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- PDB-6s85: Cutting state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s85
タイトルCutting state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ADP and dsDNA.
要素
  • (Nuclease SbcCD subunit ...) x 2
  • DNA (31-MER)
  • DNA (32-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nuclease / DNA repair / ABC-type ATPase / DNA double-strand breaks
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA endonuclease activity / DNA replication termination / DNA exonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA repair complex / exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / endonuclease activity ...double-stranded DNA endonuclease activity / DNA replication termination / DNA exonuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA repair complex / exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nuclease SbcC, gammaproteobacteria type / Nuclease SbcCD subunit D, C-terminal domain / Type 5 capsule protein repressor C-terminal domain / Nuclease SbcCD subunit D / : / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...Nuclease SbcC, gammaproteobacteria type / Nuclease SbcCD subunit D, C-terminal domain / Type 5 capsule protein repressor C-terminal domain / Nuclease SbcCD subunit D / : / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / Nuclease SbcCD subunit C / Nuclease SbcCD subunit D / Nuclease SbcCD subunit D / Nuclease SbcCD subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kaeshammer, L. / Saathoff, J.H. / Gut, F. / Bartho, J. / Alt, A. / Kessler, B. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Mechanism of DNA End Sensing and Processing by the Mre11-Rad50 Complex.
著者: Lisa Käshammer / Jan-Hinnerk Saathoff / Katja Lammens / Fabian Gut / Joseph Bartho / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner /
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability throughout life and are linked to tumorigenesis in humans. To initiate DSB repair by end joining or homologous recombination, the Mre11- ...DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability throughout life and are linked to tumorigenesis in humans. To initiate DSB repair by end joining or homologous recombination, the Mre11-nuclease Rad50-ATPase complex detects and processes diverse and obstructed DNA ends, but a structural mechanism is still lacking. Here we report cryo-EM structures of the E. coli Mre11-Rad50 homolog SbcCD in resting and DNA-bound cutting states. In the resting state, Mre11's nuclease is blocked by ATP-Rad50, and the Rad50 coiled coils appear flexible. Upon DNA binding, the two coiled coils zip up into a rod and, together with the Rad50 nucleotide-binding domains, form a clamp around dsDNA. Mre11 moves to the side of Rad50, binds the DNA end, and assembles a DNA cutting channel for the nuclease reactions. The structures reveal how Mre11-Rad50 can detect and process diverse DNA ends and uncover a clamping and gating function for the coiled coils.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Nuclease SbcCD subunit C
D: Nuclease SbcCD subunit C
A: Nuclease SbcCD subunit D
B: Nuclease SbcCD subunit D
E: DNA (31-MER)
F: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,00814
ポリマ－365,8856
非ポリマー1,1238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20910 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area73010 Å2
手法PISA

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要素

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Nuclease SbcCD subunit ... , 2種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 Nuclease SbcCD subunit C


分子量: 118851.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: sbcC, A9R57_08510, ACU57_12010, AM464_18965, AUQ13_18525, BANRA_02011, BANRA_03598, BHS87_02160, BJJ90_20275, BUE81_15555, BW690_06605, C4J69_09480, C5N07_12770, C9E25_04550, CA593_01155, ...遺伝子: sbcC, A9R57_08510, ACU57_12010, AM464_18965, AUQ13_18525, BANRA_02011, BANRA_03598, BHS87_02160, BJJ90_20275, BUE81_15555, BW690_06605, C4J69_09480, C5N07_12770, C9E25_04550, CA593_01155, D0X26_07450, D3821_12870, D3Y67_14380, D9D20_11475, D9F57_05650, DNQ41_05895, EAI52_02975, EC3426_01234, EL75_3354, EL79_3449, EL80_3403, ERS085365_01836, ERS085416_01964, ERS139211_01256, ERS150873_01854, NCTC13462_01932, NCTC9037_03952, RK56_026675, SAMEA3446340_01460, SAMEA3472047_02107, SAMEA3484427_03539, SAMEA3484429_01893, SAMEA3752559_02893, SAMEA3753300_00462, SK85_00422
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037YDI0, UniProt: P13458*PLUS
#2: タンパク質 Nuclease SbcCD subunit D


