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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p61
タイトルStructure of a Glycosyltransferase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197)
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性: / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / transferase activity / CITRIC ACID / Glycosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of a Glycosyltransferase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197)
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
C: Glycosyltransferase
D: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,02326
ポリマ-106,8174
非ポリマー2,20622
12,863714
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3677
ポリマ-26,7041
非ポリマー6636
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0835
ポリマ-26,7041
非ポリマー3784
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1456
ポリマ-26,7041
非ポリマー4405
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4298
ポリマ-26,7041
非ポリマー7257
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.250, 123.170, 76.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glycosyltransferase


分子量: 26704.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (バクテリア)
: JB197 / 遺伝子: LBJ_1113 / プラスミド: LpboA.19148.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04TP4
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Optimization screen based on MCSG-1, condition F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5.5, 18% (w/V) PEG 3350: LpboA.19148.a.B1.PS38508 at 26.29mg/ml, seeded: cryo: 20% EG: tray 309474 e3: ...詳細: Optimization screen based on MCSG-1, condition F3: 200mM Ammonium citrate dibasic pH 5.5, 18% (w/V) PEG 3350: LpboA.19148.a.B1.PS38508 at 26.29mg/ml, seeded: cryo: 20% EG: tray 309474 e3: puck irc8-7. Protein purified in 20mM HEPES pH7, 300mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.152 Å / Num. obs: 75239 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.281 % / Biso Wilson estimate: 33.519 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 14.82 / Num. measured all: 246869 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-22.290.3732.1611769557251400.7970.47792.2
2-2.062.7840.3252.9415032547353990.8660.40198.6
2.06-2.123.3330.264.4117701532753110.9320.3199.7
2.12-2.183.4610.2155.3917867517351630.9550.25499.8
2.18-2.253.4350.2046.0117142501049910.9550.24299.6
2.25-2.333.3210.176.8216022484248240.9690.20399.6
2.33-2.423.3280.1358.3915456465446440.980.16199.8
2.42-2.523.5060.10910.5515672447244700.9870.129100
2.52-2.633.5190.111.6815129430642990.9880.11899.8
2.63-2.763.4210.07914.2714065412041110.9930.09399.8
2.76-2.913.2920.06516.6412906393139210.9940.07899.7
2.91-3.083.3920.05320.3612645374137280.9960.06399.7
3.08-3.33.4820.04324.6312067348434660.9970.05199.5
3.3-3.563.4210.03529.3311118326232500.9980.04299.6
3.56-3.93.2430.03329576297129530.9980.03699.4
3.9-4.363.5170.02737.29550272827150.9990.03299.5
4.36-5.033.4760.02539.628269239123790.9990.0399.5
5.03-6.173.2330.02734.846585204520370.9990.03299.6
6.17-8.723.50.02537.175464157315610.9990.0399.2
8.72-33.1523.2310.0243.4528348948770.9990.02498.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3500)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MR-Rosetta位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BCV_B as per RosettaMR

解像度: 1.95→33.152 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1835 2075 2.76 %0
Rwork0.151 ---
obs0.1519 75188 99.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.2 Å2 / Biso mean: 34.6296 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→33.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6165 0 146 723 7034
Biso mean--60.43 42.93 -
残基数----767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7438989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0364060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041175
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9501-1.99540.2561350.23564479461492
