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Yorodumi- PDB-6p61: Structure of a Glycosyltransferase from Leptospira borgpetersenii... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p61 | ||||||
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Title | Structure of a Glycosyltransferase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | : / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / transferase activity / CITRIC ACID / Glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Structure of a Glycosyltransferase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) Authors: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p61.cif.gz | 350.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6p61.ent.gz | 285.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p61.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6p61_validation.pdf.gz | 493.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6p61_full_validation.pdf.gz | 502.7 KB | Display | |
Data in XML | 6p61_validation.xml.gz | 38.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6p61_validation.cif.gz | 55.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p61 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26704.361 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (bacteria) Strain: JB197 / Gene: LBJ_1113 / Plasmid: LpboA.19148.a.B1 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Variant (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q04TP4 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-CIT / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Optimization screen based on MCSG-1, condition F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5.5, 18% (w/V) PEG 3350: LpboA.19148.a.B1.PS38508 at 26.29mg/ml, seeded: cryo: 20% EG: tray 309474 e3: ...Details: Optimization screen based on MCSG-1, condition F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5.5, 18% (w/V) PEG 3350: LpboA.19148.a.B1.PS38508 at 26.29mg/ml, seeded: cryo: 20% EG: tray 309474 e3: puck irc8-7. Protein purified in 20mM HEPES pH7, 300mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1.00003 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→33.152 Å / Num. obs: 75239 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.281 % / Biso Wilson estimate: 33.519 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 14.82 / Num. measured all: 246869 / Scaling rejects: 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BCV_B as per RosettaMR Resolution: 1.95→33.152 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.2 Å2 / Biso mean: 34.6296 Å2 / Biso min: 14.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→33.152 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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