinmetz, M.

引用

ジャーナル: Chem / 年: 2019
タイトル: Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to Two Tubulin Isotypes
著者: La Sala, G. / Olieric, N. / Sharma, A.

履歴

登録	2019年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s8k.cif.gz	529 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s8k.ent.gz	355.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6s8k_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s8k_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6s8k_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	6s8k_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/6s8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/6s8k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6s8lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7alr-d 5nqt-d 6zwb-d 6s8l-d 5fcz-2 6awf-2 5itz-d 5nqu-d 5eyp-d 5eib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (21) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1

ヘテロ分子

116 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.565, 91.351, 83.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.851, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 48665.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1 分子量: 16435.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 874分子

#4: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-PN6 / (3Z,6Z)-3-benzylidene-6-[(5-tert-butyl-1H-imidazol-4-yl)methylidene]piperazine-2,5-dione / Plinabulin / NPI-2358 分子量: 336.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-TrisMethane, pH 5.5, supplemented with 200 mM ammonium sulfate and 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.519→45.025 Å / Num. obs: 166365 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05515 / R_rim(I) all: 0.05971 / Net I/σ(I): 16.43
反射シェル	解像度: 1.519→1.574 Å / R_merge(I) obs: 1.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 15828 / CC_1/2: 0.683 / R_pim(I) all: 0.629

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→45.02 Å / SU ML: 0.192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 24.024