1.9954-2.04530.26051610.21214803496498
2.0453-2.10060.22181200.186648925012100
2.1006-2.16240.21591210.168949515072100
2.1624-2.23220.20681400.168648925032100
2.2322-2.3120.22761550.17464860501599
2.312-2.40450.21681420.162248755017100
2.4045-2.51390.20761370.152249105047100
2.5139-2.64640.19811180.155549605078100
2.6464-2.81210.17591600.155148755035100
2.8121-3.02910.20661210.157249155036100
3.0291-3.33370.19281300.150849385068100
3.3337-3.81550.1571530.139548635016100
3.8155-4.80480.13331350.113149435078100
4.8048-33.15690.17021470.1484957510499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81910.8109-1.62553.8088-1.54497.1559-0.0116-0.1803-0.12780.2672-0.0324-0.155-0.03050.3906-0.03350.1960.0719-0.03610.2089-0.00250.2663-11.7559-25.222110.6991
26.60913.4438-4.93788.3771-5.8755.613-0.25060.1124-0.3325-0.36770.14710.21710.8887-0.19680.06560.2630.0359-0.0040.1665-0.01630.227-16.0859-31.61334.2885
32.35520.77680.9075.1792-2.15942.1035-0.16280.2054-0.1446-0.1723-0.2512-0.06720.18760.1110.36470.19110.0767-0.00550.1951-0.02570.2586-7.5841-26.3857.0341
41.16920.7366-0.16987.4036-2.15682.2430.0065-0.12270.03550.73830.0677-0.3212-0.00470.1751-0.06020.25720.0573-0.05620.2246-0.02810.2342-7.9352-26.052417.6224
51.2439-0.42751.49892.4841-1.78123.09590.07360.10660.0563-0.0774-0.0127-0.04840.20630.1753-0.08550.15770.03020.01730.1837-0.04370.2181-14.8116-21.40370.0301
63.8051-0.3248-0.34841.36090.92433.59410.0059-0.3347-0.29590.1951-0.030.29890.1899-0.3242-0.01480.14760.01230.01910.17810.02150.2468-26.3189-19.023.7747
72.70490.771.22932.75881.16857.02020.0247-0.14610.110.2551-0.0148-0.0643-0.10110.39530.00090.1894-0.02620.01060.1793-0.0110.2556-9.4659-7.96878.212
86.29531.5579-4.29487.1813-4.31089.67470.1058-0.2860.17370.1812-0.11880.2411-0.6554-0.1792-0.01030.28080.0159-0.00240.2299-0.05780.3456-18.6529-4.32168.1641
95.43982.09211.10845.8799-0.93132.3720.158-0.1815-0.05220.31330.07670.3858-0.083-0.282-0.2410.16180.05920.04810.1672-0.03210.1669-24.2917-17.53062.9409
102.8040.62851.76662.48531.58734.2330.0523-0.16550.01150.1016-0.11360.1294-0.1789-0.07850.0650.2224-0.03880.0330.1609-0.00080.1683.472418.198131.1913
113.30340.22222.32121.18751.46744.80220.0443-0.0268-0.0331-0.0694-0.00520.0289-0.0944-0.0151-0.02830.1822-0.0160.03210.12060.01090.16842.298411.146119.1728
124.5875-2.01671.08033.6204-0.60873.8874-0.0505-0.21880.01830.3212-0.0191-0.0830.1580.07680.09950.2152-0.04290.02060.16580.00320.19022.53032.56722.1092
131.8527-1.6069-1.19775.03572.18151.13050.0255-1.19620.05411.5751-0.0804-0.08250.13560.1878-0.02610.591-0.14560.10340.5968-0.05790.3479-8.7531.334531.5825
145.52830.9654-0.22633.11971.60042.49870.1538-0.1522-0.24180.3501-0.0628-0.01050.1869-0.0217-0.10650.2211-0.00920.01790.11430.04270.13282.91361.458820.9356
154.19220.8853-2.12552.343-1.45066.19440.1695-0.1869-0.00220.2353-0.199-0.0510.1404-0.0440.04070.2663-0.0808-0.02570.14820.02240.199723.041628.305427.1401
163.53310.8417-1.37781.8307-0.79772.68420.3216-0.64120.03860.5525-0.4328-0.2935-0.06170.40390.10520.3612-0.1457-0.08950.37550.09670.286927.846826.399236.7373
173.97210.7999-2.68931.7674-2.30914.32990.1029-0.1468-0.11050.1124-0.1214-0.0562-0.03020.10170.00040.2155-0.0414-0.01520.1357-0.00580.202626.277934.671919.3518
183.5423-1.6284-1.11574.28681.084.0035-0.0707-0.1435-0.06420.3454-0.03460.0082-0.07770.10490.05130.2452-0.0414-0.02730.1690.02750.183925.785943.84118.6344
194.0252-0.7686-0.39184.6668-0.47385.10130.0903-0.4721-0.20890.7045-0.1910.6593-0.2816-0.38740.07460.3319-0.04110.09450.2672-0.04450.379417.867146.1226.3375
204.4176-1.05850.37114.27610.35283.98690.0276-0.3638-0.21410.5433-0.1624-0.8470.09340.76210.07160.2505-0.0346-0.07360.34340.09190.331638.501737.761921.6651
211.4306-1.6571.52484.9853-1.66655.8460.1458-1.3246-0.46971.6122-0.4184-0.2647-0.0657-0.11240.23790.6331-0.2424-0.12280.6160.15790.431637.150944.27731.0934
224.31360.11780.74373.2859-0.8532.43370.1657-0.2274-0.03060.5234-0.15770.0266-0.1647-0.04790.00880.2718-0.0585-0.00450.145-0.00870.132225.264644.221522.0919
