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万見
- PDB-6s5d: Square conformation of KtrA R16A mutant ring with bound ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s5d
タイトルSquare conformation of KtrA R16A mutant ring with bound ATP
要素Ktr system potassium uptake protein A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RCK domain / potassium homeostasis / cation channel / magnesium / square conformation octameric ring / atp
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ktr system potassium uptake protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.393 Å
データ登録者Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais-Cabral, J.H.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-BQM/29863/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCI-01-0145-FEDER-007274 ポルトガル
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Activation of a nucleotide-dependent RCK domain requires binding of a cation cofactor to a conserved site.
著者: Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais Cabral, J.H.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7005
ポリマ－49,6612
非ポリマー1,0393
水362
1
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,80020
ポリマ－198,6458
非ポリマー4,15512
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.572, 121.572, 83.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA


分子量: 24830.645 Da / 分子数: 2 / 変異: R16A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2% PEG 6000, 1% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→45.6 Å / Num. obs: 8535 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 3.39→3.66 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 1.829 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1724 / CC1/2: 0.573 / Rpim(I) all: 0.655 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4j90

4j90


解像度: 3.393→45.598 Å / SU ML: 0.82 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 41.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 1632 9.9 %
Rwork0.2383 --
obs0.2423 8535 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.393→45.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 0 63 2 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7454761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9351309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3931-3.49290.47791170.41931151X-RAY DIFFRACTION93
3.4929-3.60560.4411290.39351239X-RAY DIFFRACTION100
3.6056-3.73440.38431680.36921219X-RAY DIFFRACTION100
3.7344-3.88390.45421340.35781275X-RAY DIFFRACTION100
3.8839-4.06050.38861250.35961232X-RAY DIFFRACTION100
4.0605-4.27440.40171430.30271254X-RAY DIFFRACTION100
4.2744-4.5420.32481150.26321256X-RAY DIFFRACTION100
4.542-4.89230.28591560.26631264X-RAY DIFFRACTION100
4.8923-5.3840.26371330.24931218X-RAY DIFFRACTION100
5.384-6.16140.32151450.26811257X-RAY DIFFRACTION100
6.1614-7.75650.28591360.24131242X-RAY DIFFRACTION100
7.7565-45.60240.21591310.18161253X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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