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- PDB-6s6h: Crystal structure of the DNA binding domain of the chromosome-par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s6h
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of the chromosome-partitioning protein ParB complexed to the centromeric parS site
要素
  • Chromosome-partitioning protein ParB
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromosome segregation / chromosome maintenance / protein-DNA recognition / evolution / DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Chromosome-partitioning protein ParB
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jalal, A.S.B. / Tran, N.T. / Stevenson, C.E.M. / Tan, E.X. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Royal SocietyUF140053 英国
Royal SocietyRG150448 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P018165/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBS/E/J/000C0683 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Diversification of DNA-Binding Specificity by Permissive and Specificity-Switching Mutations in the ParB/Noc Protein Family.
著者: Jalal, A.S.B. / Tran, N.T. / Stevenson, C.E. / Chan, E.W. / Lo, R. / Tan, X. / Noy, A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome-partitioning protein ParB
B: Chromosome-partitioning protein ParB
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4566
ポリマ－43,2724
非ポリマー1842
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.099, 40.717, 94.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPROAA125 - 2491 - 125
21METMETPROPROBB125 - 2491 - 125
12DGDGDCDCCC1 - 201 - 20
22DGDGDCDCDD1 - 201 - 20

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Chromosome-partitioning protein ParB


分子量: 15502.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expressed protein comprised residues 126-254 of the wild-type sequence with an additional N-terminal Met residue and a C-terminal nickel affinity tag of sequence KLAAALEHHHHHH from the ...詳細: The expressed protein comprised residues 126-254 of the wild-type sequence with an additional N-terminal Met residue and a C-terminal nickel affinity tag of sequence KLAAALEHHHHHH from the pET21b expression plasmid.
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
遺伝子: parB, CCNA_03868 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta Solu / 参照: UniProt: B8GW30
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chains C and D form a symmetrical DNA duplex which is similar to the parS sequence from Caulobacter vibrioides without 5' phosphates
由来: (合成) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40.12 Å / Num. obs: 16317 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 105021 / Scaling rejects: 34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.4-2.496.60.8011094216620.850.3330.8692
8.98-40.125.80.120823560.9930.0420.10916

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALS1.11.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS1.11.4データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UMK

4umk


解像度: 2.4→40.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 19.018 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.4347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.243
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 826 5.1 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2169 15480 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.81 Å2 / Biso mean: 48.259 Å2 / Biso min: 23.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.09 Å20 Å2-1.86 Å2
2--2.82 Å20 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1917 814 12 82 2825
Biso mean--57.81 40.87 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.4754034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1931.8525461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1045258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9821.84892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03715333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9871516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02556
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A34620.07
12B34620.07
21C17580.01
22D17580.01
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 59 -
Rwork0.318 1096 -
all-1155 -
obs--98.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12520.08670.40461.4335-0.45293.0199-0.0528-0.0273-0.3298-0.1148-0.0222-0.02740.25940.15040.0750.03890.0197-0.00250.22610.01070.114516.1413-4.924815.5357
21.4866-0.0623-0.5520.6882-0.6350.92180.0006-0.07510.03410.0455-0.0260.0053-0.1138-0.0920.02540.09310.0251-0.07890.3799-0.01910.0714-18.62756.39418.0931
35.71590.11870.12441.09660.29081.38660.0143-0.4296-0.27150.1872-0.05370.11360.006-0.07360.03950.0338-0.00070.02050.13380.03550.03040.2783-0.086925.2741
46.10180.87920.12850.8941-0.08011.2633-0.0079-0.3138-0.05690.1823-0.0415-0.0337-0.01310.0160.04940.0442-0.0029-0.00650.11370.02280.007-0.32860.242825.2625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A125 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B125 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 20
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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