232.2359-0.7421-0.59214.7402-1.77783.4909-0.0920.10080.0226-0.0284-0.0541-0.1907-0.27570.31950.0680.1656-0.0550.03070.185-0.02380.214416.433210.2093-11.0902
244.9784-2.34843.75536.8921-4.69264.4581-0.0472-0.04450.17150.32190.24970.2845-0.78390.0041-0.20050.2423-0.04190.05060.1361-0.00530.185112.132616.6735-4.832
251.7027-0.5662-0.20113.4275-1.53678.1748-0.0245-0.12050.01690.0925-0.0244-0.225-0.21140.56490.06360.1779-0.05850.02780.2285-0.01310.233620.596411.2728-7.4248
261.4197-0.42120.55494.19-1.97813.3606-0.02450.0841-0.0578-0.3272-0.0279-0.2534-0.09980.34280.06020.2028-0.04880.05340.236-0.01650.210320.378311.154-17.9586
276.5323-1.8708-0.67283.8782-1.56553.50810.0881-0.0434-0.12290.05280.0020.0062-0.16160.2696-0.08940.144-0.0390.00990.1154-0.03480.150813.59967.2105-5.6951
285.0191-0.62931.76662.0968-0.66135.5116-0.01310.11670.1749-0.00490.01710.1888-0.2244-0.14480.0060.1421-0.01720.03860.1311-0.00860.18414.823.9125-1.3525
292.3346-1.3932-1.75023.21292.13988.8330.05370.1193-0.0577-0.2351-0.0818-0.03590.1820.3085-0.01540.15190.03390.00430.1729-0.00380.22218.7287-7.2915-8.9901
309.2449-1.84174.26672.9534-2.60143.16290.29570.5085-0.7877-0.2984-0.05630.45760.7558-0.0208-0.30470.27850.00810.01080.2086-0.0690.34389.4763-10.8015-8.9855
314.8236-1.3947-1.34945.5606-0.90662.87930.10580.1297-0.0159-0.31710.10560.21440.0538-0.2553-0.23450.1465-0.0453-0.02550.1554-0.05290.12074.28512.0768-3.0141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 27 )A10 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 41 )A28 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 52 )A42 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 89 )A53 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 90 through 119 )A90 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 154 )A120 - 154
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 155 through 175 )A155 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 176 through 185 )A176 - 185
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 186 through 202 )A186 - 202
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 11 through 90 )B11 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 119 )B91 - 119
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 120 through 164 )B120 - 164
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 165 through 184 )B165 - 184
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 185 through 201 )B185 - 201
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 11 through 52 )C11 - 52
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 53 through 90 )C53 - 90
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 91 through 119 )C91 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 120 through 133 )C120 - 133
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 134 through 153 )C134 - 153
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 154 through 164 )C154 - 164
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 165 through 184 )C165 - 184
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 185 through 202 )C185 - 202
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 10 through 27 )D10 - 27
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 28 through 41 )D28 - 41
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 42 through 52 )D42 - 52
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 53 through 89 )D53 - 89
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 90 through 108 )D90 - 108
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 109 through 154 )D109 - 154
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 155 through 175 )D155 - 175
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 176 through 185 )D176 - 185
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 186 through 202 )D186 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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