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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s3s | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Vibrio mimicus. | ||||||||||||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / flagella / T3SS / export apparatus / export gate | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Kuhlen, L. / Johnson, S. / Deme, J.C. / Lea, S.M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The substrate specificity switch FlhB assembles onto the export gate to regulate type three secretion. 著者: Lucas Kuhlen / Steven Johnson / Andreas Zeitler / Sandra Bäurle / Justin C Deme / Joseph J E Caesar / Rebecca Debo / Joseph Fisher / Samuel Wagner / Susan M Lea / ![]() ![]() 要旨: Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins ...Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins (FliPQR in flagella, SctRST in virulence systems). A fourth essential T3SS protein (FlhB/SctU) functions to "switch" secretion substrate specificity once the growing hook/needle reach their determined length. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of an export gate containing the switch protein from a Vibrio flagellar system at 3.2 Å resolution. The structure reveals that FlhB/SctU extends the helical export gate with its four predicted transmembrane helices wrapped around FliPQR/SctRST. The unusual topology of the FlhB/SctU helices creates a loop wrapped around the bottom of the closed export gate. Structure-informed mutagenesis suggests that this loop is critical in gating secretion and we propose that a series of conformational changes in the T3SS trigger opening of the gate through interactions between FlhB/SctU and FliPQR/SctRST. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 224.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32431.307 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fliP, AL544_009685 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 32894.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AL544_009675 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 10333.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fliQ, AL544_009680 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: FliPQR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: Additional datasets were collected of the sample supplemented with 0.05, 0.5 and 3 mM fluorinated fos-choline 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample concentration was 2.7 mg/ml for datasets supplemented with fluorinated fos-choline 8. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 10 seconds wait time before blotting |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1050955 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 243489 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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