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万見
- PDB-6s4c: Crystal Structure of the vWFA2 subdomain of type VII collagen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s4c
タイトルCrystal Structure of the vWFA2 subdomain of type VII collagen
要素Collagen alpha-1(VII) chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / vWFA / collagen VII / VWA
機能・相同性
機能・相同性情報


Anchoring fibril formation / Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / Collagen degradation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Integrin cell surface interactions / collagen trimer ...Anchoring fibril formation / Extracellular matrix organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / Collagen degradation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Integrin cell surface interactions / collagen trimer / basement membrane / extracellular matrix organization / serine-type endopeptidase inhibitor activity / : / cell adhesion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDT / PHOSPHATE ION / Collagen alpha-1(VII) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gebauer, J.M. / Flachsenberg, F. / Baumann, U. / Seeger, K.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB829 ドイツ
German Research FoundationEXC 306 ドイツ
German Research FoundationRTG1727 ドイツ
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: Structural and biophysical characterization of the type VII collagen vWFA2 subdomain leads to identification of two binding sites.
著者: Gebauer, J.M. / Flachsenberg, F. / Windler, C. / Richer, B. / Baumann, U. / Seeger, K.
履歴
登録2019年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen alpha-1(VII) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2425
ポリマ－20,8061
非ポリマー4364
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.034, 123.034, 63.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1301-

MG

21A-1304-

PO4

31A-1304-

PO4

41A-1401-

HOH

51A-1406-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Collagen alpha-1(VII) chain / Long-chain collagen / LC collagen


分子量: 20805.834 Da / 分子数: 1 / 断片: VWFA2 SUBDOMAIN (UNP RESIDUES 1048-1238) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Col7a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63870
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA


分子量: 292.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O8
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.8 M mangesium sulphate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.52 Å / Num. obs: 12575 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 923 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1685精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IGI

4igi


解像度: 2→35.52 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.83
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 626 4.98 %Random selection
Rwork0.176 ---
obs0.178 12573 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1390 0 17 140 1547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7551990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.645557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.20130.23321660.23012940X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.51980.25641560.2022966X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-3.17440.23661550.18132976X-RAY DIFFRACTION100
3.1744-35.52240.16771490.15093065X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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