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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s3q | |||||||||
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タイトル | Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in complex with TFB-TBOA | |||||||||
要素 | Excitatory amino acid transporter 3 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GLUTAMATE / ASPARTATE TRANSPORTER / CYSTEINE / INHIBITOR COMPLEX / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / zinc ion transmembrane transport / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / cellular response to ammonium ion / proximal dendrite / glutathione biosynthetic process / righting reflex / monoatomic anion channel activity / grooming behavior / L-aspartate transmembrane transporter activity / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-glutamate import across plasma membrane / conditioned place preference / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / glutamate receptor signaling pathway / response to morphine / neurotransmitter transport / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / motor behavior / motor neuron apoptotic process / chloride transmembrane transporter activity / glutamate binding / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of heart rate / adult behavior / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dopamine metabolic process / maintenance of blood-brain barrier / heart contraction / superoxide metabolic process / perisynaptic space / glial cell projection / cellular response to organic cyclic compound / transport across blood-brain barrier / asymmetric synapse / response to axon injury / behavioral fear response / neurogenesis / monoatomic ion transport / synaptic cleft / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / dendritic shaft / locomotory behavior / cell periphery / long-term synaptic potentiation / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / cytokine-mediated signaling pathway / recycling endosome membrane / early endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / gene expression / cellular response to oxidative stress / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Yu, X. / Dong, Y.Y. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Chu, A. / Rotty, B. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S. ...Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Yu, X. / Dong, Y.Y. / Shintre, C.A. / Tessitore, A. / Chu, A. / Rotty, B. / Venkaya, S. / Mukhopadhyay, S. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Han, S. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) 著者: Baronina, A. / Pike, A.C.W. / Han, S. / Carpenter, E.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s3q.cif.gz | 241.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s3q.ent.gz | 191.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53252.867 Da / 分子数: 3 / 変異: S42R, L92V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A1, EAAC1, EAAT3 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43005 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PC1 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EXCITATORY AMINO ACID TRANSPORTER 3 TRIMER / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.16 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) プラスミド: pFB-CT10HF-LIC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Protein incubated with 1mM TFB-TBOA solution prior to making grids | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: blot for 4.5s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 40.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3232 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 281809 詳細: Particles were picked based on 2D templates arising from classification of particles picked from a subset of images using gautomatch in non-template mode. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113258 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 111 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: Model refined using NCS constraints and rotamer, cbeta restraints only against RELION post-processed b-factor sharpened (-111A**2), 3.34A filtered map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6GCT PDB chain-ID: A / Accession code: 6GCT / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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