分子量: 45599.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: sbcD, A9R57_08515, ACU90_20930, AM270_02320, AM464_18970, AMK83_08850, AML07_05375, APZ14_19360, ARC77_21640, AU473_24540, AUQ13_18520, AUS26_08295, AW106_10255, AWF80_027335, B1K96_09895, ...遺伝子: sbcD, A9R57_08515, ACU90_20930, AM270_02320, AM464_18970, AMK83_08850, AML07_05375, APZ14_19360, ARC77_21640, AU473_24540, AUQ13_18520, AUS26_08295, AW106_10255, AWF80_027335, B1K96_09895, BANRA_00933, BANRA_02010, BANRA_03599, BB545_15570, BHS81_02440, BHS87_02165, BJJ90_20270, BK292_14605, BMT53_08385, BMT91_05280, BN17_02021, BTQ04_02895, BTQ06_17755, BUE81_15560, BVL39_00845, BW690_06610, BWP17_02185, C2U48_08075, C4J69_09475, C5N07_12775, C5P01_16270, C5P43_02310, C6986_02395, C7235_18845, C7B08_06215, C9E25_04545, CA593_01150, CG691_03340, CG705_03245, CG706_02645, COD30_16020, COD46_04825, CR538_19460, CRE06_07850, CVH05_20670, CWS33_22910, D0X26_07455, D2184_11480, D3821_12865, D3822_22430, D3O91_15270, D3Y67_14385, D4M06_05505, D7K63_09095, D7K66_05465, D9H94_07055, D9I87_03345, D9I97_02300, D9J44_05860, D9L89_06325, D9X97_05375, DIV22_26320, DL455_04405, DL545_19095, DL800_03920, DMI04_05300, DMZ31_02500, DNB37_05400, DNQ41_05900, DOY56_05885, DQF57_07710, DQO13_05535, DS732_06955, DTL43_07380, E2855_00535, E2863_00431, EAI44_12705, EAI52_02980, EB509_06820, EB510_01660, EB515_09310, EC1094V2_3455, EC3234A_4c00670, EC3426_01235, EC95NR1_04617, ECs0448, ED225_07565, ED287_10145, ED600_06285, ED607_18305, ED611_06615, ED903_13690, ED944_09545, EEA45_02820, EEP23_01080, EF173_10600, EFV01_15655, EFV11_06690, EFV17_08300, EIA13_09680, EL75_3353, EL79_3448, EL80_3402, ERS085365_01835, ERS085379_01210, ERS085416_01963, ERS139211_01257, ERS150873_01853, ERS150876_00572, FORC28_4694, HW43_05600, NCTC10090_01877, NCTC10429_03756, NCTC11022_05144, NCTC13125_01885, NCTC13127_05149, NCTC13462_01931, NCTC8009_07006, NCTC8179_01650, NCTC8960_01309, NCTC9036_03833, NCTC9037_03951, NCTC9045_04425, NCTC9055_00697, NCTC9058_03126, NCTC9062_04472, NCTC9111_03972, NCTC9703_03216, NCTC9706_01107, PU06_02925, RG28_02875, RK56_026670, RX35_02069, SAMEA3446340_01461, SAMEA3472043_02687, SAMEA3472044_00460, SAMEA3472047_02108, SAMEA3472055_02158, SAMEA3472070_02276, SAMEA3472114_01252, SAMEA3484427_03538, SAMEA3484429_01894, SAMEA3752553_00281, SAMEA3752559_02892, SAMEA3753064_01241, SAMEA3753097_00507, SAMEA3753290_01730, SAMEA3753300_00463, SK85_00423, WR15_04330
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TMC7, UniProt: P0AG76*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#3: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 18518.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 18464.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Heterotetrameric complex of full-length Mre11-Rad50 (SbcCD) in complex with ADP and dsDNACOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Mre11-Rad50COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3dsDNACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 73.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12811
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152271 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 4M0V / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 4M0V

4m0v

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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