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- PDB-6y93: Crystal structure of the DNA-binding domain of the Nucleoid Occlu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y93
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of the Nucleoid Occlusion Factor (Noc) complexed to the Noc-binding site (NBS)
要素
  • Noc Binding Site (NBS)
  • Nucleoid occlusion protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / chromosome segregation / chromosome maintenance (染色体) / protein-DNA recognition (DNA結合ドメイン) / evolution (進化) / DNA-binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / 核様体 / division septum assembly / chromosome segregation / 染色体 / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion protein / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Nucleoid occlusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Jalal, A.S.B. / Tran, N.T. / Stevenson, C.E.M. / Chan, E. / Lo, R. / Tan, X. / Noy, A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Royal SocietyUF140053 英国
Royal SocietyRG150448 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P018165/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000C0683 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9791 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Diversification of DNA-Binding Specificity by Permissive and Specificity-Switching Mutations in the ParB/Noc Protein Family.
著者: Jalal, A.S.B. / Tran, N.T. / Stevenson, C.E. / Chan, E.W. / Lo, R. / Tan, X. / Noy, A. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion protein
B: Nucleoid occlusion protein
C: Noc Binding Site (NBS)
D: Noc Binding Site (NBS)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1164
ポリマ－47,1164
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)134.139, 60.567, 81.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLNGLNAA126 - 22717 - 118
21GLUGLUGLNGLNBB126 - 22717 - 118
12DGDGDCDCCC1 - 221 - 22
22DGDGDCDCDD1 - 221 - 22

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoid occlusion protein / Noc


分子量: 16806.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expressed protein comprised residues 111-242 of the wild-type sequence with an additional N-terminal Met residue and a C-terminal nickel affinity tag of sequence KLAAALEHHHHHH from the ...詳細: The expressed protein comprised residues 111-242 of the wild-type sequence with an additional N-terminal Met residue and a C-terminal nickel affinity tag of sequence KLAAALEHHHHHH from the pET21b expression plasmid
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: noc, yyaA, BSU40990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): Solu / 参照: UniProt: P37524
#2: DNA鎖 Noc Binding Site (NBS)


分子量: 6751.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chains C and D form a symmetrical DNA duplex which is similar to the Noc Binding Site (NBS) sequence from Bacillus subtilis without 5' phosphates
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→72.3 Å / Num. obs: 10830 / % possible obs: 38.1 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.23-2.6611.40.8515420.8470.2580.8914.7
8.57-72.3130.03654110.010.037100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STARANISOv3.311 29-Sep-2019データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS2.1.0データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S6H

6s6h


解像度: 2.23→72.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU ML: 0.385 / SU R Cruickshank DPI: 0.3856 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.441
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED This structure was refined after applying an anisotropic correction to the data with STARANISO. In line with the ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED This structure was refined after applying an anisotropic correction to the data with STARANISO. In line with the recommendations of the PDB and the STARANISO webpages, the uploaded data cif file contains three data blocks: 1. the STARANISO corrected data that was used to refine the structure, 2. the full uncorrected dataset with no resolution cut-off applied, 3. the output from refmac5 with filled-in data removed to leave only the reflections that were observed within the ellipsoidal resolution cut-off. The latter contains blurred map coefficients that should enable reproduction of the maps that were used to evaluate the model. N.B. The anisotropic correction leads to poor completeness in the higher spherical resolution shells resulting in maps that appear to be at lower resolution than the 2.23 Ang maximum resolution of the corrected data. Since the Rfree and RSRZ scores which evaluate the fit of the model to the data are dependent on the maximum reported resolution, they are inevitably poor for this model. Also note that the map coefficients automatically generated by the deposition process have unfortunately re-instated the above mentioned filled-in reflections. Thus, these will produce maps with an element of model bias i.e. they will tend to reproduce the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 599 5.5 %RANDOM
Rwork0.2313 ---
obs0.2337 10231 38.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 199.06 Å2 / Biso mean: 140.199 Å2 / Biso min: 121.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.61 Å20 Å27.99 Å2
2--4.15 Å20 Å2
3----5.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→72.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 896 0 0 2591
残基数----265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0122713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.4543859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1711.9015085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4045219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.49224.07481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.90315333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8491510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A30470.12
12B30470.12
21C20420.01
22D20420.01
LS精密化 シェル解像度: 2.233→2.291 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 2 -
Rwork0.572 10 -
all-12 -
obs--0.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76232.1721-1.51692.2971-0.75745.926-0.06460.17380.1311-0.08960.06120.38370.4131-0.10530.00340.32840.1493-0.0180.2516-0.00590.385934.7992-16.536319.4295
25.98711.92471.96014.11771.40745.4001-0.02380.3291-0.0414-0.32080.1219-0.2615-0.3192-0.0446-0.09810.33990.16310.02580.16960.07910.308221.897514.706214.2024
38.4777-4.7845-0.58323.63440.25971.1144-0.48430.0828-0.00390.45450.28830.11030.0642-0.01590.1960.10910.1442-0.00610.28220.00760.304529.84380.136723.273
47.783-4.3443-0.40123.57610.18621.1261-0.48740.1137-0.09430.45180.3869-0.0169-0.02830.01250.10050.09790.14760.00220.38310.04620.316528.23460.066823.3334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A126 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2B113 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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