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万見
- PDB-6s3e: Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s3e
タイトルCrystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in apo form
要素PIF1 helicase
キーワードHYDROLASE / DNA helicase
機能・相同性DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PIF1 helicase
機能・相同性情報
生物種Thermus oshimai JL-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.787 Å
データ登録者Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Teng, F.Y. / Liu, N.N. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370798,11304252,11574252,31301632 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional studies of SF1B Pif1 from Thermus oshimai reveal dimerization-induced helicase inhibition.
著者: Dai, Y.X. / Chen, W.F. / Liu, N.N. / Teng, F.Y. / Guo, H.L. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIF1 helicase
B: PIF1 helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,8822
ポリマ－100,8822
非ポリマー00
水00
1
A: PIF1 helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4411
ポリマ－50,4411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PIF1 helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4411
ポリマ－50,4411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.268, 59.408, 117.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PIF1 helicase


分子量: 50440.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus oshimai JL-2 (バクテリア)
遺伝子: Theos_1468 / プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: K7RJ88

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium Hepes-MOPS 0.1M Ethylene glycol 1.25% PEG 4000 20% Glycerol 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.78→36.71 Å / Num. obs: 10098 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 133.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1414 / Rpim(I) all: 0.0576 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3.78→3.92 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.121 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 738 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.453 / Rrim(I) all: 1.21 / % possible all: 70.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3177: ???)精密化
XDSNov 1, 2016, built on 20170215データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FTD

5ftd


解像度: 3.787→36.71 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.73
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2947 525 5.2 %5%
Rwork0.2366 ---
obs0.2396 10098 96.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 171.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.787→36.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7024 0 0 0 7024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0449759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2372734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7873-4.16840.3325950.28412167X-RAY DIFFRACTION88
4.1684-4.77130.33861500.26722435X-RAY DIFFRACTION100
4.7713-6.01040.30981450.27582444X-RAY DIFFRACTION100
6.0104-36.710.25791350.19562527X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.38770.333-0.77157.96361.16075.76280.2292-0.1522-0.4460.48680.0503-0.59370.4483-0.256-0.32791.064-0.066-0.30361.02330.03960.882-29.95292.526919.2783
25.6526-0.15951.53385.4216-4.48689.73721.1510.0466-0.8751-0.8991-2.58290.0503-0.29790.3321.00951.1278-0.2654-0.13291.12450.04091.5736-10.987525.664127.3858
32.2819-0.70712.13681.57171.21724.2684-0.26631.05580.951-0.7448-0.02140.1938-0.39040.36360.4521.5635-0.0801-0.04811.66350.28331.0229-17.136925.146-1.809
47.81387.36791.41118.5676-0.88156.46450.54810.67390.05780.0432-0.0963-0.445-0.70110.1441-0.17941.13670.26730.03042.1002-0.30651.3874-7.409413.2326-2.7316
52.95384.46182.56764.0472.8797.0801-0.09810.7101-0.03270.19510.3549-0.26640.2030.6434-0.01820.93320.1532-0.10660.83370.18441.1912-19.153415.62569.2908
65.1114.2859-3.11687.22180.62924.3751-0.5335-0.47791.05861.36421.3509-0.0712-0.1177-0.464-0.54880.7907-0.0296-0.32711.3563-0.12651.1974-23.238420.323829.3105
79.1563-1.47590.69280.2091-0.63942.24580.24443.7122.8967-0.3049-0.67762.4871-0.44270.7339-0.12172.36110.04360.00471.44690.26722.1119-64.4439-2.501234.9826
83.6907-0.48153.42082.53572.0315.833-1.6765-0.78682.8281-3.0494-2.1806-3.2526-1.88652.9619-1.81053.58250.87711.73622.36690.35552.4996-54.964-2.229641.0913
95.4509-0.8803-0.67731.0206-0.93663.74480.6219-0.48941.08511.10860.33180.1581-0.62350.8602-0.87931.8865-0.35880.56891.2296-0.50972.3188-61.6899-5.368957.1126
103.128-0.36061.23587.23893.31351.84840.47241.02870.3612-0.0025-0.41210.0967-0.7001-1.2986-0.39961.4743-0.09570.19191.3555-0.0460.9981-75.1317-20.223436.5052
118.11191.8011-1.54451.9353-1.9026.9879-0.30560.90740.5597-0.2256-0.6420.64072.16792.48320.36581.2920.02440.04790.9975-0.11951.0367-58.172-38.641240.8
12-0.78640.25980.41159.46777.75145.37180.0895-0.80620.5536-1.45590.2536-0.659-1.25120.0545-0.46061.183-0.06760.12451.7319-0.17291.1916-42.9091-22.197936.6393
136.57215.82531.88358.33264.60367.3537-0.01210.45180.81330.5625-0.07510.6096-0.64030.04250.03691.19950.0206-0.01511.20120.14871.1404-54.2067-23.302843.0815
147.4424-2.2998-4.38517.41471.92282.47790.37820.26561.15690.3228-0.3904-0.7543-0.9092-0.0371-0.22681.1492-0.0456-0.04381.47070.02861.3569-74.2368-21.813243.5979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 68 through 251 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 252 through 286 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 287 through 353 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 354 through 400 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 401 through 469 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 470 through 503 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 66 through 98 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 99 through 119 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 120 through 243 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 244 through 282 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 283 through 316 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 317 through 408 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 409 through 456 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 457 through 503 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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