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	8315	5 %
R_work	0.1773	-	-
obs	0.1786	166259	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→45.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7911	0	86	870	8867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7658	11369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2742	4985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.54	0.386	492	0.3805	9282	X-RAY DIFFRACTION	88.57
1.54-1.55	0.3727	510	0.3705	9753	X-RAY DIFFRACTION	93.5
1.55-1.57	0.3646	524	0.3463	9994	X-RAY DIFFRACTION	94.39
1.57-1.59	0.3575	529	0.3286	10020	X-RAY DIFFRACTION	95.08
1.59-1.61	0.3277	523	0.3055	9998	X-RAY DIFFRACTION	95.97
1.61-1.64	0.3018	548	0.289	10295	X-RAY DIFFRACTION	97.32
1.64-1.66	0.2785	542	0.2729	10226	X-RAY DIFFRACTION	97.97
1.66-1.68	0.2919	544	0.2623	10351	X-RAY DIFFRACTION	98.55
1.68-1.71	0.2743	557	0.2521	10513	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.71-1.74	0.2652	550	0.2374	10356	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.74-1.77	0.2556	550	0.2321	10445	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.77-1.8	0.2336	541	0.2173	10464	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.8-1.84	0.2312	551	0.2099	10439	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.84-1.87	0.216	549	0.2082	10457	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.87-1.91	0.2392	550	0.2134	10391	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.91-1.96	0.2364	560	0.2062	10545	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.96-2.01	0.2222	548	0.1854	10427	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.01-2.06	0.2222	555	0.1828	10552	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.06-2.12	0.2141	547	0.1824	10457	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.12-2.19	0.1881	555	0.1762	10493	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.19-2.27	0.218	551	0.1813	10420	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.27-2.36	0.1974	551	0.1759	10495	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.36-2.47	0.1886	551	0.1728	10550	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.47-2.6	0.2102	550	0.1739	10446	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.6-2.76	0.2036	551	0.174	10450	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.76-2.97	0.1969	556	0.1758	10491	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.97-3.27	0.2048	549	0.1661	10443	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.27-3.75	0.1879	547	0.1544	10463	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.75-4.72	0.1589	554	0.1276	10421	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.72-45.02	0.1607	553	0.1532	10472	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.74407025138	0.0260139911552	-1.30315185669	1.61545530143	0.186445860752	2.76486647017	0.0493081483108	-0.143074182229	-0.132867386858	-0.0868597057496	-0.0872270517378	-0.0247875138372	0.0852543268565	0.423668530241	0.0790355550345	0.173130825462	-0.0229490747822	-0.00120878890363	0.225376358037	0.00638767864775	0.129917527319	44.4260659317	-0.469923542355	10.7643327342
2	4.95565407109	-0.486240799547	-0.154249889445	2.31178690688	-0.124689160303	1.2215072005	0.0728615706508	-0.0377300796934	-0.171670599057	-0.262924975281	-0.0688346233757	-0.41275277246	0.323650689925	1.08700404455	-0.000794867670456	0.2637682138	0.0634267014591	-0.0125312713181	0.595973595705	0.00749725730204	0.24721133375	55.0162305336	-2.94409309243	11.7539831659
3	5.77881515765	-1.032411967	-0.636104099373	1.01787267612	0.233148162697	1.86391936031	-0.0311857632854	-0.359345178735	-0.175634899698	0.110368044939	0.0120507713429	-0.0204730756279	-0.00747542466942	0.295227348575	0.0256257682388	0.186366380184	-0.0475155186906	0.00709629199213	0.258694769021	0.0168124149004	0.141888974677	41.7688729449	2.13147204496	24.7049048589
4	4.14672552933	0.251467806109	-0.303172494632	0.94365162344	-0.286541041111	2.42931533502	-0.0422306260948	-0.132281415269	0.0338059859178	0.0312065882285	0.0615629158969	-0.0556409901123	-0.251162511542	0.165007961864	-0.0217782698234	0.212954935034	-0.054345145544	0.0303012853032	0.125148743114	-0.0277693668787	0.159623756229	36.0153798354	11.3841482612	15.8242340946
5	2.51137585655	0.839049120598	-0.337888473898	1.81525171008	-0.00810182097131	2.85419209651	0.0650868392307	0.0458437270122	0.0329374877088	0.0313588855755	-0.0472113081874	0.0726403917966	-0.0722237659828	0.112394707773	-0.00361727724759	0.169486931586	-0.00616070171752	0.0095576117836	0.141441167171	-0.0304141387693	0.130710146358	36.0905623754	4.68489250378	2.27431419892
6	2.26172903813	0.13213878294	-1.56422012162	3.44512002521	0.518158338295	4.30493195484	-0.0649650407654	0.298965896042	-0.181776018099	-0.0389956711022	-0.030959108528	0.213877965349	0.0992145720406	-0.275834259621	0.0799655587197	0.189716844404	-0.0405768696581	-0.0515630496788	0.234867608882	-0.014345643704	0.193664460013	30.9405395514	0.142008026239	-9.75234454089
7	1.84070081855	-0.47146400544	-1.43264166576	0.862598860042	0.37231649441	2.1240780207	0.15430622944	0.208582505731	0.0933417551823	-0.191462044364	-0.0619385998346	-0.00559870063145	-0.263917761049	-0.0696289123096	-0.0764619089205	0.251685295411	-0.0254543456726	-0.00486133900528	0.177931223366	0.00143531367826	0.173700732922	34.4041483136	8.83251166725	-5.80867803761
8	2.03533632547	0.534176624872	-2.04650748211	4.01151339853	-4.07215101805	7.11568515875	0.105449569096	-0.111786613912	0.298995888206	-0.0163192499461	0.0223346949748	0.0762105932454	-0.422750503398	-0.0711346240958	-0.159718205991	0.294420864781	-0.00294708440471	0.0622893661054	0.177281891322	-0.0630992090028	0.273363575684	22.5919983603	19.698237408	17.3782654708
9	2.82533313234	-0.454013017748	0.810400446315	2.73493303176	0.905739080696	3.77352183607	0.0322673346607	-0.285521539565	-0.822364987341	0.0794482570979	0.119305600508	-0.471834408683	0.549498643782	0.559510222051	-0.0532284549766	0.275796151866	0.0643972639696	-0.0593791084479	0.39581550808	0.13602732381	0.573615599547	20.8393025556	-18.7530650994	41.9999802413
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17	8.1912384816	-4.05440421418	1.08421588641	2.09299830327	-0.302397989239	7.0878003778	0.17121688864	0.926790783197	-1.17765750371	-0.643691693854	-0.17174266634	0.677149029812	0.459488501189	-0.341241454728	-0.0592158927262	0.288527490913	-0.0311603009641	-0.0403455381176	0.342726930613	-0.0872690152544	0.375437572418	-20.4353860112	-10.2141655074	32.5131748572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 127 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 197 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 198 through 273 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 312 through 401 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 402 through 437 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 88 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 89 through 259 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 260 through 401 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 440 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 13 through 36 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 37 through 125 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 126 through 134 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 135 through 158 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 159 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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