PDB-6s5y: Structure of tandemly arrayed consecutive Rib domains (Rib2R) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s5y

タイトル

Structure of tandemly arrayed consecutive Rib domains (Rib2R) from Group B Streptococcal species Streptococcus agalactiae

要素

Group B streptococcal R4 surface protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Rib domain / bacterial cell surface / immunoglobulin fold / profile-HMM / domain atrophy

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Whelan, F. / Griffiths, S.C. / Bateman, A. / Potts, J.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Defining the remarkable structural malleability of a bacterial surface protein Rib domain implicated in infection.
著者: Whelan, F. / Lafita, A. / Griffiths, S.C. / Cooper, R.E.M. / Whittingham, J.L. / Turkenburg, J.P. / Manfield, I.W. / St John, A.N. / Paci, E. / Bateman, A. / Potts, J.R.

履歴

登録	2019年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s5y.cif.gz	476.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s5y.ent.gz	401.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s5y_validation.pdf.gz	485.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s5y_full_validation.pdf.gz	501.3 KB	表示
XML形式データ	6s5y_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	6s5y_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s5wC 6s5xC 6s5zC 6sx1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tpk-d 2gbo-d 5vt8-2 5vh2-4 5vh2-2 5vt8-1 3mvs-d 5czr-4 2c5j-d 5vh2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Group B streptococcal R4 surface protein

B: Group B streptococcal R4 surface protein

C: Group B streptococcal R4 surface protein

D: Group B streptococcal R4 surface protein

E: Group B streptococcal R4 surface protein

F: Group B streptococcal R4 surface protein

G: Group B streptococcal R4 surface protein

H: Group B streptococcal R4 surface protein

135 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Rib2R is observed to elute as a monomer when analysed via SEC-MALS to assess oligomeric state in solution
16.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Group B streptococcal R4 surface protein

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.825, 380.854, 37.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Group B streptococcal R4 surface protein / Surface protein Rib 分子量: 16879.455 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Rib residues 230-387, Rib2R, from Streptococcus agalactiae, expressed and purified as an N-His-GST-3C fusion protein in E. coli BL21 (DE3) cells and subsequently cleaved with 3C protease 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: rib / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P72362
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Group B streptococcal R4 surface protein / Surface protein Rib

分子量: 16879.455 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Rib residues 230-387, Rib2R, from Streptococcus agalactiae, expressed and purified as an N-His-GST-3C fusion protein in E. coli BL21 (DE3) cells and subsequently cleaved with 3C protease
由来: (組換発現)

Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: rib / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P72362

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→38.09 Å / Num. obs: 47115 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4792 / CC_1/2: 0.43 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→38.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU R Cruickshank DPI: 0.539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.463 / SU R_free Blow DPI: 0.268 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.282

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	2349	4.99 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.235	47105	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3162 Å²	0 Å²	14.4923 Å²
2-	-	21.6264 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.3102 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.47 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9391	0	0	32	9423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	9567	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	13137	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3148	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1648	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9567	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.29
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.59
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1352	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10260	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.31 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2105	-	5.41 %
R_work	0.2105	892	-
all	0.2105	943	-
obs	-	-	99.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0043	3.3721	-0.0872	24.2692	-2.3553	0.7315	0.1218	-0.156	0.0929	0.3572	-0.165	0.2214	-0.0057	-0.0428	0.0432	-0.1351	0.0171	-0.0561	-0.2956	0.1633	0.375	16.6155	19.018	1.1168
2	1.911	-2.1581	0.1833	13.8166	-2.0034	0.2906	-0.2373	-0.2544	0.7051	-1.0217	0.1273	1.4298	-0.1736	-0.2163	0.11	0.3232	-0.1324	0.1122	0.0823	0.1657	-0.4436	15.7862	-16.4565	19.7582
3	-0.0145	-2.9522	0.2407	12.3606	2.8407	1.3103	-0.0759	0.1789	-0.5284	-0.1917	-0.0397	-0.0786	0.1534	-0.2788	0.1155	0.0284	-0.0412	-0.0527	-0.23	-0.2552	0.3372	17.4344	-72.803	-4.2227
4	-0.0102	-2.117	0.182	19.9604	-1.3346	0.0695	0.1584	0.1406	0.1795	-0.1986	-0.2912	-0.4582	-0.157	0.0817	0.1329	-0.0329	-0.0136	-0.2083	-0.2396	0.0965	0.3274	-2.2497	10.116	0.9396
5	-0.0314	-2.6127	0.5557	12.945	-3.4345	0.488	0.0414	-0.0217	0.2117	-0.5256	0.0227	-0.3228	0.2636	0.2778	-0.0641	0.2532	0.1263	-0.2291	-0.2989	0.0052	0.3365	0.7088	-88.1069	-4.5284
6	1.2343	-5.8202	-1.4375	11.1016	1.3766	0.542	-0.0774	-0.0227	-0.5871	-0.08	-0.071	0.9121	0.0774	-0.0069	0.1483	-0.1126	-0.1423	-0.4476	-0.3682	0.1555	0.4931	-3.4393	-52.715	16.1638
7	-0.0605	5.2963	1.0674	15.3941	3.5554	1.1536	-0.0021	0.0935	0.4884	0.4389	-0.2774	0.9749	0.1181	0.0064	0.2795	-0.0637	0.0614	-0.0752	-0.4169	0.1561	0.7491	15.4132	81.6268	22.0641
8	1.451	-2.8497	0.0311	12.5131	1.7367	0.2005	0.0206	0.1878	-0.0048	-0.9355	0.2	0.2717	-0.1553	-0.1653	-0.2206	0.4789	0.0219	-0.1398	-0.3526	0.0436	-0.0603	-3.3485	46.0315	19.8179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|226 - A\|385}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|226 - B\|386}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|226 - C\|386}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|226 - D\|386}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|226 - E\|386}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|226 - F\|307 F\|308 - F\|386}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{G\|226 - G\|303 G\|304 - G\|386}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{H\|226 - H\|385}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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