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- PDB-6pt7: Structure of KatE1 catalase from Acinetobacter sp. Ver3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pt7
タイトルStructure of KatE1 catalase from Acinetobacter sp. Ver3
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase / peroxide / NADP / cold-adapted
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / nucleotide binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. Ver3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gonzalez, J.M. / Sartorio, M.G. / Cortez, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021
タイトル: Structure and functional properties of the cold-adapted catalase from Acinetobacter sp. Ver3 native to the Atacama plateau in northern Argentina
著者: Sartorio, M.G. / Cortez, N. / Gonzalez, J.M.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1577
ポリマ－56,7611
非ポリマー1,3956
水4,270237
1
A: Catalase
ヘテロ分子

A: Catalase
ヘテロ分子

A: Catalase
ヘテロ分子

A: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,62628
ポリマ－227,0454
非ポリマー5,58124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area51690 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area56900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.538, 112.538, 314.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-733-

HOH

21A-759-

HOH

31A-903-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catalase


分子量: 56761.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. Ver3 (バクテリア)
遺伝子: CL42_01515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A031LXI5

-
非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium HEPES pH 7.5, 0.8 M Na-K tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.75 Å / Num. obs: 55226 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1783 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Num. unique obs: 5401 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ISA

2isa


解像度: 2.15→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 6.422 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.131
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2089 2662 4.8 %RANDOM
Rwork0.1742 ---
obs0.1758 52559 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.65 Å2 / Biso mean: 49.741 Å2 / Biso min: 20.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.38 Å20 Å20 Å2
2--3.38 Å20 Å2
3----6.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4005 0 95 239 4339
Biso mean--57.01 50.66 -
残基数----500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.6915759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3741.68560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4495501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52222.101257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.49215647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.571533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02971
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 203 -
Rwork0.383 3807 -
all-4010 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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